D-Lys(Boc)-Gly-OMe

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机酸及其衍生物 - 羧酸及其衍生物
• 英文名称: D-Lys(Boc)-Gly-OMe
• 英文别名: methyl 2-[[(2R)-2-amino-6-[(2-methylpropan-2-yl)oxycarbonylamino]hexanoyl]amino]acetate
• 化学式: C₁₄H₂₇N₃O₅
• 分子量: 317.385
• InChiKey: CMBLZHYCAYCVFU-SNVBAGLBSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  0.4
• 重原子数：
  22
• 可旋转键数：
  11
• 环数：
  0.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.79
• 拓扑面积：
  120
• 氢给体数：
  3
• 氢受体数：
  6

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  D-Lys(Boc)-Gly-OMe 在 1-羟基苯并三唑 、 O-(1H-benzotriazol-1-yl)-N,N,N',N'-tetramethyluronium hexafluorophosphate 、 三乙胺 、 lithium hydroxide 作用下， 以 四氢呋喃 、 水 、 乙腈 为溶剂， 生成
  参考文献：
  名称：

  Nucleobase–Guanidiniocarbonyl-Pyrrole Conjugates as Novel Fluorimetric Sensors for Single Stranded RNA

  摘要：

  我们在此首次证明，鸟苷二羰基吡咯（GCP）单元可用于精细识别单链 RNA 序列--这是一个直观上出乎意料的结果，因为迄今为止，GCP 单元与 ds-DNA 或 ds-RNA 的结合在很大程度上依赖于小沟或大沟的相互作用，这一点在以前的工作中已有证明。两种新型核碱基-GCP 同位共轭物的 GCP 单元的柔韧性不同，它们能对各种单链 RNA 进行荧光识别，而且还能受 pH 值的调节。刚性更强的共轭物只在 pH 值为 7 时才显示出对多聚 A 的特异性荧光增加，而这种反应可在 pH 值为 5 时可逆地关闭；柔性更强的衍生物在 pH 值为 7 时显示出对多聚 G 的选择性荧光淬灭，但对多聚 A 没有变化，而它对多聚 AH+ 的识别可在 pH 值为 5 时开启。计算分析证实了 GCP 片段及其质子化状态在多核苷酸传感中的重要作用，并揭示了这一作用受到共轭物本身内在动态特征的影响。在 pH 值为 7 时，这两种共轭物对尿嘧啶和胞嘧啶 ss-RNA 以及 ds-RNA 的反应微乎其微，而与 ds-DNA 的相互作用则很微弱。因此，核碱基-GCP 结合物可被视为设计 ss-RNA 或 ss-DNA 选择性荧光探针的新型先导化合物。

  DOI：

  10.3390/molecules22122213
• 作为产物：
  描述：

  N-苄氧羰基-N'-叔丁氧羰基-L-赖氨酸 在 palladium 10% on activated carbon 、 氢气 、 1-羟基苯并三唑 、 O-(1H-benzotriazol-1-yl)-N,N,N',N'-tetramethyluronium hexafluorophosphate 、 三乙胺 作用下， 以 甲醇 、 乙腈 为溶剂， 反应 24.0h， 生成 D-Lys(Boc)-Gly-OMe
  参考文献：
  名称：

  Nucleobase–Guanidiniocarbonyl-Pyrrole Conjugates as Novel Fluorimetric Sensors for Single Stranded RNA

