methyl (S)-2-amino-3-(5-((N-(tert-butoxycarbonyl)carbamimidoyl)carbamoyl)-1H-pyrrole-2-carboxamido)propanoate | 848679-80-1

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机酸及其衍生物 - 羧酸及其衍生物
• 英文名称: methyl (S)-2-amino-3-(5-((N-(tert-butoxycarbonyl)carbamimidoyl)carbamoyl)-1H-pyrrole-2-carboxamido)propanoate
• 英文别名: GCP-L-Dap-OMe
• CAS: 848679-80-1
• 化学式: C₁₆H₂₄N₆O₆
• 分子量: 396.403
• InChiKey: XANTTYKWIWWAGI-QMMMGPOBSA-N

物化性质

• 密度：
  1.42±0.1 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -0.57
• 重原子数：
  28.0
• 可旋转键数：
  5.0
• 环数：
  1.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.44
• 拓扑面积：
  188.49
• 氢给体数：
  6.0
• 氢受体数：
  8.0

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  methyl (S)-2-amino-3-(5-((N-(tert-butoxycarbonyl)carbamimidoyl)carbamoyl)-1H-pyrrole-2-carboxamido)propanoate 在 lithium hydroxide 作用下， 以 四氢呋喃 、 甲醇 、 水 为溶剂， 反应 5.0h， 生成 (S)-2-((tert-butoxycarbonyl)amino)-3-(5-((N-(tert-butoxycarbonyl)carbamimidoyl)carbamoyl)-1H-pyrrole-2-carboxamido)propanoic acid
  参考文献：
  名称：

  多阳离子双（胍基碘羰基吡咯）受体与双链核酸的相互作用：合成，绑定研究和原子力显微镜成像。

  摘要：

  化合物1 - 3中，两个guanidiniocarbonylpyrrole部分由低聚酰胺桥连接并且在数量上和碱性基团的类型不同的组成，制备。该网站和质子化程度1 - 3对pH值的强烈依赖。这些化合物与几种双链（ds）DNA和dsRNA的相互作用通过UV / Vis和CD光谱以及等温滴定微量热（ITC）进行了研究。这些研究表明，结合1 – 3多核苷酸对多核苷酸的结合由三个因素驱动，脂肪族氨基的存在，化合物的质子化状态以及多核苷酸结合位点的空间性质，即它们的凹槽的形状和结构。所有施加的方法得到的结果一致表明，受体1 - 3结合DNA的小沟，但是，相比之下，对RNA的大沟。此外，通过原子力显微镜（AFM）成像表明，化合物2与小牛胸腺（ct）DNA相互作用后，发生了DNA诱导的聚集，导致其二级结构发生了明显变化。

  DOI：

  10.1002/chem.201101544
• 作为产物：
  描述：

  GCP-L-Dap(Cbz)-OMe 在 palladium 10% on activated carbon 、 氢气 作用下， 以 甲醇 为溶剂， 反应 2.0h， 生成 methyl (S)-2-amino-3-(5-((N-(tert-butoxycarbonyl)carbamimidoyl)carbamoyl)-1H-pyrrole-2-carboxamido)propanoate
  参考文献：
  名称：

  多阳离子双（胍基碘羰基吡咯）受体与双链核酸的相互作用：合成，绑定研究和原子力显微镜成像。

  摘要：

  化合物1 - 3中，两个guanidiniocarbonylpyrrole部分由低聚酰胺桥连接并且在数量上和碱性基团的类型不同的组成，制备。该网站和质子化程度1 - 3对pH值的强烈依赖。这些化合物与几种双链（ds）DNA和dsRNA的相互作用通过UV / Vis和CD光谱以及等温滴定微量热（ITC）进行了研究。这些研究表明，结合1 – 3多核苷酸对多核苷酸的结合由三个因素驱动，脂肪族氨基的存在，化合物的质子化状态以及多核苷酸结合位点的空间性质，即它们的凹槽的形状和结构。所有施加的方法得到的结果一致表明，受体1 - 3结合DNA的小沟，但是，相比之下，对RNA的大沟。此外，通过原子力显微镜（AFM）成像表明，化合物2与小牛胸腺（ct）DNA相互作用后，发生了DNA诱导的聚集，导致其二级结构发生了明显变化。

  DOI：

  10.1002/chem.201101544

文献信息

• Functional Disruption of the Cancer‐Relevant Interaction between Survivin and Histone H3 with a Guanidiniocarbonyl Pyrrole Ligand
  作者：Cecilia Vallet、Dennis Aschmann、Christine Beuck、Matthias Killa、Annika Meiners、Marcel Mertel、Martin Ehlers、Peter Bayer、Carsten Schmuck、Michael Giese、Shirley K. Knauer

