2-((((9H-fluoren-9-yl)methoxy)carbonyl)amino)-5-acetamidopentanoic acid | 172690-48-1

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 芴
• 英文名称: 2-((((9H-fluoren-9-yl)methoxy)carbonyl)amino)-5-acetamidopentanoic acid
• 英文别名: (2S)-5-acetamido-2-({[(9H-fluoren-9-yl)methoxy]carbonyl}amino)pentanoic acid；L-Nα-Fmoc-AcOrn；N(α)-Fmoc-N(δ)-acetyl-ornithine；N5-Acetyl-N2-Fmoc-L-Ornithine；(2S)-5-acetamido-2-(9H-fluoren-9-ylmethoxycarbonylamino)pentanoic acid
• CAS: 172690-48-1
• 化学式: C₂₂H₂₄N₂O₅
• 分子量: 396.443
• InChiKey: CHABAEYQALRAPE-FQEVSTJZSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  2.7
• 重原子数：
  29
• 可旋转键数：
  9
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.32
• 拓扑面积：
  105
• 氢给体数：
  3
• 氢受体数：
  5

安全信息

• 危险性防范说明：
  P261,P305+P351+P338
• 危险性描述：
  H315,H319,H335

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  2-((((9H-fluoren-9-yl)methoxy)carbonyl)amino)-5-acetamidopentanoic acid 在 哌啶 、 Fmoc-Rink resin 、 氨 、 1-羟基苯并三唑 、 O-(1H-benzotriazol-1-yl)-N,N,N',N'-tetramethyluronium hexafluorophosphate 、 三乙胺 作用下， 以 N-甲基吗啉 、 甲醇 、 water-d2 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 6.0h， 生成 Ac-Orn(Ac)-Lys(CSNH2)(CSNH2)-Orn(Ac)-NH2
  参考文献：
  名称：

  A mechanism-based potent sirtuin inhibitor containing Nε-thiocarbamoyl-lysine (TuAcK)

  摘要：

  In the current study, we have identified N-epsilon-thiocarbamoyl-lysine (TuAcK) as a general sirtuin inhibitory warhead which was shown to be able to confer potent sirtuin inhibition. This inhibition was also shown to be mechanism-based in that the TuAck residue was able to be processed by a sirtuin enzyme with the formation of a stalled S-alkylamidate intermediate. (C) 2011 Elsevier Ltd. All rights reserved.

  DOI：

  10.1016/j.bmcl.2011.06.069
• 作为产物：
  描述：

  allyl 2-((((9H-fluoren-9-yl)methoxy)carbonyl)amino)-5-((tert-butoxycarbonyl)amino)pentanoate 在 吗啉 、 四(三苯基膦)钯 、 三乙胺 作用下， 以 四氢呋喃 、 二氯甲烷 为溶剂， 反应 2.66h， 生成 2-((((9H-fluoren-9-yl)methoxy)carbonyl)amino)-5-acetamidopentanoic acid
  参考文献：
  名称：

  保守的Lys / Arg残基对配体/ PDZ域相互作用的重要性，通过蛋白质半合成检查

  摘要：

  PDZ域是多种蛋白质相互作用的媒介，了解这些相互作用的分子细节至关重要。我们应用表达的蛋白质连接来生成六个包含蛋白质和非蛋白质氨基酸的半合成PDZ域。这突出了PSD 95 PDZ2中保守的Lys / Arg残基的重要性。

  DOI：

  10.1002/cbic.201600322

文献信息

• Substrate specificity of SIRT1-catalyzed lysine Nε-deacetylation reaction probed with the side chain modified Nε-acetyl-lysine analogs
  作者：Nuttara Jamonnak、Brett M. Hirsch、Yi Pang、Weiping Zheng

  DOI：10.1016/j.bioorg.2009.10.001

  日期：2010.2

  Peptides containing l-Nε-acetyl-lysine (l-AcK) or its side chain modified analogs were prepared and assayed using SIRT1, the prototypical human silent information regulator 2 (Sir2) enzyme. While previous studies showed that the side chain acetyl group of l-AcK can be extended to bulkier acyl groups for Sir2 (including SIRT1)-catalyzed lysine Nε-deacylation reaction, our current study suggested that

