N-((S)-1-(((S)-1-(benzo[d]thiazol-2-yl)-1-oxo-3-((S)-2-oxopyrrolidin-3-yl)propan-2-yl)amino)-4-methyl-1-oxopentan-2-yl)-1H-indole-3-carboxamide | 1471484-82-8

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机酸及其衍生物 - 羧酸及其衍生物
• 英文名称: N-((S)-1-(((S)-1-(benzo[d]thiazol-2-yl)-1-oxo-3-((S)-2-oxopyrrolidin-3-yl)propan-2-yl)amino)-4-methyl-1-oxopentan-2-yl)-1H-indole-3-carboxamide
• 英文别名: acs.jmedchem.1c00409_ST.211；N-[(2S)-1-[[(2S)-1-(1,3-benzothiazol-2-yl)-1-oxo-3-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]propan-2-yl]amino]-4-methyl-1-oxopentan-2-yl]-1H-indole-3-carboxamide
• CAS: 1471484-82-8
• 化学式: C₂₉H₃₁N₅O₄S
• 分子量: 545.662
• InChiKey: YNXKLJCBBNQTSI-RTFZILSDSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  4.4
• 重原子数：
  39
• 可旋转键数：
  10
• 环数：
  5.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.34
• 拓扑面积：
  161
• 氢给体数：
  4
• 氢受体数：
  6

反应信息

• 作为产物：
  描述：

  (S)-2-((tert-butoxycarbonyl)amino)-3-((S)-2-oxopyrrolidin-3-yl)propanoic acid 在 正丁基锂 、 水 、 1-羟基苯并三唑 、 O-(1H-benzotriazol-1-yl)-N,N,N',N'-tetramethyluronium hexafluorophosphate 、 盐酸-N-乙基-Nˊ-(3-二甲氨基丙基)碳二亚胺 、 三乙胺 、 N,N-二异丙基乙胺 、 三氟乙酸 作用下， 以 四氢呋喃 、 二氯甲烷 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 6.33h， 生成 N-((S)-1-(((S)-1-(benzo[d]thiazol-2-yl)-1-oxo-3-((S)-2-oxopyrrolidin-3-yl)propan-2-yl)amino)-4-methyl-1-oxopentan-2-yl)-1H-indole-3-carboxamide
  参考文献：
  名称：

  开发具有新型 P3 支架的有效二肽型 SARS-CoV 3CL 蛋白酶抑制剂：设计、合成、生物学评估和对接研究。

  摘要：

  我们报告了一系列具有新型 P3 支架的二肽型抑制剂的设计和合成，这些抑制剂对 SARS-CoV 3CLpro 显示出有效的抑制活性。一项涉及二肽先导化合物 4 和 3CLpro 之间结合的对接研究表明，用 4 中的各种刚性 P3 部分对结构灵活的 P3 N-(3-甲氧基苯基)甘氨酸进行修饰。这些修饰导致了几种有效衍生物的鉴定，包括 5c -k 和 5n 的抑制活性（Ki 或 IC50）在亚微摩尔至纳摩尔范围内。尤其是化合物 5h，显示出最有效的抑制活性，Ki 值为 0.006 μM。该效力比先导化合物 4 的效力高 65 倍 (Ki=0.39 μM)。此外，5h 的 Ki 值与等温滴定量热法 (ITC) 中观察到的结合亲和力 (16 nM) 非常吻合。围绕先导 4 中 P3 基团的 SAR 研究发现刚性吲哚-2-羰基单元是最佳 P3 部分之一 (5c)。进一步优化表明，吲哚单元4位的甲氧基取代非常有利于增强抑制效力。

  DOI：

  10.1016/j.ejmech.2013.07.037

文献信息

• Development of potent dipeptide-type SARS-CoV 3CL protease inhibitors with novel P3 scaffolds: Design, synthesis, biological evaluation, and docking studies
  作者：Pillaiyar Thanigaimalai、Sho Konno、Takehito Yamamoto、Yuji Koiwai、Akihiro Taguchi、Kentaro Takayama、Fumika Yakushiji、Kenichi Akaji、Shen-En Chen、Aurash Naser-Tavakolian、Arne Schön、Ernesto Freire、Yoshio Hayashi

  DOI：10.1016/j.ejmech.2013.07.037

  日期：2013.10

  We report the design and synthesis of a series of dipeptide-type inhibitors with novel P3 scaffolds that display potent inhibitory activity against SARS-CoV 3CLpro. A docking study involving binding between the dipeptidic lead compound 4 and 3CLpro suggested the modification of a structurally flexible P3 N-(3-methoxyphenyl)glycine with various rigid P3 moieties in 4. The modifications led to the identification

  我们报告了一系列具有新型 P3 支架的二肽型抑制剂的设计和合成，这些抑制剂对 SARS-CoV 3CLpro 显示出有效的抑制活性。一项涉及二肽先导化合物 4 和 3CLpro 之间结合的对接研究表明，用 4 中的各种刚性 P3 部分对结构灵活的 P3 N-(3-甲氧基苯基)甘氨酸进行修饰。这些修饰导致了几种有效衍生物的鉴定，包括 5c -k 和 5n 的抑制活性（Ki 或 IC50）在亚微摩尔至纳摩尔范围内。尤其是化合物 5h，显示出最有效的抑制活性，Ki 值为 0.006 μM。该效力比先导化合物 4 的效力高 65 倍 (Ki=0.39 μM)。此外，5h 的 Ki 值与等温滴定量热法 (ITC) 中观察到的结合亲和力 (16 nM) 非常吻合。围绕先导 4 中 P3 基团的 SAR 研究发现刚性吲哚-2-羰基单元是最佳 P3 部分之一 (5c)。进一步优化表明，吲哚单元4位的甲氧基取代非常有利于增强抑制效力。