1-(2-Deoxy-β-D-erythro-pentofuranosyl)-4-nitrobenzimidazole | 127578-27-2

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机杂环化合物 - 苯并咪唑类
• 英文名称: 1-(2-Deoxy-β-D-erythro-pentofuranosyl)-4-nitrobenzimidazole
• 英文别名: 1,3-dideaza-6-nitropurine-N9-β-2'-deoxyribonucleoside；4-nitro-1H-benzimidazole 2'-deoxyribofuranoside；(2R,3S,5R)-2-(hydroxymethyl)-5-(4-nitrobenzimidazol-1-yl)oxolan-3-ol
• CAS: 127578-27-2
• 化学式: C₁₂H₁₃N₃O₅
• 分子量: 279.252
• InChiKey: ZUIFEFYACWSLQH-HBNTYKKESA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  0.6
• 重原子数：
  20
• 可旋转键数：
  2
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.42
• 拓扑面积：
  113
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  6

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  1-(2-Deoxy-β-D-erythro-pentofuranosyl)-4-nitrobenzimidazole 在 palladium on activated charcoal 氢气 作用下， 以 乙醇 为溶剂， 反应 6.0h， 以74%的产率得到1,3-Dideaza-2'-deoxyadenosine
  参考文献：
  名称：

  Stereoselective Glycosylation of Nitrobenzimidazole Anions: Synthesis of 1,3-Dideaza-2′-deoxyadenosine and Related 2′-Deoxyribofuranosides

  摘要：

  描述了 1,3-二氮杂-2′-脱氧腺苷（1）和相关苯并咪唑 2′-脱氧核苷的合成。5(6)-nitrobenzimidazole (9) 或 4(7)-nitrobenzimidazole (15) 与 1-chloro-2-deoxy-3,5-bis-O -(4-methylbenzoyl)-α-D-erythro-pentofuranose (10) 在乙腈中进行固液相转移糖基化，得到了 N-1 和 N-3 ²-D-2′-deoxyribofuranosides 异构体。分别使用三[2-（2-甲氧基乙氧基）乙基]胺（TDA-1）或[18]冠-6 作为相转移催化剂，以及氢氧化钾或碳酸钾作为无机碱，可改变糖基化产率以及异构体和雷公藤异构体的比例。通过臻普伦-脱保护和随后的催化氢化反应，得到了相应的氨基化合物 1、2、4、5 和 7。根据 1H 和 13C-NMR 光谱，证明了同分异构体和区域异构体的结构。苯并咪唑 2′-脱氧核糖核酸苷 4 和 5 分别在 Î "max =362 和 395 纳米波长处显示出强烈的荧光。1,3-二氮杂-2′-脱氧腺苷（c1c3Ad，1）在 1 N 盐酸中比 dA（3a）更稳定。在碱性条件下，化合物 1 会分解，而 Regioisomer 2 则很稳定。化合物 1 不是腺苷脱氨酶的底物。

  DOI：

  10.1055/s-1989-27429
• 作为产物：
  描述：

  1-Α-氯-3,5-二-O-对甲苯甲酰基-2-脱氧-D-呋喃核糖 在 1.) TDA-1 sodium methylate 、 potassium carbonate 作用下， 以 甲醇 为溶剂， 反应 50.5h， 生成 1-(2-Deoxy-β-D-erythro-pentofuranosyl)-4-nitrobenzimidazole
  参考文献：
  名称：

  Stereoselective Glycosylation of Nitrobenzimidazole Anions: Synthesis of 1,3-Dideaza-2′-deoxyadenosine and Related 2′-Deoxyribofuranosides

  摘要：

  描述了 1,3-二氮杂-2′-脱氧腺苷（1）和相关苯并咪唑 2′-脱氧核苷的合成。5(6)-nitrobenzimidazole (9) 或 4(7)-nitrobenzimidazole (15) 与 1-chloro-2-deoxy-3,5-bis-O -(4-methylbenzoyl)-α-D-erythro-pentofuranose (10) 在乙腈中进行固液相转移糖基化，得到了 N-1 和 N-3 ²-D-2′-deoxyribofuranosides 异构体。分别使用三[2-（2-甲氧基乙氧基）乙基]胺（TDA-1）或[18]冠-6 作为相转移催化剂，以及氢氧化钾或碳酸钾作为无机碱，可改变糖基化产率以及异构体和雷公藤异构体的比例。通过臻普伦-脱保护和随后的催化氢化反应，得到了相应的氨基化合物 1、2、4、5 和 7。根据 1H 和 13C-NMR 光谱，证明了同分异构体和区域异构体的结构。苯并咪唑 2′-脱氧核糖核酸苷 4 和 5 分别在 Î "max =362 和 395 纳米波长处显示出强烈的荧光。1,3-二氮杂-2′-脱氧腺苷（c1c3Ad，1）在 1 N 盐酸中比 dA（3a）更稳定。在碱性条件下，化合物 1 会分解，而 Regioisomer 2 则很稳定。化合物 1 不是腺苷脱氨酶的底物。