  摘要：

  我们在此首次证明，鸟苷二羰基吡咯（GCP）单元可用于精细识别单链 RNA 序列--这是一个直观上出乎意料的结果，因为迄今为止，GCP 单元与 ds-DNA 或 ds-RNA 的结合在很大程度上依赖于小沟或大沟的相互作用，这一点在以前的工作中已有证明。两种新型核碱基-GCP 同位共轭物的 GCP 单元的柔韧性不同，它们能对各种单链 RNA 进行荧光识别，而且还能受 pH 值的调节。刚性更强的共轭物只在 pH 值为 7 时才显示出对多聚 A 的特异性荧光增加，而这种反应可在 pH 值为 5 时可逆地关闭；柔性更强的衍生物在 pH 值为 7 时显示出对多聚 G 的选择性荧光淬灭，但对多聚 A 没有变化，而它对多聚 AH+ 的识别可在 pH 值为 5 时开启。计算分析证实了 GCP 片段及其质子化状态在多核苷酸传感中的重要作用，并揭示了这一作用受到共轭物本身内在动态特征的影响。在 pH 值为 7 时，这两种共轭物对尿嘧啶和胞嘧啶 ss-RNA 以及 ds-RNA 的反应微乎其微，而与 ds-DNA 的相互作用则很微弱。因此，核碱基-GCP 结合物可被视为设计 ss-RNA 或 ss-DNA 选择性荧光探针的新型先导化合物。

  DOI：

  10.3390/molecules22122213

文献信息

• Pyrrolocytosine–pyrene conjugates as fluorescent and CD probes for the fine sensing of ds-polynucleotide secondary structure and specific recognition of poly G
  作者：Željka Ban、Biserka Žinić、Marija Matković、Ana Tomašić Paić、Ivo Crnolatac、Ivo Piantanida

  DOI：10.1039/c8nj05286g

  日期：——

  Multipurpose dual method (fluorescence and CD) probes differentiate between various ds-RNA/RNA structures and specifically recognise Watson–Crick pairing complementary poly G.

  多功能双方法（荧光和CD）探针可以区分不同的双链RNA / RNA结构，并特异性地识别与Watson-Crick配对互补的聚G。
• Peptoid compounds
  申请人：UNIVERSITY OF WOLLONGONG

  公开号：EP2343285A2

  公开（公告）日：2011-07-13

  A compound of the formula (I): wherein A is an aromatic or heteroaromatic ring system or partially or fully reduced derivatives thereof; Q is hydrogen, C1-C12 straight chain, branched or cyclic alkyl substituted with one or more hydroxy groups, or a mono- or di-saccharide moiety; Z is -CR10R11-, -NR12-, -C(O)O-, -C(O)NR12- or -O-, where R10 and R11 are independently selected from hydrogen, hydroxy, C1-C6 alkyl, C6-C10 aryl, C1-C6 alkoxy and -N(R13)2 and where each R13 is independently selected from hydrogen and C1-C6 alkyl, and where R12 is selected from hydrogen and C1-C6 alkyl; R1 is selected from hydrogen, hydroxy, C1-C6 alkyl, C1-C6 alkoxy, -NR(R13)2 and -N(R12)-COR14; where R12 and R13 are as defined above, and where R14 is selected from hydrogen, hydroxy, C1-C6 alkyl, C1-C6 alkoxy and -NR12; R2 is selected from hydrogen, hydroxy, C1-C6 alkyl, C1-C6 alkoxy, -N(R13)2 and -N(R12)-COCHR2aR2b; where R2a and R2b are selected from hydrogen, hydroxy, C1-C6 alkyl, C1-C6 alkoxy, -N(R13)2 and -N(R12)-COR14; where R12 , R13 and R14 are as defined above; R3, R4 and R5 are independently selected from hydrogen, C1-C6 alkyl and α side chains of α-amino acids or their enantiomers or their derivatives; R6 is -CO2R15, -CONHR16, -CONHOR16, -CONHNHR16, -SO2N(R16)2, -SO2R17 or -P(O)(OR18)(OR18) where each R15, R16, R17 and R18 is independently selected from hydrogen, C1-C6 alkyl, C3-C7 cycloalkyl, C6-C10 aryl and C7-C10 arylalkyl; B is an α-amino acid residue, a β-amino acid residue or an α,α-disubstituted amino acid residue, such residue forming amide linkages with the adjacent molecules; W is -O- or CR10R11 where R10 and R11 are as defined above; Y is an optionally substituted amino group, a moiety containing an optionally substituted amino group or a salt thereof: ------ is a single or double bond; R7 and R8a are hydrogen or are absent if ------ is a double bond; and R8b and R9 are hydrogen, and X is selected from (CR10R11)u, -(CR10R11)u-CH=CH-, -NR12(CR10R11)u-, -(CR10R11)uNR12-, -O(CR10R11)u-, -(CR10R11)uO- or -O(CR10R11)CH=CH- where R10, R11 and R12 are as defined above; or R8b and R9 together form a covalent bond between X and the carbon to which R8b is attached, and X is selected from (CR10R11)x, -NR12(CR10R11)x-, -(CR10R11)xNR12-, -O(CR10R11)x- or -(CR10R11)xO-, where R10, R11 and R12 are as defined above; n, m, r and t are independently selected from 0 or 1; s is an integer selected from 0 to 3; p is an integer selected from 0 to 6, provided that when W is -O-, p is at least 1; and u, x and q are independently selected from 0 to 4; and salts and pharmaceutically acceptable derivatives thereof. The compound of formula (I) are useful in the treatment of bacterial infections.

