thymidilyl-(3'<*>5')-2'-deoxyadenosine | 19192-40-6

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - （3'->5'）-二核苷酸和类似物
• 英文名称: thymidilyl-(3'<*>5')-2'-deoxyadenosine
• 英文别名: d(TpA)；TpdA；TpA；TA；thymidylyl-(3'->5')-2'-deoxy-adenosine；2'-Desoxy-[5']adenylsaeure-thymidin-3'-ylester；Thymidylyl-(3'-5')-2'-deoxyadenosine；[(2R,3S,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3-hydroxyoxolan-2-yl]methyl [(2R,3S,5R)-2-(hydroxymethyl)-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-3-yl] hydrogen phosphate
• CAS: 19192-40-6
• 化学式: C₂₀H₂₆N₇O₁₀P
• 分子量: 555.441
• InChiKey: CXRZTQSUFKVPHJ-BBZRCZKMSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -3.1
• 重原子数：
  38
• 可旋转键数：
  8
• 环数：
  5.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.55
• 拓扑面积：
  234
• 氢给体数：
  5
• 氢受体数：
  14

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  thymidilyl-(3'<*>5')-2'-deoxyadenosine 以 水 为溶剂， 以25%的产率得到
  参考文献：
  名称：

  UV-Induced TA Photoproducts: Formation and Hydrolysis in Double-Stranded DNA

  摘要：

  Hydrolysis of TA photoproduct leads to two derivatives presenting different formation kinetic profiles depending on the oligomer content. The formation efficiency of TA photoproducts in UV-C-irradiated DNA slightly exceeds the formation of the trans,syn cyclobutane pyrimidine dimer at TT sites.

  DOI：

  10.1021/ja1023173
• 作为产物：
  描述：

  3'-O-acetyl-N-benzoyl-2'-deoxyadenosine 在 吡啶 、 苯甲基-2-磺酰三硝基三氮唑 作用下， 反应 1.0h， 生成 thymidilyl-(3'<*>5')-2'-deoxyadenosine
  参考文献：
  名称：

  1' ＃，2'，3'，4' ＃，5'，5” -2 H 6 -β-D-核糖核苷和1' ＃，2'，2”，3'，4' ＃，5的合成'，5″ -2 H 7 -β-D-2'-脱氧核糖核苷用于选择性抑制部分氘化的oligo-DNA，oligo-RNA和2,5A核中的质子共振（1 H-NMR窗口）

  摘要：

  阮内镍-2 H 2 O在甲基α/β-D-呋喃核糖苷[α/β= 〜3：10] 1的差向异构体混合物上的交换反应产生了甲基1 ＃，2,3,4 ＃，5,5'- 2 H 6 -α/β-呋喃核糖苷2 [在C2，C3，C5 / 5'处为97原子％2 H；C 4（C4 ＃）〜85原子％2 H ；在C1（C1 ＃）]处约20个原子％2 H，以60 – 80％的产率获得，同时还得到了差向异构的木糖和阿拉伯糖副产物。在干燥的吡啶中将粗产物2甲苯磺酸化，并在硅胶柱上小心分离，得到纯的1-O-甲基-2,3,5-三-O-（4-甲苯甲酰基）-α/β-D-1＃，2,3,4 ＃，5,5'- 2 H 6-核呋喃糖苷4（48％）。4转化为1-O-乙酰基-2,3,5-三-O-甲苯甲酰基-α/β-D-1 ＃，2,3,4 ＃，5,5'- 2 H 6-核呋喃糖苷6（ 82％的人提供了合成氘核糖核苷用于RNA或DNA合成的关键组成部分。然后将化合物6与甲硅烷基尿嘧啶，N

  DOI：

  10.1016/s0040-4020(01)82001-9

文献信息

• Oxidation of Nucleic Acid Related Compounds by the Peroxodisulfate Ion
  作者：Toshio Itahara、Takashi Yoshitake、Sunao Koga、Akihiro Nishino

  DOI：10.1246/bcsj.67.2257

  日期：1994.8

  peroxodisulfate ion in a phosphate buffer solution at pH 7.0 or water at 70—75 °C was investigated. The reaction of thymine and 5-methylcytosine nucleosides and nucleotides resulted in the oxidation of the 5-methyl groups. The oxidation products from 1,3-dimethyluracils and the time-course of the reaction of uracils led to two plausible reaction mechanisms for the oxidation of uracils.

