(2S,4R)-1-((S)-2-acetamido-3,3-dimethylbutanoyl)-4-hydroxy-N-(2-hydroxy-4-(4-methylthiazol-5-yl)benzyl)pyrrolidine-2-carboxamide

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机酸及其衍生物 - 羧酸及其衍生物
• 英文名称: (2S,4R)-1-((S)-2-acetamido-3,3-dimethylbutanoyl)-4-hydroxy-N-(2-hydroxy-4-(4-methylthiazol-5-yl)benzyl)pyrrolidine-2-carboxamide
• 英文别名: VH 032, phenol；(2S,4R)-1-[(2S)-2-acetamido-3,3-dimethylbutanoyl]-4-hydroxy-N-[[2-hydroxy-4-(4-methyl-1,3-thiazol-5-yl)phenyl]methyl]pyrrolidine-2-carboxamide
• 化学式: C₂₄H₃₂N₄O₅S
• 分子量: 488.608
• InChiKey: CUHVZPHLQIBKHX-LVCYWYKZSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  2.5
• 重原子数：
  34
• 可旋转键数：
  7
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.5
• 拓扑面积：
  160
• 氢给体数：
  4
• 氢受体数：
  7

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  11-allyloxy-3,6,9-trioxaundecan-1-ol methanesulfonate 、 (2S,4R)-1-((S)-2-acetamido-3,3-dimethylbutanoyl)-4-hydroxy-N-(2-hydroxy-4-(4-methylthiazol-5-yl)benzyl)pyrrolidine-2-carboxamide 在 potassium carbonate 作用下， 以 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 以13.8 mg的产率得到(2S,4R)-N-(2-((3,6,9,12-tetraoxapentadec-14-en-1-yl)oxy)-4-(4-methylthiazol-5-yl)benzyl)-1-((S)-2-acetamido-3,3-dimethylbutanoyl)-4-hydroxypyrrolidine-2-carboxamide
  参考文献：
  名称：

  Iterative Design and Optimization of Initially Inactive Proteolysis Targeting Chimeras (PROTACs) Identify VZ185 as a Potent, Fast, and Selective von Hippel–Lindau (VHL) Based Dual Degrader Probe of BRD9 and BRD7

  摘要：

  Developing PROTACs to redirect the ubiquitination activity of E3 ligases and potently degrade a target protein within cells can be a lengthy and unpredictable process, and it remains unclear whether any combination of E3 and target might be productive for degradation. We describe a probe-quality degrader for a ligase-target pair deemed unsuitable: the von Hippel-Lindau (VHL) and BRD9, a bromodomain-containing subunit of the SWI/SNF chromatin remodeling complex BAF. VHL-based degraders could be optimized from suboptimal compounds in two rounds by systematically varying conjugation patterns and linkers and monitoring cellular degradation activities, kinetic profiles, and ubiquitination, as well as ternary complex formation thermodynamics. The emerged structure-activity relationships guided the discovery of VZ185, a potent, fast, and selective degrader of BRD9 and of its close homolog BRD7. Our findings qualify a new chemical tool for BRD7/9 knockdown and provide a roadmap for PROTAC development against seemingly incompatible target-ligase combinations.

  DOI：

  10.1021/acs.jmedchem.8b01413
• 作为产物：
  描述：

  1-乙酰基咪唑 、 (2S,4R)-1-((S)-2-amino-3,3-dimethylbutanoyl)-4-hydroxy-N-(2-hydroxy-4-(4-methylthiazol-5-yl)benzyl)pyrrolidine-2-carboxamide hydrochloride 在 N,N-二异丙基乙胺 作用下， 以 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 48.0h， 以78%的产率得到(2S,4R)-1-((S)-2-acetamido-3,3-dimethylbutanoyl)-4-hydroxy-N-(2-hydroxy-4-(4-methylthiazol-5-yl)benzyl)pyrrolidine-2-carboxamide
  参考文献：
  名称：

