N-((2S,3R)-1,3-dihydroxy-5-((2-oxo-2H-chromen-7-yl)oxy)pentan-2-yl)palmitamide | 1005497-03-9

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯丙烷和聚酮 - 香豆素及其衍生物
• 英文名称: N-((2S,3R)-1,3-dihydroxy-5-((2-oxo-2H-chromen-7-yl)oxy)pentan-2-yl)palmitamide
• 英文别名: N-((2S,3R)-(+)-1,3-Dihydroxy-5-((2-oxo-2H-chromen-7-yl)oxy)pentan-2-yl)palmitamide；N-[(2S,3R)-1,3-dihydroxy-5-(2-oxochromen-7-yl)oxypentan-2-yl]hexadecanamide
• CAS: 1005497-03-9
• 化学式: C₃₀H₄₇NO₆
• 分子量: 517.706
• InChiKey: ASWQERQPSVCZCY-RRPNLBNLSA-N

物化性质

• 沸点：
  727.3±60.0 °C(Predicted)
• 密度：
  1.094±0.06 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  7.6
• 重原子数：
  37
• 可旋转键数：
  21
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.67
• 拓扑面积：
  105
• 氢给体数：
  3
• 氢受体数：
  6

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  N-((2S,3R)-1,3-dihydroxy-5-((2-oxo-2H-chromen-7-yl)oxy)pentan-2-yl)palmitamide 在 recombinant human neutral ceramidase 作用下， 以 乙醇 为溶剂， 生成 7-(((3R,4S)-4-amino-3,5-dihydroxypentyl)oxy)-2H-chromen-2-one
  参考文献：
  名称：

  用于中性和碱性陶瓷酶的新型荧光探针。

  摘要：

  报道了源自我们先前报道的探针（RBM14）的N-酰基修饰的新型荧光神经酰胺酶底物。尽管没有一种新的探针能作为酸性神经酰胺酶底物优于已知的RBM14C12，但相应的神经酰胺（RBM14C24：1）是重组人中性神经酰胺酶在细胞裂解液和完整细胞中的有效且选择性的底物。还报道了第二代底物，其掺入了天然的2-（N-酰基氨基）-1，3-二醇-4-烯骨架（化合物RBM15）。其中，具有不饱和N-酰基链的相应脂肪酰基酰胺可用作底物以确定碱性神经酰胺酶（ACER）1和ACER2的活性。特别是化合物RBM15C18：

  DOI：

  10.1194/jlr.d092759
• 作为产物：
  描述：

  棕榈酸 N-羟基琥珀酰亚胺酯 、 (S)-tert-butyl 4-((R)-1-hydroxy-3-((2-oxo-2H-chromen-7-yl)oxy)propyl)-2,2-dimethyloxazolidine-3-carboxylate 在 三氟乙酸 、 三乙胺 作用下， 以 二氯甲烷 、 四氢呋喃 为溶剂， 反应 14.17h， 以81%的产率得到N-((2S,3R)-1,3-dihydroxy-5-((2-oxo-2H-chromen-7-yl)oxy)pentan-2-yl)palmitamide
  参考文献：
  名称：

  改进荧光神经酰胺酶底物的合成

  摘要：

  大量的兴趣集中在鞘脂代谢酶在各种过度增殖和炎症疾病中的作用。涉及这些病理的关键酶家族是神经酰胺酶。神经酰胺酶将促凋亡脂质神经酰胺切割成长链脂肪酸和鞘氨醇，然后可以进一步代谢为促有丝分裂和炎症脂质鞘氨醇 1-磷酸。因此，神经酰胺酶抑制剂的开发将为进一步研究鞘脂代谢以及药物开发的先导化合物提供有用的药理学探针。由于缺乏适合高通量筛选的体外和细胞神经酰胺酶测定，这项努力受到了阻碍。最近，已将荧光神经酰胺类似物描述为用于神经酰胺酶测定的底物。该化合物的合成现在在所需的工作量和该方法的总产率方面都得到了显着改善。主要改进包括：减少所需步骤的数量，使用硼氢化反应；加入光信反应；通过添加三乙胺改善酰化；共同使总产量提高了四倍。此外，已经证明神经酰胺类似物可用于高通量测定以鉴定神经酰胺酶抑制剂。总的来说，这种神经酰胺酶底物制备效率的提高应该会加速与鞘脂代谢相关的发现工作。减少所需步骤的数量，使用硼氢化反应

  DOI：

  10.1016/j.bmc.2009.12.071

文献信息

• A simple fluorogenic method for determination of acid ceramidase activity and diagnosis of Farber disease
  作者：Carmen Bedia、Luz Camacho、José Luís Abad、Gemma Fabriàs、Thierry Levade