  研究了在 pH 7.0 的磷酸盐缓冲溶液或 70-75 °C 的水中用过二硫酸根离子处理核酸碱基、核苷和核苷酸。胸腺嘧啶和 5-甲基胞嘧啶核苷和核苷酸的反应导致 5-甲基基团的氧化。1,3-二甲基尿嘧啶的氧化产物和尿嘧啶反应的时间进程导致了两种可能的尿嘧啶氧化反应机制。
• Synthesis and properties of DNA oligomers containing an O4-ethylated thymine. d(e⁴TpA), d(Ape⁴T), d(Ape⁴TpA), and d(Tpe⁴TpT)
  作者：Garry W. Buchko、Frank E. Hruska、Krishan L. Sadana

  DOI：10.1139/v90-308

  日期：1990.11.1

  Syntheses via the phosphotriester method are described for DNA oligonucleotides containing O4-ethylated thymine (e⁴Thy) and adenine (Ade) bases, d(e⁴TpA), d(Ape⁴T), and d(Ape⁴TpA), for their unmodified analogs, d(TpA), d(ApT), and d(ApTpA), and for d(Tpe⁴TpT). ¹H NMR chemical shift data obtained from 10 to 70 °C at 300 and 500 MHz show that these molecules form right-handed minihelices at low temperature in aqueous solution; the presence of the O4-ethyl group does not seem to have a drastic effect on the stacking geometry of the thymine base. The presence of right-handed stacking is confirmed by circular dichroic data obtained over a similar temperature range. Coupling constants for the sugar ring indicate that the e⁴Tp unit of d(e⁴TpA) does not show the shift towards the 3′-endo (N) pucker noted for the corresponding unit of d(e⁴TpT). A prominent quasimolecular ion peak [M – H]⁻ is observed for the modified and unmodified molecules in the spectra obtained by Fast Atom Bombardment mass spectrometry (FAB-MS) operating in the negative ion mode, indicating that the labile O4-ethyl group is sufficiently stable to withstand the ionization process used in this method. In addition, a number of fragment ion peaks such as [O4-ethylthymine – H]⁻ are observed that reveal the potential of FAB-MS for characterizing DNA oligomers modified by alkylating agents. Keywords: oligonucleotides, O-alkylation, stereochemistry, NMR, mass spectrometry.

  通过磷酸三酯法合成了含有O4-乙基化胸腺嘧啶（e⁴Thy）和腺嘌呤（Ade）碱基的DNA寡核苷酸，即d(e⁴TpA)、d(Ape⁴T)和d(Ape⁴TpA)，以及它们未修饰的类似物，即d(TpA)、d(ApT)和d(ApTpA)，以及d(Tpe⁴TpT)。在300和500 MHz下从10到70°C获得的¹H NMR化学位移数据显示，这些分子在水溶液中在低温下形成右旋微螺旋；O4-乙基基团的存在似乎对胸腺嘧啶碱基的堆叠几何没有显著影响。通过在类似温度范围内获得的圆二色数据确认了右旋堆叠的存在。糖环的耦合常数表明d(e⁴TpA)的e⁴Tp单元不像d(e⁴TpT)的相应单元那样向3'-内褶叠（N）发生移位。在负离子模式下通过快速原子轰击质谱（FAB-MS）获得的光谱中观察到修改和未修改分子的显著准分子离子峰[M – H]⁻，表明易失性的O4-乙基基团足够稳定，可以承受该方法中使用的电离过程。此外，观察到了一些片段离子峰，如[O4-乙基胸腺嘧啶 – H]⁻，揭示了FAB-MS用于表征被烷化剂修改的DNA寡聚物的潜力。关键词：寡核苷酸，O-烷基化，立体化学，NMR，质谱。
• Specific Interactions of Antitumor Metallocenes with Deoxydinucleoside Monophosphates
  作者：Rahel P. Eberle、Yvonne Hari、Stefan Schürch

