compounds. RENATE was previously validated on retrospective design by showing that it could reproduce known drugs and propose meaningful synthetic pathways for them 20. Here we demonstrate the prospective application of RENATE to the de novo design, synthesis and experimental validation of molecules that meet multiple objectives. The study is focused on ADP-ribosyltransferase PARP1 23, a nuclear enzyme
介绍 De novo design 技术在大约 30 年前首次提出,作为一种加速药物发现过程的方法,随着时间的推移开发了许多不同的方法。从头设计中的关键问题是有效地探索药物类
化学实体的巨大搜索空间,同时确保设计的化合物具有
生物学相关性和合成可及性 1。早期的方法与合成无关,因此它们的应用受到限制 2-4。它们后来被基于规则的方法所取代,其中对起始结构的修改基于少量手动编码的转换规则 5、6。虽然这些方法导致化合物更有可能合成,但使用预定义的规则限制了可以探索的
化学空间的范围。最近,已经为从头设计开发了许多深度生成方法,虽然这些方法提供了数据驱动的方法来促进对新化合物的搜索,但它们通常没有明确考虑合成 5-16。最近还描述了一种更复杂的方法,其中生成式深度学习模型与基于规则的过滤器相结合,用于选择与自动合成平台兼容的化合物。该方法成功地将从头设计和化合物合成链接到自动化工作流程中;然而,它仅限于