  含有肽升-N ε -乙酰赖氨酸（升制备和使用SIRT1，原型人类沉默信息调节2（Sir2的）酶测定-ACK）或它的侧链修饰的类似物。虽然以前的研究表明，侧链乙酰基的升-ACK可以扩展到体积更大的酰基为Sir2的（包括SIRT1）催化赖氨酸N- ε -deacylation反应，我们目前的研究表明，SIRT1催化的脱乙酰基反应进行了非常严格的α-碳与侧链乙酰酰胺基团之间距离的最高要求，在l -AcK中发现是最佳的。此外，我们目前的研究表明，SIRT1催化立体定向脱乙酰化。1- AcK与它的d-异构体。我们当前研究的结果将构成设计SIRT1和Sir2酶抑制剂的另一条重要信息。
• Synthesis and Structure–Activity Relationship Study of NBRI16716B, an Antitumor Natural Product
  作者：Hikaru Abe、Chiharu Sakashita、Manabu Kawada、Akio Nomoto、Takumi Watanabe、Masakatsu Shibasaki

  DOI：10.1248/cpb.c15-00200

  日期：——

  The total synthesis of NBRI16716B (2), a naturally occurring modulator of tumor-stroma interactions, was successfully achieved. Using this synthetic route, a dehydroxy analogue (21) and a derivative lacking the 5-hydroxy-3-methylpentenoyl side chain (22) became accessible. A preliminary structure-activity relationship study to unveil the structural requirements for selective inhibition of tumor cells

  NBRI16716B（2）是肿瘤-基质相互作用的天然调节剂，已成功实现了全合成。使用该合成途径，可获得脱羟基类似物（21）和缺少5-羟基-3-甲基戊烯酰基侧链的衍生物（22）。初步的结构活性关系研究揭示了选择性抑制与基质细胞共培养的肿瘤细胞的结构要求，结果表明2的异羟肟酸酯结构都是必不可少的，而5-羟基-3-甲基戊烯酰基侧链不是必不可少的。
• Potency-Enhanced Peptidomimetic VHL Ligands with Improved Oral Bioavailability
  作者：Hao Wu、Jeremy Murray、Noriko Ishisoko、Alexandra Frommlet、Gauri Deshmukh、Antonio DiPasquale、Melinda M. Mulvihill、Donglu Zhang、John G. Quinn、Robert A. Blake、Wayne J. Fairbrother、Jakob Fuhrmann

  DOI：10.1021/acs.jmedchem.3c02203

  日期：2024.6.13

  cellular NanoBRET target engagement assays to enhance the existing VHL ligands. Through systematic modifications of the molecule, we identified the 1,2,3-triazole group as an optimal substitute of the left-hand side amide bond that yields 10-fold higher binding activity. Moreover, incorporating conformationally constrained alterations on the methylthiazole benzylamine moiety led to the development of highly

  von Hippel-Lindau (VHL) 蛋白在调节缺氧应激反应中发挥着关键作用，并已在靶向蛋白质降解领域，特别是在二价降解剂的背景下得到广泛研究和利用。在这项研究中，我们提出了一种全面的拟肽结构-活性关系（SAR）方法，结合细胞 NanoBRET 靶点结合测定，以增强现有的 VHL 配体。通过对该分子的系统修饰，我们确定 1,2,3-三唑基团是左侧酰胺键的最佳替代品，其结合活性高出 10 倍。此外，在甲基噻唑苯甲胺部分上纳入构象限制的改变导致开发出具有皮摩尔结合亲和力的高效VHL配体，并显着提高了口服生物利用度。我们预计，我们优化的 VHL 配体GNE7599将作为研究 VHL 途径和推进靶向蛋白质降解领域的有价值的工具化合物。
• US2023/257343
  申请人：——

  公开号：——

  公开（公告）日：——