4-amino-2-(2-octylthioethyl)-6-oxopyrimidine | 1200443-97-5

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机杂环化合物 - 二嗪类
• 英文名称: 4-amino-2-(2-octylthioethyl)-6-oxopyrimidine
• 英文别名: 4-amino-2-(2-octylsulfanylethyl)-1H-pyrimidin-6-one
• CAS: 1200443-97-5
• 化学式: C₁₄H₂₅N₃OS
• 分子量: 283.438
• InChiKey: UFHSSWKWJGOFIB-UHFFFAOYSA-N

物化性质

• 熔点：
  181 °C
• 沸点：
  416.5±55.0 °C(Predicted)
• 密度：
  1.14±0.1 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  2.8
• 重原子数：
  19
• 可旋转键数：
  10
• 环数：
  1.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.71
• 拓扑面积：
  92.8
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  4

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  4-amino-2-(2-octylthioethyl)-6-oxopyrimidine 在 10 wt% Pd(OH)2 on carbon 、 氢气 、 lithium hydride 作用下， 以 1,4-二氧六环 、 吡啶 、 甲醇 为溶剂， 反应 142.5h， 生成 2-(2-octylthioethyl)-6-oxo-4-phenoxyacetylamino-1-(5-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-2,4-dideoxy-D-ribityl)pyrimidine
  参考文献：
  名称：

  Crosslinking reactions of 4-amino-6-oxo-2-vinylpyrimidine with guanine derivatives and structural analysis of the adducts

  摘要：

  DNA 链间交联（ICL）是许多临床抗癌药物产生细胞毒性活性的主要机制，目前已开发出许多形成 ICL 的策略。其中一种方法是使用交联形成寡核苷酸（CFO）。在这项研究中，我们设计了一种带有无环间隔的 4-氨基-6-氧代-2-乙烯基嘧啶（AOVP）衍生物，可选择性地与鸟嘌呤发生反应。AOVP CFO 与 DNA 中的鸟嘌呤和胸腺嘧啶以及 RNA 中的鸟嘌呤具有选择性交联反应。在 CoCl2、NiCl2、ZnCl2 和 MnCl2 的存在下，这些与鸟嘌呤的交联反应会加速。此外，我们还证明了 AOVP CFO 对双链 DNA 中与 AOVP 相对的 8-氧鸟嘌呤具有反应性。我们通过高分辨率核磁共振分析了双链 DNA 中每个鸟嘌呤和 8-氧鸟嘌呤加合物的结构。结果表明，AOVP 与双链 DNA 中鸟嘌呤的 N2 氨基和 8-氧代鸟嘌呤的 N1 或 N2 氨基发生反应。这项研究首次证明了无需酶解即可直接测定双链 DNA 中的加合物结构。

  DOI：

  10.1093/nar/gkv797
• 作为产物：
  描述：

  1-辛硫醇 、 4-amino-2-bromo-6-oxo-pyrimidine 在 bis-triphenylphosphine-palladium(II) chloride 、 三丁基乙烯基锡 作用下， 以 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 26.0h， 以58%的产率得到4-amino-2-(2-octylthioethyl)-6-oxopyrimidine
  参考文献：
  名称：

  含交联剂的肽核酸的合成及其反应性评价

  摘要：

  肽核酸 (PNA) 是核酸的结构模拟物，可与 DNA 和 RNA 形成稳定的杂交体。此外，PNA 可以侵入双链 DNA。由于这些特性，PNA 被广泛用作生化工具，例如，在反义/抗原治疗中。核酸中的链间交联形成是通过共价键形成制备稳定双链体的策略之一。在这项研究中，我们合成了包含 4-amino-6-oxo-2-vinylpyrimidine (AOVP) 作为交联剂的 PNA，并评估了它们对靶向 DNA 和 RNA 的反应性。

  DOI：

  10.3390/molecules20034708

文献信息

• Formation of highly selective and efficient interstrand cross-linking to thymine without photo-irradiation
  作者：Keiichi Hattori、Tomoya Hirohama、Shuhei Imoto、Shuhei Kusano、Fumi Nagatsugi

  DOI：10.1039/b915381k

  日期：——

  Interstrand cross-linking (ICL) forming oligodeoxynucleotides (ODNs) have been expected to ensure the inhibition of gene expression. In this communication, we report a highly efficient and selective ICL reaction to thymine using a 4-amino-2-vinyl-6-oxopyrimidine derivative.

