2-(4-tert-butoxycarbonylamino-1-methyl-1H-pyrrol-2-yl)-1H-benzimidazole-5-carboxylic acid | 538372-41-7

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机杂环化合物 - 苯并咪唑类
• 英文名称: 2-(4-tert-butoxycarbonylamino-1-methyl-1H-pyrrol-2-yl)-1H-benzimidazole-5-carboxylic acid
• 英文别名: 2-[1-methyl-4-[(2-methylpropan-2-yl)oxycarbonylamino]pyrrol-2-yl]-3H-benzimidazole-5-carboxylic acid
• CAS: 538372-41-7
• 化学式: C₁₈H₂₀N₄O₄
• 分子量: 356.381
• InChiKey: STSCWKMEHCZVQU-UHFFFAOYSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  2
• 重原子数：
  26
• 可旋转键数：
  5
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.28
• 拓扑面积：
  109
• 氢给体数：
  3
• 氢受体数：
  5

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  1-甲基-1H-咪唑-2-羧酸 、 4-叔丁氧羰氨基-1-甲基-1H-吡咯-2-苯并噻唑羧酸甲酯 、 甲胺 、 N-Alpha-(9-芴甲氧羰基)-N-β-叔丁氧羰基-D-2,4-二氨基丁酸 、 2-(4-tert-butoxycarbonylamino-1-methyl-1H-pyrrol-2-yl)-1H-benzimidazole-5-carboxylic acid 以0.6 mg的产率得到N-[5-[[(3R)-3-amino-4-[[1-methyl-5-[[1-methyl-5-[[1-methyl-5-[[1-methyl-5-(methylcarbamoyl)pyrrol-3-yl]carbamoyl]pyrrol-3-yl]carbamoyl]pyrrol-3-yl]carbamoyl]pyrrol-3-yl]amino]-4-oxobutyl]carbamoyl]-1-methylpyrrol-3-yl]-2-[1-methyl-4-[(1-methylimidazole-2-carbonyl)amino]pyrrol-2-yl]-3H-benzimidazole-5-carboxamide
  参考文献：
  名称：

  用于 DNA 小沟识别的咪唑并吡啶/吡咯和羟基苯并咪唑/吡咯对

  摘要：

  报道了融合杂环咪唑并 [4,5-b] 吡啶 (Ip) 和羟基苯并咪唑 (Hz) 与吡咯 (Py) 在八环发夹聚酰胺中的 DNA 结合特性。将 Ip/Py 和 Hz/Py 对的识别特征与 DNA 限制片段上的五元环对 Im/Py 和 Hp/Py 在四个 6 碱基对识别位点进行比较，这些位点在单个位置 5'- TGTNTA-3'，其中 N = G、C、T、A。 Ip/Py 对将 GC 与 CG、TA 和 AT 区分开来，Hz/Py 对将 TA 与 AT、GC 和 CG 区分开来，提供了一个新的一组杂环对以靶向 DNA 小沟中的四个 Watson-Crick 碱基对。

  DOI：

  10.1021/ja0300158
• 作为产物：
  描述：

  3,4-二氨基苯甲酸甲酯 在 10percent Pd/C sodium hydroxide 、 氢气 、 N,N-二异丙基乙胺 作用下， 以 1,4-二氧六环 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 20.0~120.0 ℃ 、4.14 MPa 条件下， 反应 63.0h， 生成 2-(4-tert-butoxycarbonylamino-1-methyl-1H-pyrrol-2-yl)-1H-benzimidazole-5-carboxylic acid
  参考文献：
  名称：

  用于DNA识别的替代杂环：苯并咪唑/咪唑对。

  摘要：

  通过在肟上进行固相合成，合成了Boc保护的苯并咪唑-吡咯，苯并咪唑-咪唑和苯并咪唑-甲氧基吡咯氨基酸，并将其掺入由N-甲基吡咯和N-甲基咪唑氨基酸组成的DNA结合聚酰胺中。树脂。这些发夹聚酰胺被设计用于确定指定的六个碱基对识别序列的并排苯并咪唑/咪唑对的DNA识别谱。通过对DNA片段进行定量DNase I足迹滴定，在识别序列的六个碱基对位置中的两个碱基对位置确定聚酰胺-DNA复合物的平衡缔合常数，每个片段均包含匹配的碱基对和单个碱基对错配的结合位点。结果表明，苯并咪唑-杂环砌块可以取代吡咯-吡咯，吡咯-咪唑和吡咯-羟基吡咯构建体，同时保留相对位点特异性和亚纳摩尔匹配位点亲和力。含苯并咪唑的发夹状聚酰胺代表一类新型的DNA结合配体，其特征在于可调节的靶标识别序列，并结合了苯并咪唑型DNA小沟结合剂的良好特性。

