3,5-di-O-benzyl-4-C-(1-hydroxy-allyl)-1,2-O-isopropylidene-α-D-ribofuranose | 1095153-37-9

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 苯和取代衍生物
• 英文名称: 3,5-di-O-benzyl-4-C-(1-hydroxy-allyl)-1,2-O-isopropylidene-α-D-ribofuranose
• 英文别名: (1S)-1-[(3aR,5S,6S,6aR)-2,2-dimethyl-6-phenylmethoxy-5-(phenylmethoxymethyl)-6,6a-dihydro-3aH-furo[2,3-d][1,3]dioxol-5-yl]prop-2-en-1-ol
• CAS: 1095153-37-9
• 化学式: C₂₅H₃₀O₆
• 分子量: 426.51
• InChiKey: LMNCHJPZVXTDCI-BLXXFGQISA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  2.9
• 重原子数：
  31
• 可旋转键数：
  9
• 环数：
  4.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.44
• 拓扑面积：
  66.4
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  6

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  3,5-di-O-benzyl-4-C-(1-hydroxy-allyl)-1,2-O-isopropylidene-α-D-ribofuranose 、 乙酸酐 在 三氟甲磺酸 作用下， 以 溶剂黄146 为溶剂， 反应 2.0h， 生成 [(3R,4S,5S)-2-acetyloxy-5-[(1S)-1-acetyloxyprop-2-enyl]-4-phenylmethoxy-5-(phenylmethoxymethyl)oxolan-3-yl] acetate
  参考文献：
  名称：

  通过结合修饰的2'，4'-碳环LNA和-ENAs对核苷酸间磷酸周围的静电进行微调导致反义特性的显着调节

  摘要：

  在反义（AS）和RNA干扰（RNAi）技术中，对天然单链2'-脱氧寡核苷酸（用于AS）或双链RNA（用于RNAi）进行化学修饰，使其与目标RNA结合，从而获得更好的通过抑制RNA翻译来下调基因表达。此处显示了通过改变取代基的静电相互作用以及围绕反义寡核苷酸（AON）-RNA异源双链体的小树林边缘附近的核苷酸间磷酸二酯部分周围的立体化学环境的精细调节，如何导致调节反义性质。通过合成各种修饰的碳环锁核酸（LNA）和在碳环部分连接有羟基和/或甲基取代基的-亚乙基桥核酸（ENA）并通过固相DNA合成将其整合到AON中来证明这一点。 。这些修饰的AON对互补RNA和DNA的靶标亲和力，核酸酶抗性和RNase H诱导表明，修饰的性质（-OH与-CH3）及其相对于邻位磷酸盐的立体化学取向在调节AON特性方面起着非常重要的作用。尽管对靶RNA的亲和力和AONs的酶稳定性受小沟中心的疏水和空间大体积修饰的不

  DOI：

  10.1021/jo8016742
• 作为产物：
  描述：

  乙烯基溴化镁 、 (3aR,5R,6S,6aR)-6-(benzyloxy)-5-((benzyloxy)methyl)-2,2-dimethyltetrahydrofuro[2,3-d][1,3]dioxole-5-carbaldehyde 在 水 作用下， 以 四氢呋喃 为溶剂， 以7.1 g的产率得到3,5-di-O-benzyl-4-C-(1-hydroxy-allyl)-1,2-O-isopropylidene-α-D-ribofuranose
  参考文献：
  名称：

  通过结合修饰的2'，4'-碳环LNA和-ENAs对核苷酸间磷酸周围的静电进行微调导致反义特性的显着调节

  摘要：

  在反义（AS）和RNA干扰（RNAi）技术中，对天然单链2'-脱氧寡核苷酸（用于AS）或双链RNA（用于RNAi）进行化学修饰，使其与目标RNA结合，从而获得更好的通过抑制RNA翻译来下调基因表达。此处显示了通过改变取代基的静电相互作用以及围绕反义寡核苷酸（AON）-RNA异源双链体的小树林边缘附近的核苷酸间磷酸二酯部分周围的立体化学环境的精细调节，如何导致调节反义性质。通过合成各种修饰的碳环锁核酸（LNA）和在碳环部分连接有羟基和/或甲基取代基的-亚乙基桥核酸（ENA）并通过固相DNA合成将其整合到AON中来证明这一点。 。这些修饰的AON对互补RNA和DNA的靶标亲和力，核酸酶抗性和RNase H诱导表明，修饰的性质（-OH与-CH3）及其相对于邻位磷酸盐的立体化学取向在调节AON特性方面起着非常重要的作用。尽管对靶RNA的亲和力和AONs的酶稳定性受小沟中心的疏水和空间大体积修饰的不