  DOI：

  10.1055/s-1989-27429

文献信息

• Stereoselective Glycosylation of Nitrobenzimidazole Anions: Synthesis of 1,3-Dideaza-2′-deoxyadenosine and Related 2′-Deoxyribofuranosides
  作者：F. Seela、W. Bourgeois

  DOI：10.1055/s-1989-27429

  日期：——

  The synthesis of 1,3-dideaza-2′-deoxyadenosine (1) and related benzimidazole 2′-deoxyribonucleosides is described. Solid-liquid phase-transfer glycosylation of 5(6)-nitrobenzimidazole (9) or 4(7)-nitrobenzimidazole (15) in acetonitrile with 1-chloro-2-deoxy-3,5-bis-O -(4-methylbenzoyl)-α-D-erythro-pentofuranose (10) gave regioisomeric N-1 and N-3 β-D-2′-deoxyribofuranosides. The glycosylation yield, as well as the ratio of anomers and regioisomers, was altered by use of either tris[2-(2-methoxyethoxy)ethyl]amine (TDA-1) or [18]crown-6 as phase-transfer catalysts and potassium hydroxide or potassium carbonate as inorganic bases, respectively. Zemplén-deprotection and subsequent catalytic hydrogenation afforded the corresponding amino compounds 1, 2, 4, 5 and 7. Structural proof of anomeric and regio-isomeric compounds was made on the basis of 1H- and 13C-NMR spectroscopy. The benzimidazole 2′-deoxyribofuranosides 4 and 5 exhibit strong fluorescence at λmax =362 and 395 nm, respectively. 1,3-Dideaza-2′-deoxyadenosine (c1c3Ad, 1) is more stable in 1 N hydrochloric acid than dA (3a). Under alkaline conditions, compound 1 decomposes whereas the regioisomer 2 is stable. Compound 1 is no substrate for adenosine deaminase.

  描述了 1,3-二氮杂-2′-脱氧腺苷（1）和相关苯并咪唑 2′-脱氧核苷的合成。5(6)-nitrobenzimidazole (9) 或 4(7)-nitrobenzimidazole (15) 与 1-chloro-2-deoxy-3,5-bis-O -(4-methylbenzoyl)-α-D-erythro-pentofuranose (10) 在乙腈中进行固液相转移糖基化，得到了 N-1 和 N-3 ²-D-2′-deoxyribofuranosides 异构体。分别使用三[2-（2-甲氧基乙氧基）乙基]胺（TDA-1）或[18]冠-6 作为相转移催化剂，以及氢氧化钾或碳酸钾作为无机碱，可改变糖基化产率以及异构体和雷公藤异构体的比例。通过臻普伦-脱保护和随后的催化氢化反应，得到了相应的氨基化合物 1、2、4、5 和 7。根据 1H 和 13C-NMR 光谱，证明了同分异构体和区域异构体的结构。苯并咪唑 2′-脱氧核糖核酸苷 4 和 5 分别在 Î "max =362 和 395 纳米波长处显示出强烈的荧光。1,3-二氮杂-2′-脱氧腺苷（c1c3Ad，1）在 1 N 盐酸中比 dA（3a）更稳定。在碱性条件下，化合物 1 会分解，而 Regioisomer 2 则很稳定。化合物 1 不是腺苷脱氨酶的底物。
• Silver(I)-Mediated Cytosine Self-Pairing is Preferred Over Hoogsteen-Type Base Pairs with the Artificial Nucleobase 1,3-Dideaza-6-Nitropurine
  作者：Dominik A. Megger、Jens Müller

  DOI：10.1080/15257770903451579

  日期：2010.1

  incorporated into oligonucleotides. The acid-base properties of this nucleoside and the corresponding N9-methylated derivative were investigated by pD-dependent 1H NMR spectroscopy. A possible formation of Hoogsteen-type base pairs with cytosine was studied by ultraviolet (UV) and circular dichroism (CD) spectroscopy in the presence and absence of Ag(I) and under neutral and acidic conditions, respectively. In

