6-氮杂-2'-脱氧尿苷 | 20500-29-2

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机杂环化合物 - 三嗪类
• 中文名称: 6-氮杂-2'-脱氧尿苷
• 英文名称: 2-(2-deoxy-β-D-erythro-pentofuranosyl)-1,2,4-triazine-3,5(2H,4H)-dione
• 英文别名: 6'-aza-2'deoxyuridine；6-aza-2'-deoxyuridine；2'-deoxy-6-azauridine；2-(β-D-erythro-2-deoxy-pentofuranosyl)-2H-[1,2,4]triazine-3,5-dione；1-(2-Desoxy-β-D-ribofuranosyl)-6-aza-uracil；β-2'-Desoxy-6-aza-uridin；2-[(2R,4S,5R)-4-hydroxy-5-(hydroxymethyl)oxolan-2-yl]-1,2,4-triazine-3,5-dione
• CAS: 20500-29-2
• 化学式: C₈H₁₁N₃O₅
• 分子量: 229.192
• InChiKey: MDYXMIBUOJQPHR-HBPOCXIASA-N

物化性质

• 熔点：
  182 °C(Solv: ethanol (64-17-5))
• 密度：
  1.90±0.1 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -1.2
• 重原子数：
  16
• 可旋转键数：
  2
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.62
• 拓扑面积：
  112
• 氢给体数：
  3
• 氢受体数：
  6

制备方法与用途

6-氮杂-2’-脱氧尿苷是一种嘌呤核苷类似物，具有广泛的抗肿瘤活性，尤其针对惰性淋巴系统恶性肿瘤。其抗癌机制主要通过抑制DNA合成和诱导细胞凋亡来实现。

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  6-氮杂-2'-脱氧尿苷 在 三氟乙酸 作用下， 以 吡啶 、 甲醇 、 二氯甲烷 为溶剂， 反应 5.0h， 生成 2-[2-deoxy-5-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-β-D-erythro-pentofuranosyl]-N⁴-(2-methoxybenzoyl)-1,2,4-triazin-3,5(2H,4H)dione
  参考文献：
  名称：

  包含6-Aza-2'-脱氧尿苷的寡核苷酸：合成，核碱基保护，pH依赖的双链体稳定性和金属DNA的形成。

  摘要：

  通过固相合成制备含有核苷6-aza-2'-脱氧尿苷z 6 U d（1a）的寡脱氧核糖核苷酸。由于该核苷的p K a值为6.8，观察到了不希望的副反应。因此，保护​​了氮3（邻-茴香基保护）。在这种方法中制备的1a亚磷酰胺在允许多次掺入寡核苷酸方面与规范核苷的结构单元一样有效。含有1a的寡核苷酸双链体显示出T m值的pH依赖性。这是由化合物1a上的核碱基去质子化引起的已经处于中立条件下。在锌+2离子存在下研究了金属（M）-DNA的形成。已证明6-氮杂尿嘧啶修饰的双链体已经在中性介质中形成M-DNA，而天然DNA需要碱性条件（pH 8.5以上）。核苷1a的糖部分及其戊基衍生物5a的构象分析表明，在溶液中具有优选的N-构象，而在固态下获得化合物1a的S-构象（单晶X射线分析）。

  DOI：

  10.1021/jo0702903
• 作为产物：
  描述：

  (3,5-di-O-p-toluoyl)-6-aza-2-deoxyuridine 在 甲醇 、 sodium methylate 作用下， 以77%的产率得到6-氮杂-2'-脱氧尿苷
  参考文献：
  名称：

  包含6-Aza-2'-脱氧尿苷的寡核苷酸：合成，核碱基保护，pH依赖的双链体稳定性和金属DNA的形成。

  摘要：

  通过固相合成制备含有核苷6-aza-2'-脱氧尿苷z 6 U d（1a）的寡脱氧核糖核苷酸。由于该核苷的p K a值为6.8，观察到了不希望的副反应。因此，保护​​了氮3（邻-茴香基保护）。在这种方法中制备的1a亚磷酰胺在允许多次掺入寡核苷酸方面与规范核苷的结构单元一样有效。含有1a的寡核苷酸双链体显示出T m值的pH依赖性。这是由化合物1a上的核碱基去质子化引起的已经处于中立条件下。在锌+2离子存在下研究了金属（M）-DNA的形成。已证明6-氮杂尿嘧啶修饰的双链体已经在中性介质中形成M-DNA，而天然DNA需要碱性条件（pH 8.5以上）。核苷1a的糖部分及其戊基衍生物5a的构象分析表明，在溶液中具有优选的N-构象，而在固态下获得化合物1a的S-构象（单晶X射线分析）。

