cyclo-(-ImPyPyPy-(R)^β-NHCbzγ-ImPyPyPy-(R)^β-NHCbzγ-) | 1158208-77-5

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机杂环化合物 - 咪唑二氮卓类
• 英文名称: cyclo-(-ImPyPyPy-(R)^β-NHCbzγ-ImPyPyPy-(R)^β-NHCbzγ-)
• 英文别名: cyclo-(-ImPyPyPy-(R)β-CbzHNγ-ImPyPyPy-(R)β-CbzHNγ-)；benzyl N-[(23R,52R)-5,11,17,28,34,40,46,57-octamethyl-3,9,15,21,26,32,38,44,50,55-decaoxo-52-(phenylmethoxycarbonylamino)-2,5,8,11,14,17,20,25,28,31,34,37,40,43,46,49,54,57,60,64-icosazanonacyclo[54.2.1.14,7.110,13.116,19.127,30.133,36.139,42.145,48]hexahexaconta-1(58),4(66),6,10(65),12,16(64),18,27(63),29,33(62),35,39(61),41,45(60),47,56(59)-hexadecaen-23-yl]carbamate
• CAS: 1158208-77-5
• 化学式: C₇₀H₇₄N₂₂O₁₄
• 分子量: 1447.5
• InChiKey: QYLVGERQVQFSTE-NCRNUEESSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -0.3
• 重原子数：
  106
• 可旋转键数：
  8
• 环数：
  11.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.23
• 拓扑面积：
  433
• 氢给体数：
  12
• 氢受体数：
  16

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  cyclo-(-ImPyPyPy-(R)^β-NHCbzγ-ImPyPyPy-(R)^β-NHCbzγ-) 在 三氟甲磺酸 、 三氟乙酸 作用下， 以 水 、 乙腈 为溶剂， 反应 0.08h， 以46 mg的产率得到cyclo-(-ImPyPyPy-(R)β-H2Nγ-ImPyPyPy-(R)β-H2Nγ-)
  参考文献：
  名称：

  Chenoweth, David M.; Harki, Daniel A.; Phillips, John W., Journal of the American Chemical Society, 2009, vol. 131, p. 7182 - 7188

  摘要：

  DOI：
• 作为产物：
  描述：

  BocHN-(R)β-CbzHNγ-ImPyPyPy-(R)β-CbzHNγ-ImPyPyPy-CO2Pfp 在 三氟乙酸 、 N,N-二异丙基乙胺 作用下， 以 二氯甲烷 、 N,N-二甲基甲酰胺 、 乙腈 为溶剂， 反应 72.17h， 生成 cyclo-(-ImPyPyPy-(R)^β-NHCbzγ-ImPyPyPy-(R)^β-NHCbzγ-)
  参考文献：
  名称：

  Chenoweth, David M.; Harki, Daniel A.; Phillips, John W., Journal of the American Chemical Society, 2009, vol. 131, p. 7182 - 7188

  摘要：

  DOI：

文献信息

• Synthesis of Cyclic Py-Im Polyamide Libraries
  作者：Benjamin C. Li、David C. Montgomery、James W. Puckett、Peter B. Dervan

  DOI：10.1021/jo302053v

  日期：2013.1.4

  polyamides has been developed via microwave-assisted solid-phase synthesis of hairpin amino acid oligomer intermediates followed by macrocyclization. A focused library of cyclic polyamides 1–7 targeted to the androgen response element (ARE) and the estrogen response element (ERE) were synthesized in 12–17% overall yield. The Fmoc protection strategy also allows for selective modifications on the GABA

  含有两个 GABA 转角单元的环状 Py-Im 聚酰胺表现出增强的 DNA 结合亲和力，但由于无法合成，对其生物学特性的广泛研究受到阻碍。通过发夹氨基酸低聚物中间体的微波辅助固相合成，然后进行大环化，已经开发出一种简便的环状聚酰胺模块化方法。环状聚酰胺1 – 7 的重点库针对雄激素反应元件 (ARE) 和雌激素反应元件 (ERE) 的合成总产率为 12-17%。Fmoc 保护策略还允许对 GABA 转单元进行选择性修改，这些转单元已被证明可以改善细胞吸收特性。环状聚酰胺文库的 DNA 结合亲和力通过 DNA 热变性测定进行测量，并与相应的发夹聚酰胺进行比较。荧光素标记的环状聚酰胺已在 A549 和 T47D 细胞系中通过共聚焦显微镜合成和成像。测定了化合物1 – 7和9 – 11的 IC 50值，显示出显着不同的细胞毒性水平。
• Control of Forward/Reverse Orientation Preference of Cyclic Pyrrole–Imidazole Polyamides
  作者：Yuki Hirose、Sefan Asamitsu、Toshikazu Bando、Hiroshi Sugiyama

  DOI：10.1021/jacs.9b05516

  日期：2019.8.21

  3'-terminus of DNAs, sometimes causes unintended binding. Here, we synthesized optical or structural isomers of previously reported cyclic PIPs (cPIPs), which differ in the position of the amino groups in the γ-turn units, and we investigated their binding affinities both in the forward- and reverse-binding orientation. We show that cPIPs with (R)-α-amino-γ-turn units prefer the forward orientation

  吡咯-咪唑聚酰胺 (PIP) 与预定的双链 DNA 序列结合并选择性靶向多种 DNA 序列。尽管 PIPs 的 N 端面向 DNA 的 5' 端的正向结合 (5'-3'/NC) 方向被认为是 PIPs 的主要结合方式，但反向结合（5 '-3'/CN) 方向，其中 PIP 的 C 端面向 DNA 的 3' 端，有时会导致意外结合。在这里，我们合成了先前报道的环状 PIP (cPIP) 的光学或结构异构体，它们在 γ 转角单元中氨基的位置不同，我们研究了它们在正向和反向结合方向上的结合亲和力。我们表明，与发夹 PIP 一样，具有 (R)-α-氨基-γ-转角单元的 cPIP 更喜欢正向。更重要的是，我们首次记录了具有 (S)-α-氨基-γ-转角的 cPIP 显着的反向结合偏好。这些结果表明，cPIPs 的方向偏好可以通过氨基在 γ 转角单位上的位置来控制，这可能会显着增加 PIPs 可以靶向的 DNA
• Oligomerization Route to Py−Im Polyamide Macrocycles
  作者：David M. Chenoweth、Daniel A. Harki、Peter B. Dervan

  DOI：10.1021/ol901311m

  日期：2009.8.20

  Cyclic eight-ring pyrrole-imidazole polyamides are sequence-specific DNA-binding small molecules that are cell permeable and can regulate endogenous gene expression. Syntheses of cyclic polyamides have been achieved by solid-phase and solution-phase methods. A rapid solution-phase oligomerization approach to eight-ring symmetrical cyclic polyamides yields 12- and 16-membered macrocycles as well. A preference for DNA binding by the 8- and 16-membered oligomers was observed over the 12-ring macrocycle, which we attributed to a conformational constraint not present in the smaller and larger systems.