  DOI：10.1194/jlr.d010033

  日期：2010.12

  Acid ceramidase (aCDase) is one of several enzymes responsible for ceramide degradation within mammalian cells. As such, aCDase regulates the intracellular levels of the bioactive lipid ceramide. An inherited deficiency of aCDase activity results in Farber disease (FD), also called lipogranulomatosis, which is characterized by ceramide accumulation in the tissues of patients. Diagnosis of FD is confirmed by demonstration of a deficient aCDase activity and the subsequent storage of ceramide. Existing methods include extremely complex assays, many of them using radiolabeled compounds. Therefore, the aCDase assay and the in vitro enzymatic diagnosis of FD are still performed in only a very limited number of specialized laboratories. Here, the new fluorogenic substrate Rbm14-12 was synthesized and characterized as a new tool to determine aCDase activity. The resulting optimized assay was performed in 96-well plates, and different fibroblast and lymphoid cell lines derived from FD patients and controls were tested to measure aCDase activity. As a result, the activity in cells of FD patients was found to be very low or even null.jlr This new fluorogenic method offers a very easy and rapid way for specific and accurate determination of aCDase activity and, consequently, for diagnosis of FD.-Bedia, C., L. Camacho, J. L. Abad, G. Fabrias, and T. Levade. A simple fluorogenic method for determination of acid ceramidase activity and diagnosis of Farber disease. J. Lipid Res. 2010. 51: 3542-3547.
• Improved synthesis of a fluorogenic ceramidase substrate
  作者：Zuping Xia、Jeremiah M. Draper、Charles D. Smith

  DOI：10.1016/j.bmc.2009.12.071

  日期：2010.2

  development. This effort has been hampered by the lack of in vitro and cellular ceramidase assays that are amenable to high-throughput screening. Recently, a fluorogenic ceramide analog has been described as a substrate for use in ceramidase assays. The synthesis of this compound has now been substantially improved in terms of both the required effort and the overall yield of the process. Key improvements include:

  大量的兴趣集中在鞘脂代谢酶在各种过度增殖和炎症疾病中的作用。涉及这些病理的关键酶家族是神经酰胺酶。神经酰胺酶将促凋亡脂质神经酰胺切割成长链脂肪酸和鞘氨醇，然后可以进一步代谢为促有丝分裂和炎症脂质鞘氨醇 1-磷酸。因此，神经酰胺酶抑制剂的开发将为进一步研究鞘脂代谢以及药物开发的先导化合物提供有用的药理学探针。由于缺乏适合高通量筛选的体外和细胞神经酰胺酶测定，这项努力受到了阻碍。最近，已将荧光神经酰胺类似物描述为用于神经酰胺酶测定的底物。该化合物的合成现在在所需的工作量和该方法的总产率方面都得到了显着改善。主要改进包括：减少所需步骤的数量，使用硼氢化反应；加入光信反应；通过添加三乙胺改善酰化；共同使总产量提高了四倍。此外，已经证明神经酰胺类似物可用于高通量测定以鉴定神经酰胺酶抑制剂。总的来说，这种神经酰胺酶底物制备效率的提高应该会加速与鞘脂代谢相关的发现工作。减少所需步骤的数量，使用硼氢化反应
• New fluorogenic probes for neutral and alkaline ceramidases
  作者：Mireia Casasampere、Núria Bielsa、Daniel Riba、Laura Bassas、Ruijuan Xu、Cungui Mao、Gemma Fabriàs、José-Luis Abad、Antonio Delgado、Josefina Casas

  DOI：10.1194/jlr.d092759

  日期：2019.6

  New fluorogenic ceramidase substrates derived from the N-acyl modification of our previously reported probes (RBM14) are reported. While none of the new probes were superior to the known RBM14C12 as acid ceramidase substrates, the corresponding nervonic acid amide (RBM14C24:1) is an efficient and selective substrate for the recombinant human neutral ceramidase, both in cell lysates and in intact cells

  报道了源自我们先前报道的探针（RBM14）的N-酰基修饰的新型荧光神经酰胺酶底物。尽管没有一种新的探针能作为酸性神经酰胺酶底物优于已知的RBM14C12，但相应的神经酰胺（RBM14C24：1）是重组人中性神经酰胺酶在细胞裂解液和完整细胞中的有效且选择性的底物。还报道了第二代底物，其掺入了天然的2-（N-酰基氨基）-1，3-二醇-4-烯骨架（化合物RBM15）。其中，具有不饱和N-酰基链的相应脂肪酰基酰胺可用作底物以确定碱性神经酰胺酶（ACER）1和ACER2的活性。特别是化合物RBM15C18：