(2R,3R,4S)-5-(2,6-bis(benzyloxy)-5-nitropyrimidin-4-yloxy)pentane-1,2,3,4-tetrol | 1389328-77-1

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机1,3-偶极化合物 - 烯丙基型1,3-偶极有机化合物
• 英文名称: (2R,3R,4S)-5-(2,6-bis(benzyloxy)-5-nitropyrimidin-4-yloxy)pentane-1,2,3,4-tetrol
• 英文别名: (2R,3R,4S)-5-[5-nitro-2,6-bis(phenylmethoxy)pyrimidin-4-yl]oxypentane-1,2,3,4-tetrol
• CAS: 1389328-77-1
• 化学式: C₂₃H₂₅N₃O₉
• 分子量: 487.466
• InChiKey: LTUWDSUYTPROTF-WSTZPKSXSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  1.4
• 重原子数：
  35
• 可旋转键数：
  12
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.3
• 拓扑面积：
  180
• 氢给体数：
  4
• 氢受体数：
  11

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  (2R,3R,4S)-5-(2,6-bis(benzyloxy)-5-nitropyrimidin-4-yloxy)pentane-1,2,3,4-tetrol 在 氢气 作用下， 以 甲醇 、 乙酸乙酯 为溶剂， 反应 12.0h， 以79%的产率得到5-nitro-6-((2S,3R,4R)-2,3,4,5-tetrahydroxypentyloxy)pyrimidine-2,4(1H,3H)-dione
  参考文献：
  名称：

  Lumazine 合酶和核黄素合酶的 O-核苷、S-核苷和 N-核苷探针

  摘要：

  Lumazine 合酶催化核黄素生物合成的倒数第二步，而核黄素合酶催化最后一步。O-核苷、S-核苷和N已经合成了假设的 lumazine 生物合成中间体的核苷类似物，以获得这两种酶的结构和机制探针，以及作为抗生素具有潜在价值的抑制剂。设计了在其他容易还原的官能团存在下通过在 Lindlar 催化剂上受控氢解来选择性裂解苄基保护基团的方法。脱保护反应在其他反应性官能团（包括硝基、烯烃和卤素）的存在下进行。目标化合物作为从各种微生物获得的 lumazine 合酶和核黄素合酶的抑制剂进行了测试。一般来说，S-核苷和N-核苷比相应的O-核苷更有效核苷作为 lumazine 合酶和核黄素合酶抑制剂，而C-核苷的效力最低。进行了一系列分子动力学模拟，然后使用泊松-玻尔兹曼/表面积 (MM-PBSA) 方法进行自由能计算，以使配体与 lumazine 合酶结合的结果合理化，结果提供了对配体结合以及稳定酶催化反应中的中间体的分子力。

  DOI：

  10.1021/jo3010364
• 作为产物：
  描述：

  2,4-bis(benzyloxy)-5-nitro-6-(((4'R,5S)-2,2,2',2'-tetramethyl-4,4'-bi(1,3-dioxolan)-4-yl)methoxy)pyrimidine 在 盐酸 作用下， 以 四氢呋喃 为溶剂， 反应 6.0h， 以72%的产率得到(2R,3R,4S)-5-(2,6-bis(benzyloxy)-5-nitropyrimidin-4-yloxy)pentane-1,2,3,4-tetrol
  参考文献：
  名称：

  Lumazine 合酶和核黄素合酶的 O-核苷、S-核苷和 N-核苷探针

  摘要：

  Lumazine 合酶催化核黄素生物合成的倒数第二步，而核黄素合酶催化最后一步。O-核苷、S-核苷和N已经合成了假设的 lumazine 生物合成中间体的核苷类似物，以获得这两种酶的结构和机制探针，以及作为抗生素具有潜在价值的抑制剂。设计了在其他容易还原的官能团存在下通过在 Lindlar 催化剂上受控氢解来选择性裂解苄基保护基团的方法。脱保护反应在其他反应性官能团（包括硝基、烯烃和卤素）的存在下进行。目标化合物作为从各种微生物获得的 lumazine 合酶和核黄素合酶的抑制剂进行了测试。一般来说，S-核苷和N-核苷比相应的O-核苷更有效核苷作为 lumazine 合酶和核黄素合酶抑制剂，而C-核苷的效力最低。进行了一系列分子动力学模拟，然后使用泊松-玻尔兹曼/表面积 (MM-PBSA) 方法进行自由能计算，以使配体与 lumazine 合酶结合的结果合理化，结果提供了对配体结合以及稳定酶催化反应中的中间体的分子力。

  DOI：

  10.1021/jo3010364