  合成了含有1，3-二氮杂-6-硝基嘌呤的2'-脱氧核糖核苷，并将其掺入寡核苷酸中。通过依赖pD的1 H NMR光谱研究了该核苷和相应的N9-甲基化衍生物的酸碱性质。在存在和不存在Ag（I）的情况下，分别在中性和酸性条件下，通过紫外（UV）和圆二色性（CD）光谱研究了可能存在的带有胞嘧啶的Hoogsteen型碱基对。在每种情况下，均未获得形成Hoogsteen型碱基对的迹象，这归因于胞嘧啶在酸性条件下形成自身互补的半质子化碱基对的亲和力更高，并且在金属离子存在下金属介导的均质碱基对的形成。 Ag（I）。
• SEELA, F.;BOURGEOIS, W., SYNTHESIS,(1989) N2, C. 912-918
  作者：SEELA, F.、BOURGEOIS, W.

  DOI：——

  日期：——
• Synthesis of 4-Substituted 1H-Benzimidazole 2?-Deoxyribonucleosides and Utility of the 4-Nitro Compound as Universal Base
  作者：Frank Seela、Werner Bourgeois、Helmut Rosemeyer、Thomas Wenzel

  DOI：10.1002/hlca.19960790216

  日期：1996.3.20

  The stereoselective synthesis of 4-substituted 1H-benzimidazole 2′-deoxyribonucleosides is described. Regioisomeric (N1 and N3) β-D-deoxyribonucleosides 2a–c and 3a–c were formed. 13C-NMR Chemical shifts of the 1H-benzimidazole 2′-deoxy-β-D-ribofuranosides were correlated with point charges of C-atoms as well as with Hammett constants of the exocyclic substituents. Phosphonate and phosphoramidite building

  描述了4-取代的1 H-苯并咪唑2'-脱氧核糖核苷的立体选择性合成。形成了区域异构体（N 1和N 3）β-D-脱氧核糖核苷2a–c和3a–c。13 C-NMR 1 H-苯并咪唑2'-脱氧-β-D-呋喃呋喃糖苷的化学位移与C原子的点电荷以及环外取代基的Hammett常数相关。制备了4-硝基-1 H-苯并咪唑2'-脱氧核糖呋喃糖苷（2a）的膦酸酯和亚磷酰胺结构单元（参见4a，b）。d（A合成了20）型，其中两个中心dA碱基被4-硝基-1 H-苯并咪唑残基取代。它们与具有与4-硝基-1 H-苯并咪唑部分相反的其他常规碱基的低聚dT和相关的低聚物杂交。在这些双链体（12· 13、12 · 14、12 ·15和12·16）中，不稳定几乎与通用碱基所需的不匹配无关。热力学数据表明4-硝基-1 H-苯并咪唑残基不与相反的碱基形成氢键，而是通过堆积相互作用和有利的熵变来稳定双链体。
• Contiguous Metal‐Mediated Base Pairs Comprising Two Ag ^I Ions
  作者：Dominik A. Megger、Célia Fonseca Guerra、Jan Hoffmann、Bernhard Brutschy、F. Matthias Bickelhaupt、Jens Müller

  DOI：10.1002/chem.201002944

  日期：2011.5.27

  transition‐metal ions into nucleic acids by using metal‐mediated base pairs has proved to be a promising strategy for the site‐specific functionalization of these biomolecules. We report herein the formation of Ag+‐mediated Hoogsteen‐type base pairs comprising 1,3‐dideaza‐2′‐deoxyadenosine and thymidine. By defunctionalizing the Watson–Crick edge of adenine, the formation of regular base pairs is prohibited

  通过使用金属介导的碱基对将过渡金属离子掺入核酸已被证明是对这些生物分子进行位点特异性功能化的有前途的策略。我们在这里报告了包括1，3-dideaza-2'-deoxyadenosine和thymidine的Ag +介导的Hoogsteen型碱基对的形成。通过使腺嘌呤的沃森-克里克边缘失功能，禁止形成规则的碱基对。亚甲基部分额外取代腺嘌呤的N3氮原子增加了环外氨基的碱性。因此，1,3-二氮杂氮腺嘌呤和胸腺嘧啶能够将两个Ag +离子掺入其Hoogsteen型碱基对中（与之相比，一个Ag +离子与1-deazaadenine和胸腺嘧啶成对）。我们通过结合实验技术（UV和圆二色性（CD）光谱学，动态光散射和质谱法）证明，这种类型的碱基对与不同的序列环境兼容，可以连续用于DNA双螺旋中。当使用含有交替的嘌呤和嘧啶核苷的序列时，观察到最稳定的双链体。进行了色散校正的密度泛函理论计算，以深入了解双重金属