  DOI：

  10.1021/jo8016742

文献信息

• Synthesis of Conformationally Locked Carba-LNAs through Intramolecular Free-Radical Addition to C═N. Electrostatic and Steric Implication of the Carba-LNA Substituents in the Modified Oligos for Nuclease and Thermodynamic Stabilities
  作者：Jianfeng Xu、Yi Liu、Christelle Dupouy、Jyoti Chattopadhyaya

  DOI：10.1021/jo901009w

  日期：2009.9.4

  The syntheses of the hitherto unavailable parentfully unsubstituted carba-LNA and its C7'-amino and/or C6'-hydroxyl substituted derivatives, have been accomplished by the intramolecular 5-exo free-radical addition to a C4'-tethered C=N to give carba-LNAs with variable hydrophilic substituents at C6'/C7' (amino and/or hydroxyl). They have been introduced into isosequential antisense oligonucleotides (AONs) to examine how their relative electrostatic and steric effects in the minor groove of a putative AON-RNA duplex affect the target affinity, nuclease resistance, and RNase H elicitation. We show that 2'-oxygen in LNA is important in stabilizing the DNA/DNA and DNA/RNA duplexes vis-a-vis the unsubstituted carba-LNA and its other derivatives and that hydrophobic groups at C6'/C7' in both carba-LNA and carba-ENA relatively destabilize the AON/DNA duplex more profoundly than those in the AON/RNA duplexes. Two main factors affect the relative stabilities of AON/DNA versus AON/RNA duplexes: (i) hydration in the minor groove depending upon hydrophilicity vis-a-vis hydrophobicity of the substituents, and (ii) the relative size of the minor groove in the AON/DNA versus AON/RNA duplexes dictates the steric clash with the substituents depending upon their relative chiralities. We also show how the chirality and chemical nature of the C6'/C7' substituents affect the nuclease stability as well as the thermal stability and the RNase recruitment by AON/RNA duplexes.
• Fine Tuning of Electrostatics around the Internucleotidic Phosphate through Incorporation of Modified 2′,4′-Carbocyclic-LNAs and -ENAs Leads to Significant Modulation of Antisense Properties
  作者：Chuanzheng Zhou、Yi Liu、Mounir Andaloussi、Naresh Badgujar、Oleksandr Plashkevych、Jyoti Chattopadhyaya

  DOI：10.1021/jo8016742

  日期：2009.1.2

  choice of the cleavage sites of RNase H mediated RNA cleavage in the AON/RNA hybrid duplex, but the cleavage rate depended on the modification site in the AON sequence. If the original preferred cleavage site by RNase H was included in the 4-5nt stretch from the 3′-end of the modification site in the AON, decreased cleavage rate was observed. Upon screening of 52 modified AONs, containing 13 differently

  在反义（AS）和RNA干扰（RNAi）技术中，对天然单链2'-脱氧寡核苷酸（用于AS）或双链RNA（用于RNAi）进行化学修饰，使其与目标RNA结合，从而获得更好的通过抑制RNA翻译来下调基因表达。此处显示了通过改变取代基的静电相互作用以及围绕反义寡核苷酸（AON）-RNA异源双链体的小树林边缘附近的核苷酸间磷酸二酯部分周围的立体化学环境的精细调节，如何导致调节反义性质。通过合成各种修饰的碳环锁核酸（LNA）和在碳环部分连接有羟基和/或甲基取代基的-亚乙基桥核酸（ENA）并通过固相DNA合成将其整合到AON中来证明这一点。 。这些修饰的AON对互补RNA和DNA的靶标亲和力，核酸酶抗性和RNase H诱导表明，修饰的性质（-OH与-CH3）及其相对于邻位磷酸盐的立体化学取向在调节AON特性方面起着非常重要的作用。尽管对靶RNA的亲和力和AONs的酶稳定性受小沟中心的疏水和空间大体积修饰的不