cyclo(Leu-D-Leu-Leu-Leu-D-Pro-Tyr)

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机酸及其衍生物 - 羧酸及其衍生物
• 英文名称: cyclo(Leu-D-Leu-Leu-Leu-D-Pro-Tyr)
• 英文别名: cyclic Leu-D-Leu-Leu-Leu-D-Pro-Tyr；cyclo(-Tyr-Leu-D-Leu-Leu-Leu-D-Pro-)；cyclo(-D-Leu¹-Leu-Leu-D-Pro-Tyr-Leu⁶-)；Cyclo[L-leucyl-D-leucyl-L-leucyl-L-leucyl-D-prolyl-L-tyrosyl]；(3S,6S,9R,12S,15S,18R)-15-[(4-hydroxyphenyl)methyl]-3,6,9,12-tetrakis(2-methylpropyl)-1,4,7,10,13,16-hexazabicyclo[16.3.0]henicosane-2,5,8,11,14,17-hexone
• 化学式: C₃₈H₆₀N₆O₇
• 分子量: 712.93
• InChiKey: PHOFITCOMWKZPM-PAZNOWGDSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  5.3
• 重原子数：
  51
• 可旋转键数：
  10
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.68
• 拓扑面积：
  186
• 氢给体数：
  6
• 氢受体数：
  7

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  cyclo(Leu-D-Leu-Leu-Leu-D-Pro-Tyr) 、 碘化甲烷-14C 在 potassium carbonate 作用下， 以 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 24.0h， 生成
  参考文献：
  名称：

  构象灵活性、内部氢键和被动膜渗透性：在环状肽的相对渗透性的硅胶预测中取得成功

  摘要：

  我们报告了环肽被动膜渗透性的原子物理模型。计算建模是在实验之前进行的，不涉及使用“训练数据”。该模型通过在低（膜）和高（水）介电环境中进行广泛的构象采样来明确处理肽的构象灵活性。使用平行人工膜渗透性测定 (PAMPA) 通过实验获得 11 环肽的被动膜渗透性，并显示与 R(2) = 0.96 的计算结果呈线性相关。总的来说，结果支持了在文献中已经很好建立的假设，形成内部氢键的能力对于被动膜渗透性至关重要，并且可以成为密切相关化合物之间的区别因素，例如此处研究的化合物。然而，我们发现膜中可以形成的内部氢键的数量和暴露于溶剂的极性表面积与 PAMPA 渗透性的相关性比我们的模型更差，该模型定量估计了从高介电常数移动时的溶剂化自由能损失。水进入膜的低介电内部。

  DOI：

  10.1021/ja063076p
• 作为产物：
  描述：

  C₄₂H₆₈N₆O₇ 在 三氟乙酸 作用下， 以 二氯甲烷 、 水 为溶剂， 反应 2.5h， 以5 g的产率得到cyclo(Leu-D-Leu-Leu-Leu-D-Pro-Tyr)
  参考文献：
  名称：

  残留偶极联轴器，J联轴器和分子内氢键分析指导的环肽设计。

  摘要：

  环肽具有长期诱人的药物设计者，具有将抗体和小分子的最佳属性相结合的潜在能力。理想的环状肽药物候选物将能够识别像抗体一样的蛋白质表面，同时实现小分子的口服生物利用度。据推测，此类环肽利用其溶剂依赖性构象柔韧性来平衡通透性和溶解性。本文中，我们报告了一种结合了残留偶极耦合J的构象反卷积NMR方法分子动力学模拟和密度泛函理论计算的分子偶联，分子内氢键分析以及构象分析，以研究低介电溶剂（氯仿）和高介电溶剂（DMSO）中的环肽构象，从而实验性地研究溶剂依赖性构象变化假说。综上所述，组合的实验和计算方法可以阐明溶液中环状肽的构象集合，并帮助确定更好的渗透性的设计机会。

  DOI：

  10.1021/acs.joc.8b02811

文献信息

• Connecting Hydrophobic Surfaces in Cyclic Peptides Increases Membrane Permeability
  作者：Huy N. Hoang、Timothy A. Hill、David P. Fairlie

  DOI：10.1002/anie.202012643

  日期：2021.4.6

  N‐ or C‐methylation in natural and synthetic cyclic peptides can increase membrane permeability, but it remains unclear why this happens in some cases but not others. Here we compare three‐dimensional structures for cyclic peptides from six families, including isomers differing only in the location of an N‐ or Cα‐methyl substituent. We show that a single methyl group only increases membrane permeability

  天然和合成环肽中的N-或C-甲基化可以增加膜的通透性，但尚不清楚为什么在某些情况下会发生这种情况，而在其他情况下则不会。在这里，我们比较了六个家族的环状肽的三维结构，包括仅在N-或Cα-甲基取代基位置上不同的异构体。我们表明，单个甲基仅在连接或扩展疏水表面补丁时才增加膜的渗透性。具有相同分子量，氢键供体/受体，可旋转键，计算得出的LogP，拓扑极性表面积和总疏水表面积的位置异构体可以具有与最大连续疏水表面补丁大小相关的不同膜渗透率。这些结果阐明了膜渗透性的关键局部分子决定因素。
• A comprehensive study on the effect of backbone stereochemistry of a cyclic hexapeptide on membrane permeability and microsomal stability
  作者：Yuki Hosono、Jumpei Morimoto、Shinsuke Sando

  DOI：10.1039/d1ob02090k

  日期：——

  Backbone stereochemistry of cyclic peptides has been reported to have a great influence on microsomal stability and membrane permeability, two important factors that determine oral bioavailability. Here, we comprehensively investigated the correlation between the backbone stereochemistry of cyclic hexapeptide stereoisomers and their stability in liver microsomes, as well as passive membrane permeability

  据报道，环肽的骨架立体化学对微粒体稳定性和膜通透性有很大影响，而微粒体稳定性和膜通透性是决定口服生物利用度的两个重要因素。在这里，我们全面研究了环状六肽立体异构体的主链立体化学与其在肝微粒体中的稳定性以及被动膜通透性之间的相关性。