(3,5-di-O-p-toluoyl)-6-aza-2-deoxyuridine

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 苯和取代衍生物
• 英文名称: (3,5-di-O-p-toluoyl)-6-aza-2-deoxyuridine
• 英文别名: 1-(3,5-Di-O-p-tolyl-2-desoxy-β-D-ribofuranosyl)-6-aza-uracil；1-<3,5-Di-(O-p-toluoyl)-2-deoxy-β-D-ribofuranosyl>-6-aza-uracil；2-[2-deoxy-3,5-bis-O-(4-methylbenzoyl)-β-D-erythro-pentofuranosyl]-1,2,4-triazine-3,5(2H,4H)-dione；3',5'-di-O-p-toluoyl-2'-deoxy-6-azauridine；2-[O³,O⁵-bis-(4-methyl-benzoyl)-β-D-erythro-2-deoxy-pentofuranosyl]-2H-[1,2,4]triazine-3,5-dione；[(2R,3S,5R)-5-(3,5-dioxo-1,2,4-triazin-2-yl)-3-(4-methylbenzoyl)oxyoxolan-2-yl]methyl 4-methylbenzoate
• 化学式: C₂₄H₂₃N₃O₇
• 分子量: 465.463
• InChiKey: VSCQBRIKMPAWNZ-QKNQBKEWSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  3.4
• 重原子数：
  34
• 可旋转键数：
  8
• 环数：
  4.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.29
• 拓扑面积：
  124
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  8

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  (3,5-di-O-p-toluoyl)-6-aza-2-deoxyuridine 在 甲醇 、 sodium methylate 作用下， 以77%的产率得到6-氮杂-2'-脱氧尿苷
  参考文献：
  名称：

  包含6-Aza-2'-脱氧尿苷的寡核苷酸：合成，核碱基保护，pH依赖的双链体稳定性和金属DNA的形成。

  摘要：

  通过固相合成制备含有核苷6-aza-2'-脱氧尿苷z 6 U d（1a）的寡脱氧核糖核苷酸。由于该核苷的p K a值为6.8，观察到了不希望的副反应。因此，保护​​了氮3（邻-茴香基保护）。在这种方法中制备的1a亚磷酰胺在允许多次掺入寡核苷酸方面与规范核苷的结构单元一样有效。含有1a的寡核苷酸双链体显示出T m值的pH依赖性。这是由化合物1a上的核碱基去质子化引起的已经处于中立条件下。在锌+2离子存在下研究了金属（M）-DNA的形成。已证明6-氮杂尿嘧啶修饰的双链体已经在中性介质中形成M-DNA，而天然DNA需要碱性条件（pH 8.5以上）。核苷1a的糖部分及其戊基衍生物5a的构象分析表明，在溶液中具有优选的N-构象，而在固态下获得化合物1a的S-构象（单晶X射线分析）。

  DOI：

  10.1021/jo0702903
• 作为产物：
  描述：

  6-氮杂脲嘧啶 、 1-Α-氯-3,5-二-O-对甲苯甲酰基-2-脱氧-D-呋喃核糖 在 三甲基氯硅烷 、 六甲基二硅氮烷 作用下， 以 氯仿 为溶剂， 反应 17.0h， 以60%的产率得到(3,5-di-O-p-toluoyl)-6-aza-2-deoxyuridine
  参考文献：
  名称：

  干细胞中5-甲酰基-脱氧胞苷（fdC）的主动脱甲酰化机理分析。

  摘要：

  从启动子元件中去除5-甲基-脱氧胞苷（mdC）与沉默的相应基因的重新激活有关。它是通过主动脱甲基过程进行的，该过程涉及将mdC氧化为5-羟甲基-脱氧胞苷（hmdC），然后在α的帮助下进一步氧化为5-甲酰基-脱氧胞苷（fdC）和5-羧基-脱氧胞苷（cadC）。酮戊二酸依赖的Tet加氧酶 下一步可以通过糖基化酶（TDG）的作用发生，该酶将fdC切割出基因组，以替换为dC。提出了第二种途径，涉及将fdC直接转化为dC的CC键断裂。合成了6-氮杂-5-甲酰基-脱氧胞苷（a-fdC）探针分子，并与2'-氟化fdC类似物（F-fdC）一起喂入各种体细胞系和诱导的小鼠胚胎干细胞。尽管在体内清楚地观察到F-fdC的去甲酰化作用，但在a-fdC中却没有发生，因此表明C-C键断裂的去甲酰化作用是由亲核活化引发的。

  DOI：

  10.1002/anie.202000414

文献信息

• Oligonucleotides Containing 6-Aza-2‘-deoxyuridine:  Synthesis, Nucleobase Protection, pH-Dependent Duplex Stability, and Metal-DNA Formation
  作者：Frank Seela、Padmaja Chittepu

  DOI：10.1021/jo0702903

  日期：2007.6.1

  Oligodeoxyribonucleotides containing the nucleoside 6-aza-2‘-deoxyuridine z6Ud (1a) were prepared by using solid-phase synthesis. As the pKa value of this nucleoside is 6.8, unwanted side reactions are observed. Consequently, nitrogen-3 was protected (o-anisoyl protection). The phosphoramidite of 1a prepared on this route was as efficient as the building blocks of canonical nucleosides in allowing