  DOI：

  10.1002/chem.200204689

文献信息

• Alternative heterocycles for DNA recognition
  申请人：Dervan B. Peter

  公开号：US20050026174A1

  公开（公告）日：2005-02-03

  Methods and compositions are provided for forming complexes between dsDNA and novel oligomers comprising fused six-membered rings. By appropriate choice of target sequences and oligomers, complexes comprising oligomer-DNA are obtained with high association constants. The formation of complexes can be used for identification of specific dsDNA sequences, for inhibiting gene transcription, and as a therapeutic for inhibiting proliferation of undesired cells or modulation of expression of specific genes.

  提供了一种形成双链DNA与含有融合六元环的新寡聚物之间复合物的方法和组合物。通过选择适当的靶序列和寡聚物，可以获得具有高结合常数的含寡聚物-DNA的复合物。复合物的形成可用于特定双链DNA序列的识别，用于抑制基因转录，并作为抑制不需要的细胞增殖或调节特定基因表达的治疗方法。
• Programmable Oligomers for Minor Groove DNA Recognition
  作者：Raymond M. Doss、Michael A. Marques、Shane Foister、David M. Chenoweth、Peter B. Dervan

  DOI：10.1021/ja0621795

  日期：2006.7.19

  The four Watson-Crick base pairs of DNA can be distinguished in the minor groove by pairing side-by-side three five-membered aromatic carboxamides, imidazole (Im), pyrrole (Py), and hydroxypyrrole (Hp), four different ways. On the basis of the paradigm of unsymmetrical paired edges of aromatic rings for minor groove recognition, a second generation set of heterocycle pairs, imidazopyridine/pyrrole (Ip/Py)

  DNA 的四个 Watson-Crick 碱基对可以通过并排配对三个五元芳香羧酰胺、咪唑 (Im)、吡咯 (Py) 和羟基吡咯 (Hp)，四种不同的方式在小沟中区分。基于用于小沟识别的芳环不对称配对边缘的范式，第二代杂环对，咪唑并吡啶/吡咯（Ip/Py）和羟基苯并咪唑/吡咯（Hz/Py），揭示了识别元件不是基于可以实现对远霉素类似物的研究。一组新的末端杂环二聚体，恶唑-羟基苯并咪唑 (No-Hz) 和氯噻吩-羟基苯并咪唑 (Ct-Hz)，与 Py-Py 配对显示结合小沟中 DNA 的连续碱基对，特别是 5' -GT-3' 和 5'-TT-3'，具有高亲和力和选择性。
• Exploring the limits of benzimidazole DNA-binding oligomers for the hypoxia inducible factor (HIF) site
  作者：Anne Viger、Peter B. Dervan

  DOI：10.1016/j.bmc.2006.08.028

  日期：2006.12

  The vascular endothelial growth factor (VEGF) and its receptors have been implicated as key-factors in tumor angiogenesis and are major targets in cancer therapy. New oligomers which mimic the architecture of DNA-binding polyamides have been designed to target the hypoxia inducible factor (HIF-1 alpha) binding site on the promoter of VEGF gene. These oligomers incorporate an increasing number of six-five fused rings such as hydroxybenzimidazole-imidazole, benzimidazole pyrrole, benzimidazole-chlorothiophene, and imidazopyridine-pyrrole, and bind the VEGF hypoxia response element (HRE) 5'-TACGT-3' with high affinity and selectivity. (c) 2006 Elsevier Ltd. All rights reserved.
• EP1599474A4
  申请人：——

  公开号：EP1599474A4

  公开（公告）日：2007-08-22
• ALTERNATIVE HETEROCYCLES FOR DNA RECOGNITION
  申请人：CALIFORNIA INSTITUTE OF TECHNOLOGY

  公开号：EP1599474A2

  公开（公告）日：2005-11-30