Conformationally Homogeneous Cyclic Tetrapeptides: Useful New Three-Dimensional Scaffolds
作者:Matthew P. Glenn、Michael J. Kelso、Joel D. A. Tyndall、David P. Fairlie
DOI:10.1021/ja029205t
日期:2003.1.1
contiguous amino acids in a peptide sequence. Cyclic tetrapeptides thus represent minimalist turn mimetics, but their usefulness is compromised by strain in their 12-membered rings, making them difficult to cyclize, unstable to hydrolysis/metabolism, and conformationally heterogeneous in polar solvents. Appropriate placement of a beta amino acid in a tetrapeptide creates a 13-membered ring that is shown
蛋白质-蛋白质相互作用中最常见的基序是 γ 和 β 转角,它们由肽序列中的三到四个连续氨基酸定义。因此,环状四肽代表了极简主义的转折模拟物,但它们的用途受到其 12 元环中的应变的影响,使它们难以环化,对水解/代谢不稳定,并且在极性溶剂中构象异质。在四肽中适当放置 β 氨基酸会产生一个 13 元环,该环在极性溶剂(如 DMSO 和水)中更容易环化、水解更稳定且构象均匀。三维结构表明这些环状四肽是新型刚性支架,它们独特的侧链投影与结构多样的有用非肽模板相匹配,包括糖和螺环化合物,作为天然产物的组成部分。结果提供了蛋白质结构和有机天然产物之间潜在有用的联系。仅基于蛋白质转角序列(而非蛋白质结构),可以将具有 β 氨基酸的简单环状四肽文库合理设计为构象限制、易于合成和立体化学控制的筛选工具,用于快速识别药效团空间,然后进行计算机匹配用于药物开发的更复杂的已知天然产物模板。结果提供了蛋白质结构和有