  通过固相合成制备含有核苷6-aza-2'-脱氧尿苷z 6 U d（1a）的寡脱氧核糖核苷酸。由于该核苷的p K a值为6.8，观察到了不希望的副反应。因此，保护​​了氮3（邻-茴香基保护）。在这种方法中制备的1a亚磷酰胺在允许多次掺入寡核苷酸方面与规范核苷的结构单元一样有效。含有1a的寡核苷酸双链体显示出T m值的pH依赖性。这是由化合物1a上的核碱基去质子化引起的已经处于中立条件下。在锌+2离子存在下研究了金属（M）-DNA的形成。已证明6-氮杂尿嘧啶修饰的双链体已经在中性介质中形成M-DNA，而天然DNA需要碱性条件（pH 8.5以上）。核苷1a的糖部分及其戊基衍生物5a的构象分析表明，在溶液中具有优选的N-构象，而在固态下获得化合物1a的S-构象（单晶X射线分析）。
• FRESKOS, JOHN N., NUCLEOSIDES AND NUCLEOTIDES, 8,(1989) N, C. 549-555
  作者：FRESKOS, JOHN N.

  DOI：——

  日期：——
• Analysis of an Active Deformylation Mechanism of 5‐Formyl‐deoxycytidine (fdC) in Stem Cells
  作者：Alexander Schön、Ewelina Kaminska、Florian Schelter、Eveliina Ponkkonen、Eva Korytiaková、Sarah Schiffers、Thomas Carell

  DOI：10.1002/anie.202000414

  日期：2020.3.27

  fed to various somatic cell lines and induced mouse embryonic stem cells, together with a 2′‐fluorinated fdC analogue (F‐fdC). While deformylation of F‐fdC was clearly observed in vivo, it did not occur with a‐fdC, thus suggesting that the C−C bond‐cleaving deformylation is initiated by nucleophilic activation.

  从启动子元件中去除5-甲基-脱氧胞苷（mdC）与沉默的相应基因的重新激活有关。它是通过主动脱甲基过程进行的，该过程涉及将mdC氧化为5-羟甲基-脱氧胞苷（hmdC），然后在α的帮助下进一步氧化为5-甲酰基-脱氧胞苷（fdC）和5-羧基-脱氧胞苷（cadC）。酮戊二酸依赖的Tet加氧酶 下一步可以通过糖基化酶（TDG）的作用发生，该酶将fdC切割出基因组，以替换为dC。提出了第二种途径，涉及将fdC直接转化为dC的CC键断裂。合成了6-氮杂-5-甲酰基-脱氧胞苷（a-fdC）探针分子，并与2'-氟化fdC类似物（F-fdC）一起喂入各种体细胞系和诱导的小鼠胚胎干细胞。尽管在体内清楚地观察到F-fdC的去甲酰化作用，但在a-fdC中却没有发生，因此表明C-C键断裂的去甲酰化作用是由亲核活化引发的。
• Synthesis and Evaluation of 6-Aza-2′-deoxyuridine Monophosphate Analogs as Inhibitors of Thymidylate Synthases, and as Substrates or Inhibitors of Thymidine Monophosphate Kinase in Mycobacterium tuberculosis
  作者：Martin Kögler、Roger Busson、Steven De Jonghe、Jef Rozenski、Kristien Van Belle、Thierry Louat、Hélène Munier-Lehmann、Piet Herdewijn

  DOI：10.1002/cbdv.201100285

  日期：2012.3

  A series of 5‐substituted analogs of 6‐aza‐2′‐deoxyuridine 5′‐monophosphate, 6‐aza‐dUMP, has been synthesized and evaluated as potential inhibitors of the two mycobacterial thymidylate synthases (i.e., a flavin‐dependent thymidylate synthase, ThyX, and a classical thymidylate synthase, ThyA). Replacement of C(6) of the natural substrate dUMP by a N‐atom in 6‐aza‐dUMP 1a led to a derivative with weak

  6-aza-2'-deoxyuridine 5'-monophosphate 的一系列 5-取代类似物 6-aza-dUMP 已被合成并评估为两种分枝杆菌胸苷酸合酶（即黄素依赖性胸苷酸合酶）的潜在抑制剂、ThyX 和经典的胸苷酸合酶 ThyA)。用 6-aza-dUMP 1a 中的 N 原子替换天然底物 dUMP 的 C(6) 导致衍生物具有弱的 ThyX 抑制活性（50 μM 时抑制率为 33%）。在 1a 的 C(5) 处引入烷基和芳基导致抑制活性完全丧失，而衍生物 3 中 3-(辛酰胺基)丙-1-炔基侧链的连接保留了对分枝杆菌 ThyX 的微弱抑制水平。 50 μM 时抑制 40%）。合成的衍生物均未显示出对分枝杆菌 ThyA 的任何显着抑制活性。这些化合物也被评估为分枝杆菌胸苷单磷酸激酶 (TMPKmt) 的潜在抑制剂。没有一种衍生物显示出任何显着的 TMPKmt 抑制。然而，用 N