  DOI：10.1002/anie.201915400

  日期：2020.3.27

  protein-protein interaction of Survivin and its functionally relevant binding partner Histone H3. Ligand L1 is based on the guanidiniocarbonyl pyrrole cation and serves as a highly specific anion binder in order to target the interaction between Survivin and Histone H3. NMR titration confirmed binding of L1 to Survivin's Histone H3 binding site. The inhibition of the Survivin-Histone H3 interaction and consequently

  生存素蛋白在大多数癌症中高度上调，被认为是致癌过程中的关键因素。我们探索了一种超分子方法，通过抑制 Survivin 及其功能相关的结合伙伴组蛋白 H3 的蛋白质-蛋白质相互作用，将 Survivin 作为药物靶点。配体 L1 基于胍基羰基吡咯阳离子，作为高度特异性的阴离子结合剂，以靶向 Survivin 和组蛋白 H3 之间的相互作用。NMR 滴定证实 L1 与 Survivin 的组蛋白 H3 结合位点结合。通过显微镜和细胞测定证明了对生存素-组蛋白 H3 相互作用的抑制，从而减少了癌细胞增殖。
• Design and synthesis of a new class of arginine analogues with an improved anion binding site in the side chain
  作者：Carsten Schmuck、Lars Geiger

  DOI：10.1039/b415543b

  日期：——

  Replacing the guanidinium group in arginine (1) by a guanidiniocarbonyl pyrrole moiety provides a new class of artificial amino acids (2), that can be used as building blocks in standard solid phase peptide synthesis.

  将精氨酸（1）中的胍基替换为胍基羰基吡咯环部分，得到一类新型的人工氨基酸（2），它们可作为标准固相肽合成的构建模块。
• Guanidiniocarbonylpyrrole-Aryl Derivatives: Structure Tuning for Spectrophotometric Recognition of Specific DNA and RNA Sequences and for Antiproliferative Activity
  作者：Laura Hernandez-Folgado、Domagoj Baretić、Ivo Piantanida、Marko Marjanović、Marijeta Kralj、Thomas Rehm、Carsten Schmuck

  DOI：10.1002/chem.200901999

  日期：2010.3.8

  positive charges present at different pH values. The compounds and their interactions with DNA and RNA were studied by UV/Vis, fluorescence and CD spectroscopy. Antiproliferative activities against human tumour cell lines were also determined. Our studies show that efficient interaction with, for example, DNA requires a significantly large aromatic ring (pyrene) connected through a flexible linker to

  我们对不同的胍基羰基吡咯-芳基衍生物进行了系统的研究，这些衍生物旨在通过将芳香族部分插入核苷酸的碱基堆栈中以及通过胍基羰基吡咯阳离子的凹槽结合来与DNA或RNA相互作用。我们改变了1）芳香环的大小（苯，萘，pyr和a啶），2）连接两个结合基团的接头的长度和柔性，以及3）在不同pH值下存在的正电荷总数。通过UV / Vis，荧光和CD光谱研究了化合物及其与DNA和RNA的相互作用。还确定了对人肿瘤细胞系的抗增殖活性。我们的研究表明，与 DNA需要一个很大的芳香环（py），该芳香环通过柔性接头连接到吡咯部分。但是，正电荷如12，也是必需的。化合物12允许在生理pH值下对ds-DNA进行碱基对选择性识别。这些化合物的抗增殖活性与其对DNA的结合亲和力有关，这表明它们的生物学作用最有可能是由于DNA结合所致。
• Artificial Ditopic Arg-Gly-Asp (RGD) Receptors
  作者：Carsten Schmuck、Daniel Rupprecht、Matthias Junkers、Thomas Schrader

  DOI：10.1002/chem.200601821

  日期：2007.8.17

  fusion of two artificial recognition motifs for arginine and aspartate resulted in a new class of ditopic RGD receptor molecules, 1-4. The two binding sites for the oppositely charged amino acid residues are linked by either flexible linkers of different length (in 1-3) or a rigid aromatic spacer (in 4). These spacers are shown to be critical for the complexation efficiency of the artificial hosts. If

  精氨酸和天冬氨酸的两个人工识别基序的共价融合产生了一类新型的双位RGD受体分子1-4。带相反电荷的氨基酸残基的两个结合位点通过不同长度的柔性接头（在1-3中）或刚性芳族间隔基（在4中）相连。这些间隔物显示出对于人工宿主的络合效率至关重要。如果接头太柔韧性，如1-3中所示，则在宿主内发生不希望的分子内自缔合，并与底物结合竞争，从而削弱了底物的结合。4中的刚性芳族连接基可防止任何分子内自缔合，因此即使在缓冲水中也能观察到有效的RGD结合（缔合常数K（a）约为3000 m（-1））。如主体16所示，疏水性接触进一步增加 可以补充特定的库仑引力，从而导致更稳定的复合体（Ka = 5000 m（-1））。识别事件已通过NMR光谱，UV / Vis光谱和荧光滴定进行了研究。