  DOI：

  10.1021/jo0702903

文献信息

• [EN] COMPOSITIONS AND METHODS FOR SYNTHESIS OF PHOSPHORYLATED MOLECULES<br/>[FR] COMPOSITIONS ET PROCÉDÉS DE SYNTHÈSE DE MOLÉCULES PHOSPHORYLÉES
  申请人：UNIV CALIFORNIA

  公开号：WO2019195494A1

  公开（公告）日：2019-10-10

  The invention provides compositions and methods for synthesis of phosphorylated organic compounds, including nucleoside triphosphates.

  这项发明提供了合成磷酸化有机化合物的组合物和方法，包括核苷三磷酸。
• Nucleotide mimics and their prodrugs
  申请人：——

  公开号：US20040059104A1

  公开（公告）日：2004-03-25

  The present invention relates to nucleoside diphosphate mimics and nucleoside triphosphate mimics, which contain diphosphate or triphosphate moiety mimics and optionally sugar-modifications and/or base-modifications. The nucleotide mimics of the present invention, in a form of a pharmaceutically acceptable salt, a pharmaceutically acceptable prodrug, or a pharmaceutical formulation, are useful as antiviral, antimicrobial, and anticancer agents. The present invention provides a method for the treatment of viral infections, microbial infections, and proliferative disorders. The present invention also relates to pharmaceutical compositions comprising the compounds of the present invention optionally in combination with other pharmaceutically active agents.

  本发明涉及核苷二磷酸模拟物和核苷三磷酸模拟物，其中包含二磷酸或三磷酸基团模拟物，以及可选的糖修饰和/或碱基修饰。本发明的核苷酸模拟物，以药学上可接受的盐、药学上可接受的前药或药物配方的形式，可用作抗病毒、抗微生物和抗癌剂。本发明提供了一种治疗病毒感染、微生物感染和增生性疾病的方法。本发明还涉及包含本发明化合物的药物组合物，可选地与其他药理活性剂结合。
• 6-AZAPYRIMIDINE AND 7-DEAZAPURINE 2′-DEOXY-2′-FLUOROARABINONUCLEOSIDES: SYNTHESIS, CONFORMATION AND PROPERTIES OF OLIGONUCLEOTIDES
  作者：Frank Seela、Padmaja Chittepu、Yang He、Junlin He、Kuiying Xu

  DOI：10.1081/ncn-200059181

  日期：2005.4.1

  The synthesis of 2′-deoxy-2′-fluoro-β-d-arabinofuranosyl nucleosides (1b, 2b, and 3b) were described and their conformation in solution as well as in the solid state was determined. In addition to this, building blocks 10a,b and 13a,b were prepared and employed in solid-phase oligonucleotide synthesis. For compounds 1a and 1b the lactime proton is protected to avoid unresolved degradation of its phosphoramidites

  描述了 2'-脱氧-2'-氟-β-d-阿拉伯呋喃糖基核苷（1b、2b 和 3b）的合成，并确定了它们在溶液和固态中的构象。除此之外，还制备了结构单元 10a、b 和 13a、b 并将其用于固相寡核苷酸合成。对于化合物 1a 和 1b，内酰胺质子被保护以避免其亚磷酰胺 10a、b 未解决的降解。已进行紫外线熔化研究以评估含有化合物 1a、b 和 3a、b 的寡核苷酸的热稳定性。
• Enzymatic synthesis and phosphorolysis of 4(2)-thioxo- and 6(5)-azapyrimidine nucleosides by <i>E. coli</i> nucleoside phosphorylases
  作者：Vladimir A Stepchenko、Anatoly I Miroshnikov、Frank Seela、Igor A Mikhailopulo

