5'-O-levulinoyl-β-D-thymidine

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷
• 英文名称: 5'-O-levulinoyl-β-D-thymidine
• 英文别名: 5'-O-levulinyl-β-D-thymidine；5'-O-levulinylthymidine；5'-O-levulinoyl-2'-deoxythymidine；5'-O-levulinoyl-thymidine；5'-Levulinyl-2'-deoxythymidine；[(2R,3S,5R)-3-hydroxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl 4-oxopentanoate
• 化学式: C₁₅H₂₀N₂O₇
• 分子量: 340.333
• InChiKey: BJCGCBGHOPRRRK-QJPTWQEYSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -1.6
• 重原子数：
  24
• 可旋转键数：
  7
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.6
• 拓扑面积：
  122
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  7

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  5'-O-levulinoyl-β-D-thymidine 在 吡啶 、 溶剂黄146 、 三乙胺 、 肼 作用下， 以 1,4-二氧六环 、 水 为溶剂， 反应 13.0h， 生成 3’-O-(4,4’-二甲氧基三苯甲基)胸苷
  参考文献：
  名称：

  合成3' - O-二甲氧基三苯甲基-2'-脱氧核苷衍生物作为寡核苷酸合成基础的新型化学酶学方案

  摘要：

  已经开发了用于合成3' - O-二甲氧基三苯甲基-2'-脱氧核苷的简单，有效且可扩展的化学酶策略。该方法的关键特征是在南极假丝酵母脂肪酶B存在下，通过酶促酰化反应进行5'- O-乙酰丙氨酰-2'-脱氧核苷的区域选择性合成。此外，还观察到乙酰丙氨酰基从5'解封位置与常规的碱保护基完全相容。为了证明该方法的可扩展性，以25 g规模合成了3'- O-二甲氧基三苯甲基胸苷（4a）。这些单体（4 a - d）是合成寡核苷酸的有用组成部分。

  DOI：

  10.1021/op050253i
• 作为产物：
  描述：

  3',5'-di-O-levulinylthymidine 在 phosphate buffer 、 Pseudomonas cepacia lipase 作用下， 以 1,4-二氧六环 为溶剂， 反应 82.0h， 以75%的产率得到5'-O-levulinoyl-β-D-thymidine
  参考文献：
  名称：

  寡核苷酸溶液相合成的基本组成部分：使用酶促方法对3'，5'-Di-O-乙酰丙氨酰核苷进行区域选择性水解。

  摘要：

  通过区域选择性酶水解反应，由相应的3'，5'-二-O-乙酰丙酰衍生物开发了一种简便的3'-和5'-O-乙酰丙酰-2'-脱氧核苷合成方法，避免了一些繁琐的化学保护/脱保护步骤。因此，发现南极假丝酵母脂肪酶B（CAL-B）选择性地水解5'-乙酰丙酸酯，以> 80％的分离产率提供3'-O-乙酰丙酰-2'-脱氧核苷3。另一方面，固定化的假单胞菌洋葱脂肪酶（PSL-C）和南极假丝酵母脂肪酶A（CAL-A）在3'-位置对水解表现出相反的选择性，从而在> 70的情况下提供5'-O-乙酰丙酰衍生物4 ％产率。相似的水解过程已成功扩展到3'-和5'-O-乙酰丙氨酰保护的2'的合成 -O-烷基核糖核苷7和8。这项工作首次证明了商业CAL-B和PSL-C在乙酰丙酸酯的区域选择性水解方面具有优异的选择性和产率。值得注意的是，受保护的胞苷和腺苷碱衍生物不足以用作用CAL-B进行酶促水解的底物，而PSL-C能够在选择

  DOI：

  10.1021/jo020080k

文献信息

• CAL-B-Catalyzed Acylation of Nucleosides and Role of the Sugar Conformation: An Improved Understanding of the Enzyme-Substrate Recognition
  作者：Saúl Martínez-Montero、Susana Fernández、Yogesh S. Sanghvi、Vicente Gotor、Miguel Ferrero

  DOI：10.1002/ejoc.201200609

  日期：2012.10

  that the sugar ring conformation of nucleosides plays a critical role during Candida antarctica lipase B (CAL-B) catalyzed acylation. Specifically, the North (N), but not the South (S) nucleoside sugar ring conformation is preferred for efficient binding at the catalytic site. In this study, we used nuclear magnetic resonance (NMR) spectroscopy experiments to establish the sugar ring conformation of nucleosides