  DOI：10.1007/s13361-017-1697-9

  日期：2017.9.1

  with the hard and soft (Lewis) acids and bases (HSAB) concept. However, the binding specificities were found to be unique for each metallocene. The hard Lewis acids titanium and vanadium predominantly bind to the deprotonated phosphate oxygen, whereas molybdenum, an intermediate Lewis acid, preferentially interacts with the nucleobases. Nucleobases comprise alternative binding sites for titanium and

  已知弯曲的茂金属Cp2MCl2（M = Ti，V，Nb，Mo）对多种癌症表现出细胞毒活性。尽管尚未完全了解其作用机理，但核中金属离子的积累指向DNA作为主要靶标之一。使用一组八种脱氧二核苷单磷酸酯来研究茂金属和顺铂的加合物收率。结合亲和力由加合物的相对强度反映，并发现其遵循的顺序为Pt> V> Ti> Mo（Nb未检测到加合物）。应用高分辨率串联质谱法确定脱氧二核苷单磷酸中的结合模式。顺铂与嘌呤核碱基中的软氮原子结合，而茂金属还与硬磷酸盐氧相互作用，这与硬（软）（路易斯）酸和碱（HSAB）的概念非常吻合。然而，发现每种金属茂的结合特异性都是独特的。硬路易斯酸钛和钒主要与去质子化的磷酸氧结合，而钼（一种中间路易斯酸）则优先与核碱基相互作用。核碱基包含钛和钒的替代结合位点，大概是第一个是氧原子，而第二个是氮原子。总之，加合物的气相离解反映了不同金属药物的固有结合行为。因此，MS / MS可以洞
• The Photochemistry of Thymidylyl-(3′-5′)-5-methyl-2′-deoxycytidine in Aqueous Solution¶
  作者：Lech Celewicz、Moriz Mayer、Martin D. Shetlar

  DOI：10.1562/2004-06-15-ra-201.1

  日期：——

  adduct and its related Dewar isomer, and two isomers of a product in which the m5C moiety was converted into an acrylamidine. Small amounts of thymidylyl-(3′-5′)-thymidine (TpT) were also formed, presumably as a secondary photoreaction product. In addition, a photoproduct was characterized in which the m5C moiety was lost, thus generating 3′-thymidylic acid esterified with 2′-deoxyribose at the 5-hydroxyl

  摘要 使用 254 nm 和 UV-B 辐射在水溶液中研究了二核苷单磷酸胸苷基-(3'-5')-5-甲基-2'-脱氧胞苷 (Tpm5dC) 的光化学。多种含有 5-甲基胞嘧啶 (m5C) 的二核苷酸光产物已被分离和表征。其中包括两种环丁烷二聚体 (CBD)（顺式-syn [c,s] 和反式-syn 形式）、一个 (6-4) 加合物及其相关的杜瓦异构体，以及一种产品的两种异构体，其中 m5C 部分是转化为丙烯酰胺。还形成了少量胸苷基-(3'-5')-胸苷 (TpT)，可能是二次光反应产物。此外，光产物的特征在于其中 m5C 部分丢失，从而生成 3'-胸苷酸，在糖部分的 5-羟基上被 2'-脱氧核糖酯化。C、Tpm5dC 的 CBD 很容易脱氨基形成 TpT 的相应 CBD。已经研究了这种脱氨过程的动力学；在 pH 7.4 下，反应的相应活化焓和熵分别为 73.4 kJ/mol 和 -103.5
• Methods of producing and using single-stranded deoxyribonucleic acids and compositions for use in practicing the same
  申请人：Takara Bio USA, Inc.

  公开号：US10584363B2

  公开（公告）日：2020-03-10

  Methods of producing single-stranded deoxyribonucleic acids (ssDNAs) are provided. Aspects of the methods include generating a double stranded deoxyribonucleic acid (dsDNA) and then selectively degrading one strand of the dsDNA to produce a ssDNA. ssDNAs produced using methods of the invention find use in a variety of applications, including genomic modification applications. Also provided are compositions, e.g., kits, that find use in practicing various embodiments of the invention.

  本文提供了生产单链脱氧核糖核酸（ssDNA）的方法。 这些方法的各个方面包括产生双链脱氧核糖核酸（dsDNA），然后选择性地降解dsDNA的一条链以产生ssDNA。使用本发明方法产生的ssDNA可用于各种应用，包括基因组修饰应用。 此外，还提供了可用于实施本发明各种实施方案的组合物，如试剂盒。