  式 (I) 的化合物： 其中 A 是芳香族或杂芳环系或其部分或全部还原衍生物； Q 是氢、被一个或多个羟基取代的 C1-C12 直链、支链或环状烷基或单糖或二糖分子； Z是-CR10R11-、-NR12-、-C(O)O-、-C(O)NR12-或-O-，其中R10和R11独立选自氢、羟基、C1-C6烷基、C6-C10芳基、C1-C6烷氧基和-N(R13)2，每个R13独立选自氢和C1-C6烷基，R12选自氢和C1-C6烷基；R1 选自氢、羟基、C1-C6 烷基、C1-C6 烷氧基、-NR(R13)2 和-N(R12)-COR14；其中 R12 和 R13 如上定义，R14 选自氢、羟基、C1-C6 烷基、C1-C6 烷氧基和-NR12； R2 选自氢、羟基、C1-C6 烷基、C1-C6 烷氧基、-N(R13)2 和 -N(R12)-COCHR2aR2b；其中 R2a 和 R2b 选自氢、羟基、C1-C6 烷基、C1-C6 烷氧基、-N(R13)2 和 -N(R12)-COR14；其中 R12、R13 和 R14 如上定义； R3、R4 和 R5 独立选自氢、C1-C6 烷基和 α- 氨基酸或其对映体或其衍生物的 α 侧链； R6 是-CO2R15、-CONHR16、-CONHOR16、-CONHNHR16、-SO2N(R16)2、-SO2R17 或-P(O)(OR18)(OR18)，其中每个 R15、R16、R17 和 R18 独立选自氢、C1-C6 烷基、C3-C7 环烷基、C6-C10 芳基和 C7-C10 芳烷基； B 是 α-氨基酸残基、β-氨基酸残基或 α,α-二取代氨基酸残基，此类残基与相邻分子形成酰胺连接； W 是-O-或 CR10R11，其中 R10 和 R11 如上文所定义； Y 是任选取代的氨基、含有任选取代的氨基的分子或其盐： ------ 是单键或双键； R7 和 R8a 是氢，如果 ------ 是双键，则不含 R7 和 R8a；以及 R8b和R9为氢，X选自(CR10R11)u、-(CR10R11)u-CH=CH-、-NR12(CR10R11)u-、-(CR10R11)uNR12-、-O(CR10R11)u-、-(CR10R11)uO-或-O(CR10R11)CH=CH-，其中R10、R11和R12如上定义；或 R8b 和 R9 一起在 X 和 R8b 所连接的碳之间形成共价键，且 X 选自 (CR10R11)x、-NR12(CR10R11)x-、-(CR10R11)xNR12-、-O(CR10R11)x- 或 -(CR10R11)xO-，其中 R10、R11 和 R12 如上文所定义； n、m、r 和 t 分别独立地选自 0 或 1； s 是选自 0 到 3 的整数； p 是选自 0 至 6 的整数，条件是当 W 为-O-时，p 至少为 1；以及 u、x 和 q 独立选自 0 至 4； 及其盐类和药学上可接受的衍生物。 式（I）化合物可用于治疗细菌感染。