  DOI：10.3762/bjoc.12.254

  日期：——

  The trans-2-deoxyribosylation of 4-thiouracil (^4SUra) and 2-thiouracil (^2SUra), as well as 6-azauracil, 6-azathymine and 6-aza-2-thiothymine was studied using dG and E. coli purine nucleoside phosphorylase (PNP) for the in situ generation of 2-deoxy-α-D-ribofuranose-1-phosphate (dRib-1P) followed by its coupling with the bases catalyzed by either E. coli thymidine (TP) or uridine (UP) phosphorylases. ^4SUra revealed satisfactory substrate activity for UP and, unexpectedly, complete inertness for TP; no formation of 2’-deoxy-2-thiouridine (^2SUd) was observed under analogous reaction conditions in the presence of UP and TP. On the contrary, ^2SU, ^2SUd, ^4STd and ^2STd are good substrates for both UP and TP; moreover, ^2SU, ^4STd and 2’-deoxy-5-azacytidine (Decitabine) are substrates for PNP and the phosphorolysis of the latter is reversible. Condensation of ^2SUra and 5-azacytosine with dRib-1P (Ba salt) catalyzed by the accordant UP and PNP in Tris∙HCl buffer gave ^2SUd and 2’-deoxy-5-azacytidine in 27% and 15% yields, respectively. 6-Azauracil and 6-azathymine showed good substrate properties for both TP and UP, whereas only TP recognizes 2-thio-6-azathymine as a substrate. 5-Phenyl and 5-tert-butyl derivatives of 6-azauracil and its 2-thioxo derivative were tested as substrates for UP and TP, and only 5-phenyl- and 5-tert-butyl-6-azauracils displayed very low substrate activity. The role of structural peculiarities and electronic properties in the substrate recognition by E. coli nucleoside phosphorylases is discussed.

  对4-硫代尿嘧啶（4S-Ura）和2-硫代尿嘧啶（2S-Ura），以及6-氮杂尿嘧啶、6-氮杂胸腺嘧啶和6-氮杂-2-硫代胸腺嘧啶进行了研究，使用dG和E. coli嘌呤核苷酸磷酸化酶（PNP）进行原位生成2-脱氧-α-D-核糖呋喃糖-1-磷酸（dRib-1P），然后通过E. coli胸腺嘧啶（TP）或尿嘧啶（UP）磷酸化酶催化其与碱基的结合。4S-Ura对UP显示了令人满意的底物活性，而对TP意外地完全不活化；在UP和TP存在的类似反应条件下未观察到2'-脱氧-2-硫代尿苷（2S-Ud）的形成。相反，2S-U、2S-Ud、4S-Td和2S-Td对UP和TP都是良好的底物；此外，2S-U、4S-Td和2'-脱氧-5-氮杂胞嘧啶（Decitabine）是PNP的底物，后者的磷酸解反应是可逆的。在Tris∙HCl缓冲液中，由相应的UP和PNP催化的2S-Ura和5-氮杂胞嘧啶与dRib-1P（Ba盐）的缩合反应分别产生了27％和15％的2S-Ud和2'-脱氧-5-氮杂胞嘧啶。6-氮杂尿嘧啶和6-氮杂胸腺嘧啶对TP和UP都表现出良好的底物特性，而只有TP能识别2-硫代-6-氮杂胸腺嘧啶作为底物。对6-氮杂尿嘧啶及其2-硫代衍生物的5-苯基和5-叔丁基衍生物进行了UP和TP底物的测试，只有5-苯基和5-叔丁基-6-氮杂尿嘧啶显示出非常低的底物活性。讨论了结构特异性和电子性质在E. coli核苷酸磷酸化酶底物识别中的作用。
• 6-Aza-2‘-deoxyisocytidine:  Synthesis, Properties of Oligonucleotides, and Base-Pair Stability Adjustment of DNA with Parallel Strand Orientation
  作者：Frank Seela、Yang He

  DOI：10.1021/jo020507n

  日期：2003.1.1

  into phosphoramidite building blocks, and incorporated into oligodeoxynucleotides. The glycosylic bond stability of 1a,b under acidic conditions increases compared to that of 5-methyl-2'-deoxyisocytidine (2a) and 2'-deoxyisocytidine (2b). Oligonucleotides incorporating 1a or 1b show an enhanced stability against the 3'-exonuclease snake-venom phosphodiesterase. The duplexes containing 6-azapyrimidine nucleosides

  已合成6-Aza-5-甲基-2'-脱氧异胞苷（1a）和6-Aza-2'-脱氧异胞苷（1b），将其转化为亚磷酰胺结构单元，并掺入寡脱氧核苷酸中。与5-甲基-2'-脱氧异胞苷（2a）和2'-脱氧异胞苷（2b）相比，酸性条件下1a，b的糖基键稳定性增加。掺入1a或1b的寡核苷酸显示出对3'-核酸外切酶蛇毒磷酸二酯酶的增强的稳定性。含有6-氮杂嘧啶核苷1a或1b的双链体的T（m）值比含有2a或2b的具有反平行或平行链取向的双链体的T（m）值低。这用于将三齿m5iCd-dG碱基对的稳定性调节为反向二齿Watson-Crick dA-dT对的水平。