  [EN] SMALL MOLECULES
  [FR] PETITES MOLÉCULES

  摘要：

  提供具有一般结构 A - L - B 的化合物，其中 A 和 B 分别是式 1A 或 1B 的 E3 泛素连接酶蛋白结合配体化合物。还提供包含这些化合物的药物组合物和使用方法。

  公开号：

  WO2018189554A1

文献信息

• Optimization of Class I Histone Deacetylase PROTACs Reveals that HDAC1/2 Degradation is Critical to Induce Apoptosis and Cell Arrest in Cancer Cells
  作者：Joshua P. Smalley、India M. Baker、Wiktoria A. Pytel、Li-Ying Lin、Karen J. Bowman、John W. R. Schwabe、Shaun M. Cowley、James T. Hodgkinson

  DOI：10.1021/acs.jmedchem.1c02179

  日期：2022.4.14

  Class I histone deacetylase (HDAC) enzymes 1, 2, and 3 organize chromatin as the catalytic subunits within seven distinct multiprotein corepressor complexes and are established drug targets. We report optimization studies of benzamide-based Von Hippel–Lindau (VHL) E3-ligase proteolysis targeting chimeras (PROTACs) and for the first time describe transcriptome perturbations resulting from these degraders

  I 类组蛋白脱乙酰酶 (HDAC) 酶 1、2 和 3 将染色质组织为七种不同的多蛋白辅阻遏物复合物中的催化亚基，并且是既定的药物靶标。我们报告了基于苯甲酰胺的 Von Hippel–Lindau (VHL) E3 连接酶蛋白水解靶向嵌合体 (PROTAC) 的优化研究，并首次描述了由这些降解剂引起的转录组扰动。通过修饰接头和 VHL 配体，我们鉴定了具有亚微摩尔 DC 50的 PROTAC 7、9和22HCT116 细胞中 HDAC1 和/或 HDAC3 的值。观察到 HDAC3 的钩状效应，可以通过修改 VHL 配体与接头的连接位置来消除这种效应。更有效的 HDAC1/2 降解剂与更大的总差异表达基因和增强的 HCT116 细胞凋亡相关。我们证明 PROTAC 对 HDAC1/2 的降解与增强的全局基因表达和细胞凋亡相关，这对于开发更有效且副作用更少的 HDAC 疗法非常重要。
• Small molecules
  申请人：University of Dundee

  公开号：US11261179B2

  公开（公告）日：2022-03-01

  Compounds having the general structure A-L-B are presented wherein A and B are independently an E3 ubiquitin ligase protein binding ligand compound of formula 1A or 1B. Pharmaceutical compositions comprising these compounds and methods of use are also presented.

  介绍了具有一般结构 A-L-B 的化合物，其中 A 和 B 独立地是式 1A 或 1B 的 E3 泛素配体蛋白结合配体化合物。还介绍了包含这些化合物的药物组合物和使用方法。
• WO2021148811A5
  申请人：——

  公开号：WO2021148811A5

  公开（公告）日：2023-07-31
• SMALL MOLECULES
  申请人：University of Dundee

  公开号：US20210163469A1

  公开（公告）日：2021-06-03

  Compounds having the general structure A-L-B are presented wherein A and B are independently an E3 ubiquitin ligase protein binding ligand compound of formula 1A or 1B. Pharmaceutical compositions comprising these compounds and methods of use are also presented.
• [EN] SMALL MOLECULES<br/>[FR] PETITES MOLÉCULES
  申请人：UNIV DUNDEE

  公开号：WO2018189554A1

  公开（公告）日：2018-10-18

  Compounds having the general structure A - L - B are presented wherein A and B are independently an E3 ubiquitin ligase protein binding ligand compound of formula 1A or 1 B. Pharmaceutical compositions comprising these compounds and methods of use are also presented.

  提供具有一般结构 A - L - B 的化合物，其中 A 和 B 分别是式 1A 或 1B 的 E3 泛素连接酶蛋白结合配体化合物。还提供包含这些化合物的药物组合物和使用方法。