methyl (S)-3-(3-((S)-2-acetamido-3-oxo-3-(2-(trimethylsilyl)ethoxy)propyl)phenyl)-2-((S)-8-((benzyloxy)amino)-2-((tert-butoxycarbonyl)amino)-8-oxooctanamido)propanoate | 939435-79-7

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机酸及其衍生物 - 羧酸及其衍生物
• 英文名称: methyl (S)-3-(3-((S)-2-acetamido-3-oxo-3-(2-(trimethylsilyl)ethoxy)propyl)phenyl)-2-((S)-8-((benzyloxy)amino)-2-((tert-butoxycarbonyl)amino)-8-oxooctanamido)propanoate
• CAS: 939435-79-7
• 化学式: C₄₀H₆₀N₄O₁₀Si
• 分子量: 785.023
• InChiKey: VVHXPUTYDJFFPB-AFEGWXKPSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  4.91
• 重原子数：
  55.0
• 可旋转键数：
  22.0
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.55
• 拓扑面积：
  187.46
• 氢给体数：
  4.0
• 氢受体数：
  10.0

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  methyl (S)-3-(3-((S)-2-acetamido-3-oxo-3-(2-(trimethylsilyl)ethoxy)propyl)phenyl)-2-((S)-8-((benzyloxy)amino)-2-((tert-butoxycarbonyl)amino)-8-oxooctanamido)propanoate 在 三乙基硅烷 、 N,N-二异丙基乙胺 、 Methanaminium,N-[(dimethylamino)(3H-1,2,3-triazolo[4,5-b]pyridin-3-yloxy)methylene]-N-methyl-, hexafluorophosphate(1-) 、 三氟乙酸 作用下， 以 二氯甲烷 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 2.0h， 生成 methyl (3S,6S,9S)-9-acetamido-5,8-dioxo-6-[6-oxo-6-(phenylmethoxyamino)hexyl]-4,7-diazabicyclo[9.3.1]pentadeca-1(14),11(15),12-triene-3-carboxylate
  参考文献：
  名称：

  Design and Synthesis of a Potent Histone Deacetylase Inhibitor

  摘要：

  Histone deacetylase (HDAC) inhibitors have potential for cancer therapy. An HDAC inhibitor based on a cyclic peptide mimic of known structure, linked by an aliphatic chain to a hydroxamic acid, was designed and synthesized. The chimeric compound showed potent competitive inhibition of nuclear HDACs, with an IC50 value of 46 nM and a K-i value of 13.7 nM. The designed inhibitor showed 4-fold selectivity for HDAC1 (57 nM) over HDAC8 (231 nM).

  DOI：

  10.1021/jm061082q
• 作为产物：
  描述：

  tert-butyl (4S)-5-oxo-4-[6-oxo-6-(phenylmethoxyamino)hexyl]-1,3-oxazolidine-3-carboxylate 在 lithium hydroxide 、 N,N-二异丙基乙胺 作用下， 以 甲醇 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 17.0h， 生成 methyl (S)-3-(3-((S)-2-acetamido-3-oxo-3-(2-(trimethylsilyl)ethoxy)propyl)phenyl)-2-((S)-8-((benzyloxy)amino)-2-((tert-butoxycarbonyl)amino)-8-oxooctanamido)propanoate
  参考文献：
  名称：

  Design and Synthesis of a Potent Histone Deacetylase Inhibitor

  摘要：

  Histone deacetylase (HDAC) inhibitors have potential for cancer therapy. An HDAC inhibitor based on a cyclic peptide mimic of known structure, linked by an aliphatic chain to a hydroxamic acid, was designed and synthesized. The chimeric compound showed potent competitive inhibition of nuclear HDACs, with an IC50 value of 46 nM and a K-i value of 13.7 nM. The designed inhibitor showed 4-fold selectivity for HDAC1 (57 nM) over HDAC8 (231 nM).

  DOI：

  10.1021/jm061082q