  我们证明核苷的糖环构象在南极念珠菌脂肪酶 B (CAL-B) 催化酰化过程中起着关键作用。具体而言，北 (N) 而非南 (S) 核苷糖环构象对于在催化位点的有效结合是优选的。在这项研究中，我们使用核磁共振 (NMR) 光谱实验来建立核苷的糖环构象，并进行分子建模研究以支持观察结果。与具有 S 构象的 2'-脱氧核苷相比，具有 N-构象的核糖和 2'-取代的 (OMe, F) 核苷经历快速而容易的酰化。这项研究提高了我们对糖构象在使用 CAL-B 进行生物转化过程中酶-底物识别中所起关键作用的理解。
• New Concept for the Separation of an Anomeric Mixture of α/β-<scp>d</scp>-Nucleosides through Regioselective Enzymatic Acylation or Hydrolysis Processes
  作者：Javier García、Alba Díaz-Rodríguez、Susana Fernández、Yogesh S. Sanghvi、Miguel Ferrero、Vicente Gotor

  DOI：10.1021/jo062033o

  日期：2006.12.1

  An efficient and high yield protocol for the synthesis and separation of 3‘- and/or 5‘-protected α-2‘-deoxynucleosides has been developed through regioselective acylation/deacylation processes catalyzed by enzymes. Pseudomonas cepacia lipase (PSL-C) was found to be highly chemo- and regioselective toward the 3‘-position of the β-2‘-deoxynucleoside derivatives, whereas PSL-C displayed opposite selectivity

  通过酶催化的区域选择性酰化/脱酰过程，已经开发出一种高效和高产率的合成和分离3'-和/或5'-保护的α-2'-脱氧核苷的方案。发现假单胞菌脂肪酶（PSL-C）对β-2'-脱氧核苷衍生物的3'-位具有高度的化学和区域选择性，而PSL-C对相应α对5'-位具有相反的选择性-异头物。通过从工业废水中方便地分离胸苷衍生物的α/β混合物，证明了该方案的成功应用。此外，该技术还用于分离2'-脱氧-2'-氟-α/β-阿拉伯糖核苷的异头混合物，这是反义构建体的有用组成部分。
• [EN] SYNTHESIS AND BIOLOGICAL ACTIVITY OF PHOSPHORAMIDIMIDATE AND PHOSPHORAMIDATE DNA<br/>[FR] SYNTHÈSE ET ACTIVITÉ BIOLOGIQUE DE L'ADN À PHOSPHORAMIDIMIDATE ET PHOSPHORAMIDATE
  申请人：UNIV COLORADO REGENTS

  公开号：WO2019241729A1

  公开（公告）日：2019-12-19

  Oligonucleotides comprising phosphoramidimidate internucleotide linkages, and methods of efficiently synthesizing these oligonucleotides with high yield are provided. These oligonucleotides form duplexes with complementary DNA or RNA that are more stable than natural DNA or DNA/RNA complexes, are active with RNAse Hl, and may be transfected into cells using standard lipid reagents. These analogues are therefore useful for numerous therapeutic antisense applications.

  提供了包含磷酰胺亚咪酰互核苷酸连接的寡核苷酸，以及高产率有效合成这些寡核苷酸的方法。这些寡核苷酸与互补的DNA或RNA形成的双链比天然DNA或DNA/RNA复合物更稳定，与RNAse Hl活性，可以使用标准脂质试剂转染到细胞中。因此，这些类似物在许多治疗反义应用中非常有用。
• Building blocks for the solution phase synthesis of oligonucleotides
  申请人：——

  公开号：US20020142307A1

  公开（公告）日：2002-10-03

  The present invention is directed to methods for the preparation of 3′—O and 5′—O—levulinyl nucleosides from common precursors using an enzymatic approach.

  本发明涉及用酶法从普通前体制备 3′-O 和 5′-O-levulinyl 核苷的方法。
• Preparation of N3-thymidine–butylene–N3-thymidine interstrand cross-linked DNA via an orthogonal deprotection strategy
  作者：Gang Sun、Anne Noronha、Christopher Wilds

  DOI：10.1016/j.tet.2012.07.043

  日期：2012.9

  A DNA duplex containing an N3-thymidine-butylene-N3-thymidine interstrand cross-link (ICL) was prepared using an on-column orthogonal deprotection strategy to permit different nucleotide sequence composition around the cross-linked site. The conditions used to remove 5'-O-allyloxycarbonyl and 3'-O-tert-butyldimethylsilyl protective groups for various on-column oligonucleotide intermediates did not affect the cross-linked lesion. Efficient removal of these groups enabled successful coupling of 2'-de-oxyphosphoramidites to produce the desired duplex with a 31% yield after deprotection and purification. (C) 2012 Elsevier Ltd. All rights reserved.