{2-[2-(2-tert-Butoxycarbonylamino-ethoxy)-ethoxy]-ethoxy}-acetic acid pentafluorophenyl ester | 503071-54-3

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 苯酚酯
• 英文名称: {2-[2-(2-tert-Butoxycarbonylamino-ethoxy)-ethoxy]-ethoxy}-acetic acid pentafluorophenyl ester
• CAS: 503071-54-3
• 化学式: C₁₉H₂₄F₅NO₇
• 分子量: 473.394
• InChiKey: IVFBJAXPJFOMLB-UHFFFAOYSA-N

物化性质

• 沸点：
  505.7±50.0 °C(Predicted)
• 密度：
  1.310±0.06 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  2.86
• 重原子数：
  32.0
• 可旋转键数：
  12.0
• 环数：
  1.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.58
• 拓扑面积：
  92.32
• 氢给体数：
  1.0
• 氢受体数：
  7.0

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  {2-[2-(2-tert-Butoxycarbonylamino-ethoxy)-ethoxy]-ethoxy}-acetic acid pentafluorophenyl ester 在 盐酸 、 三乙胺 作用下， 以 四氢呋喃 、 氯仿 、 乙酸乙酯 为溶剂， 生成 tert-butyl (36-((7-methyl-1,8-naphthyridin-2-yl)amino)-33-(3-((7-methyl-1,8-naphthyridin-2-yl)amino)-3-oxopropyl)-11,23,28,36-tetraoxo-3,6,9,15,18,21-hexaoxa-12,24,29,33-tetraazahexatriacontyl)carbamate
  参考文献：
  名称：

  Highly sensitive detection of GG mismatched DNA by surfaces immobilized naphthyridine dimer through poly(ethylene oxide) linkers

  摘要：

  Naphthyridine dimer is a unique molecule that strongly, and selectively, binds to the guanine-guanine mismatch in duplex DNA. We have synthesized naphthyridine dimers possessing a different length of poly(ethylene oxide) (PEO) linker, and immobilized them to CM5 sensor chip to carry out a surface plasmon resonance (SPR) assay of DNA duplexes containing a single base mismatch. The sensitivity of the sensor remarkably increased with increasing numbers of PEO units incorporated into the linker. With the sensor surface immobilized naphthyridine dimer for 1.5 x 10(3) response unit (RU) through three PEO units, the distinct SPR signal was observed at a concentration of 1 nM of the 27-mer G-G mismatch. (C) 2004 Elsevier Ltd. All rights reserved.

  DOI：

  10.1016/j.bmcl.2003.12.079
• 作为产物：
  描述：

  11-叠氮基-3,6,9-三氧杂十一醇 在 palladium on activated charcoal chromium(VI) oxide 、 sodium hydroxide 、 硫酸 、 氢气 、 盐酸-N-乙基-Nˊ-(3-二甲氨基丙基)碳二亚胺 作用下， 以 四氢呋喃 、 乙醇 、 N,N-二甲基甲酰胺 、 丙酮 为溶剂， 生成 {2-[2-(2-tert-Butoxycarbonylamino-ethoxy)-ethoxy]-ethoxy}-acetic acid pentafluorophenyl ester
  参考文献：
  名称：

  Highly sensitive detection of GG mismatched DNA by surfaces immobilized naphthyridine dimer through poly(ethylene oxide) linkers

  摘要：

  Naphthyridine dimer is a unique molecule that strongly, and selectively, binds to the guanine-guanine mismatch in duplex DNA. We have synthesized naphthyridine dimers possessing a different length of poly(ethylene oxide) (PEO) linker, and immobilized them to CM5 sensor chip to carry out a surface plasmon resonance (SPR) assay of DNA duplexes containing a single base mismatch. The sensitivity of the sensor remarkably increased with increasing numbers of PEO units incorporated into the linker. With the sensor surface immobilized naphthyridine dimer for 1.5 x 10(3) response unit (RU) through three PEO units, the distinct SPR signal was observed at a concentration of 1 nM of the 27-mer G-G mismatch. (C) 2004 Elsevier Ltd. All rights reserved.

  DOI：

  10.1016/j.bmcl.2003.12.079

文献信息

• Photoregulation of a Peptide−RNA Interaction on a Gold Surface
  作者：Gosuke Hayashi、Masaki Hagihara、Chikara Dohno、Kazuhiko Nakatani

  DOI：10.1021/ja071298x

  日期：2007.7.1

  reversible binding to the ligand peptide immobilized onto the gold surface. We designed and synthesized a photoresponsive short peptide that can interact with RNA, can convert its conformation reversibly by photoirradiation, and can be produced on a large scale for in vitro selection. The RNA pool contained N70 random sequences, and after the eighth cycle, we identified RNA aptamers showing the Kd of about

  核糖开关的发现加速了对 RNA 与有机小化合物相互作用的研究。生物学家通过 RNA 和小分子的相互作用在体内人工和可逆地控制基因表达将是重要的。在本文中，我们报告了从体外选择中获得的 RNA 适体，其中含有偶氮苯部分的光响应短肽，两侧都有精氨酸残基作为配体，提供与固定在金表面的配体肽的可逆结合。我们设计并合成了一种光响应短肽，它可以与 RNA 相互作用，可以通过光照射可逆地转换其构象，并且可以大规模生产用于体外选择。RNA 池包含 N70 个随机序列，在第 8 个循环后，我们鉴定了显示大约几微摩尔 Kd 的 RNA 适配体。表面等离子共振 (SPR) 实验表明，RNA 适配体可以与 th 的反式异构体结合。
• RNA Aptamers That Reversibly Bind Photoresponsive Azobenzene-Containing Peptides
  作者：Gosuke Hayashi、Masaki Hagihara、Kazuhiko Nakatani

  DOI：10.1002/chem.200800936

  日期：2009.1.2

  interactions among biologically active molecules has provided a platform for innovative biotechnologies. Here, we report RNA aptamers that bind to a photoresponsive peptide (KRAzR; Lys‐Arg‐azobenzene‐Arg) containing azobenzene chromophore, which can change its structure by photoirradiation. Aptamers were identified after 10 cycles of an in vitro selection procedure starting with a DNA library containing a 70 nt

  由生物活性分子之间的各种相互作用组装而成的生物网络调节为创新生物技术提供了平台。在这里，我们报道了与含有偶氮苯发色团的光响应肽（KRAzR; Lys-Arg-偶氮苯-Arg）结合的RNA适体，可以通过光照射改变其结构。在体外选择程序的10个循环后，从包含70 nt随机区域的DNA文库开始，鉴定了适体。表面等离振子共振（SPR）分析表明，适体对SPR传感器芯片的光辐照可完全控制适体和KRAzR之间的相互作用。在KRAzR固定的表面上照射360 nm后，每个适体与表面的结合均显着降低。随后用430 nm对同一表面进行光辐照，恢复了适体与该表面的结合。我们还观察到在金表面上对适体-肽复合物的直接光辐照有效地促进了复合物的解离。此外，使用掺杂的重选方法来获得适体66的结构和序列信息。通过对保守区和突变频率的数据分析，我们能够在通过计算折叠模拟预测的三个候选物中选择合理的二级结构。