N-(2-(2-(2-aminoethoxy)ethoxy)ethyl)-6-((4R,5S)-5-methyl-2-oxoimidazolidin-4-yl)hexanamide

• 分子结构分类: 有机化合物 - 脂质和类脂质分子 - 脂肪酰基
• 英文名称: N-(2-(2-(2-aminoethoxy)ethoxy)ethyl)-6-((4R,5S)-5-methyl-2-oxoimidazolidin-4-yl)hexanamide
• 英文别名: N-[2-[2-(2-aminoethoxy)ethoxy]ethyl]-6-[(4R,5S)-5-methyl-2-oxoimidazolidin-4-yl]hexanamide
• 化学式: C₁₆H₃₂N₄O₄
• 分子量: 344.454
• InChiKey: JMZMBLMMFCKEDJ-UONOGXRCSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -0.7
• 重原子数：
  24
• 可旋转键数：
  14
• 环数：
  1.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.88
• 拓扑面积：
  115
• 氢给体数：
  4
• 氢受体数：
  5

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  N-(2-(2-(2-aminoethoxy)ethoxy)ethyl)-6-((4R,5S)-5-methyl-2-oxoimidazolidin-4-yl)hexanamide 在 三乙胺 、 N,N-二异丙基乙胺 、 三氟乙酸 、 N-[(dimethylamino)-3-oxo-1H-1,2,3-triazolo[4,5-b]pyridin-1-yl-methylene]-N-methylmethanaminium hexafluorophosphate 作用下， 以 甲醇 、 二氯甲烷 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 2.08h， 生成 N-((S)-18-iodo-11-isopropyl-10,13,17-trioxo-3,6-dioxa-9,12,16-triazaoctadecyl)-6-((4R,5S)-5-methyl-2-oxoimidazolidin-4-yl)hexanamide
  参考文献：
  名称：

  共价KRASG12C抑制剂的化学蛋白质组学表征

  摘要：

  KRASG12C蛋白产品是抑制小分子的诱人但具有挑战性的目标。治疗干预的一种选择是设计能够通过与半胱氨酸12的巯基形成共价键而与KRASG12C结合并使其失活的小分子配体。为了更好地理解化合物1的细胞脱靶相互作用，共价KRASG12C抑制剂，我们已经在H358细胞中完成了一系列互补的化学蛋白质组学实验。设计了一种新的硫醇反应探针（TRP），并用于构建KRASG12C的细胞靶标占用分析。此外，硫醇反应性探针使我们能够分析化合物1潜在的脱靶相互作用具有3200多个半胱氨酸残基。为了补充TRP数据，我们设计了化合物2（一种含有炔烃的化合物1）作为诱饵，用于竞争性蛋白质组学实验。在这里，我们描述和比较来自TRP和点击化学探针下拉实验的数据。

  DOI：

  10.1021/acsmedchemlett.8b00110
• 作为产物：
  描述：

  D-脱硫生物素 在 N-羟基-7-氮杂苯并三氮唑 、 盐酸-N-乙基-Nˊ-(3-二甲氨基丙基)碳二亚胺 、 三乙胺 、 三氟乙酸 作用下， 以 二氯甲烷 为溶剂， 生成 N-(2-(2-(2-aminoethoxy)ethoxy)ethyl)-6-((4R,5S)-5-methyl-2-oxoimidazolidin-4-yl)hexanamide
  参考文献：
  名称：

  共价KRASG12C抑制剂的化学蛋白质组学表征

  摘要：

  KRASG12C蛋白产品是抑制小分子的诱人但具有挑战性的目标。治疗干预的一种选择是设计能够通过与半胱氨酸12的巯基形成共价键而与KRASG12C结合并使其失活的小分子配体。为了更好地理解化合物1的细胞脱靶相互作用，共价KRASG12C抑制剂，我们已经在H358细胞中完成了一系列互补的化学蛋白质组学实验。设计了一种新的硫醇反应探针（TRP），并用于构建KRASG12C的细胞靶标占用分析。此外，硫醇反应性探针使我们能够分析化合物1潜在的脱靶相互作用具有3200多个半胱氨酸残基。为了补充TRP数据，我们设计了化合物2（一种含有炔烃的化合物1）作为诱饵，用于竞争性蛋白质组学实验。在这里，我们描述和比较来自TRP和点击化学探针下拉实验的数据。

  DOI：

  10.1021/acsmedchemlett.8b00110

文献信息

• Discovery of Small-Molecule Interleukin-2 Inhibitors from a DNA-Encoded Chemical Library
  作者：Markus Leimbacher、Yixin Zhang、Luca Mannocci、Michael Stravs、Tim Geppert、Jörg Scheuermann、Gisbert Schneider、Dario Neri

  DOI：10.1002/chem.201200952

  日期：2012.6.18

  AbstractLibraries of chemical compounds individually coupled to encoding DNA tags (DNA‐encoded chemical libraries) hold promise to facilitate exceptionally efficient ligand discovery. We constructed a high‐quality DNA‐encoded chemical library comprising 30 000 drug‐like compounds; this was screened in 170 different affinity capture experiments. High‐throughput sequencing allowed the evaluation of 120 million DNA codes for a systematic analysis of selection strategies and statistically robust identification of binding molecules. Selections performed against the tumor‐associated antigen carbonic anhydrase IX (CA IX) and the pro‐inflammatory cytokine interleukin‐2 (IL‐2) yielded potent inhibitors with exquisite target specificity. The binding mode of the revealed pharmacophore against IL‐2 was confirmed by molecular docking. Our findings suggest that DNA‐encoded chemical libraries allow the facile identification of drug‐like ligands principally to any protein of choice, including molecules capable of disrupting high‐affinity protein–protein interactions.
• Chemical Proteomic Characterization of a Covalent KRASG12C Inhibitor
  作者：Aruna Wijeratne、Junpeng Xiao、Christopher Reutter、Kelly W. Furness、Rebecca Leon、Mohammad Zia-Ebrahimi、Rachel N. Cavitt、John M. Strelow、Robert D. Van Horn、Sheng-Bin Peng、David A. Barda、Thomas A. Engler、Michael J. Chalmers

  DOI：10.1021/acsmedchemlett.8b00110

  日期：2018.6.14

  series of complementary chemical proteomics experiments in H358 cells. A new thiol reactive probe (TRP) was designed and used to construct a cellular target occupancy assay for KRASG12C. In addition, the thiol reactive probes allowed us to profile potential off-target interactions of Compound 1 with over 3200 cysteine residues. In order to complement the TRP data we designed Compound 2, an alkyne containing

  KRASG12C蛋白产品是抑制小分子的诱人但具有挑战性的目标。治疗干预的一种选择是设计能够通过与半胱氨酸12的巯基形成共价键而与KRASG12C结合并使其失活的小分子配体。为了更好地理解化合物1的细胞脱靶相互作用，共价KRASG12C抑制剂，我们已经在H358细胞中完成了一系列互补的化学蛋白质组学实验。设计了一种新的硫醇反应探针（TRP），并用于构建KRASG12C的细胞靶标占用分析。此外，硫醇反应性探针使我们能够分析化合物1潜在的脱靶相互作用具有3200多个半胱氨酸残基。为了补充TRP数据，我们设计了化合物2（一种含有炔烃的化合物1）作为诱饵，用于竞争性蛋白质组学实验。在这里，我们描述和比较来自TRP和点击化学探针下拉实验的数据。