  形成寡脱氧核苷酸（ODN）的链间交联（ICL）有望确保抑制基因表达。在这篇通讯中，我们报告了一种使用 4-氨基-2-乙烯基-6-氧代嘧啶衍生物对胸腺嘧啶进行高效和选择性 ICL 反应的方法。
• Synthesis of Peptide Nucleic Acids Containing a Crosslinking Agent and Evaluation of Their Reactivities
  作者：Takuya Akisawa、Yuki Ishizawa、Fumi Nagatsugi

  DOI：10.3390/molecules20034708

  日期：——

  Peptide nucleic acids (PNAs) are structural mimics of nucleic acids that form stable hybrids with DNA and RNA. In addition, PNAs can invade double-stranded DNA. Due to these characteristics, PNAs are widely used as biochemical tools, for example, in antisense/antigene therapy. Interstrand crosslink formation in nucleic acids is one of the strategies for preparing a stable duplex by covalent bond formation

  肽核酸 (PNA) 是核酸的结构模拟物，可与 DNA 和 RNA 形成稳定的杂交体。此外，PNA 可以侵入双链 DNA。由于这些特性，PNA 被广泛用作生化工具，例如，在反义/抗原治疗中。核酸中的链间交联形成是通过共价键形成制备稳定双链体的策略之一。在这项研究中，我们合成了包含 4-amino-6-oxo-2-vinylpyrimidine (AOVP) 作为交联剂的 PNA，并评估了它们对靶向 DNA 和 RNA 的反应性。
• Crosslinking reactions of 4-amino-6-oxo-2-vinylpyrimidine with guanine derivatives and structural analysis of the adducts
  作者：Shuhei Kusano、Shogo Ishiyama、Sik Lok Lam、Tsukasa Mashima、Masato Katahira、Kengo Miyamoto、Misako Aida、Fumi Nagatsugi

  DOI：10.1093/nar/gkv797

  日期：2015.9.18

  DNA interstrand crosslinks (ICLs) are the primary mechanism for the cytotoxic activity of many clinical anticancer drugs, and numerous strategies for forming ICLs have been developed. One such method is using crosslink-forming oligonucleotides (CFOs). In this study, we designed a 4-amino-6-oxo-2-vinylpyrimidine (AOVP) derivative with an acyclic spacer to react selectively with guanine. The AOVP CFO exhibited selective crosslinking reactivity with guanine and thymine in DNA, and with guanine in RNA. These crosslinking reactions with guanine were accelerated in the presence of CoCl2, NiCl2, ZnCl2 and MnCl2. In addition, we demonstrated that the AOVP CFO was reactive toward 8-oxoguanine opposite AOVP in the duplex DNA. The structural analysis of each guanine and 8-oxoguanine adduct in the duplex DNA was investigated by high-resolution NMR. The results suggested that AOVP reacts at the N2 amine in guanine and at the N1 or N2 amines in 8-oxoguanine in the duplex DNA. This study demonstrated the first direct determination of the adduct structure in duplex DNA without enzyme digestion.

  DNA 链间交联（ICL）是许多临床抗癌药物产生细胞毒性活性的主要机制，目前已开发出许多形成 ICL 的策略。其中一种方法是使用交联形成寡核苷酸（CFO）。在这项研究中，我们设计了一种带有无环间隔的 4-氨基-6-氧代-2-乙烯基嘧啶（AOVP）衍生物，可选择性地与鸟嘌呤发生反应。AOVP CFO 与 DNA 中的鸟嘌呤和胸腺嘧啶以及 RNA 中的鸟嘌呤具有选择性交联反应。在 CoCl2、NiCl2、ZnCl2 和 MnCl2 的存在下，这些与鸟嘌呤的交联反应会加速。此外，我们还证明了 AOVP CFO 对双链 DNA 中与 AOVP 相对的 8-氧鸟嘌呤具有反应性。我们通过高分辨率核磁共振分析了双链 DNA 中每个鸟嘌呤和 8-氧鸟嘌呤加合物的结构。结果表明，AOVP 与双链 DNA 中鸟嘌呤的 N2 氨基和 8-氧代鸟嘌呤的 N1 或 N2 氨基发生反应。这项研究首次证明了无需酶解即可直接测定双链 DNA 中的加合物结构。