5'(S)-C-allyl-5'-O-benzoyl-3'-O-(tert-butyldiphenylsilyl)thymidine | 607716-80-3

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 苯和取代衍生物
• 英文名称: 5'(S)-C-allyl-5'-O-benzoyl-3'-O-(tert-butyldiphenylsilyl)thymidine
• 英文别名: [(1S)-1-[(2R,3S,5R)-3-[tert-butyl(diphenyl)silyl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]but-3-enyl] benzoate
• CAS: 607716-80-3
• 化学式: C₃₆H₄₀N₂O₆Si
• 分子量: 624.809
• InChiKey: XAFMNTUXJMBOCW-GASGPIRDSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  4.88
• 重原子数：
  45
• 可旋转键数：
  12
• 环数：
  5.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.31
• 拓扑面积：
  94.2
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  6

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  5'(S)-C-allyl-5'-O-benzoyl-3'-O-(tert-butyldiphenylsilyl)thymidine 在 四氮唑 、 叔丁基过氧化氢 、 四丁基氟化铵 作用下， 以 四氢呋喃 、 二氯甲烷 、 甲苯 、 乙腈 为溶剂， 生成 [(1S)-1-[(2R,3S,5R)-3-[[(1S)-1-[(2S,3S,5R)-3-[tert-butyl(diphenyl)silyl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]but-3-enoxy]-(2-cyanoethoxy)-oxidophosphaniumyl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]but-3-enyl] benzoate
  参考文献：
  名称：

  Dinucleotides of 4′-C-vinyl- and 5′-C-allylthymidine as substrates for ring-closing metathesis reactions

  摘要：

  Thymidine derivatives containing a 4'-C-vinyl group or a 5'-C-allyl group are synthesized and used as building blocks for three different dinucleotides. These are evaluated as substrates for ring-closing metathesis cyclisations, and a protected 5'-C-allylthymidine homo-dimer is found to be the most reactive. A protected precursor for a conformationally restricted cyclic dinucleotide with a four carbon 5'-C to 5'-C connection is hereby efficiently obtained, whereas a corresponding three carbon 4'-C to 5'-C connection is obtained in a lower yield. (C) 2003 Elsevier Ltd. All rights reserved.

  DOI：

  10.1016/s0040-4039(03)01584-3
• 作为产物：
  描述：

  苯甲酰氯 、 5'(S)-C-allyl-3'-O-(tert-butyldiphenylsilyl)thymidine 在 吡啶 作用下， 反应 8.0h， 以71%的产率得到5'(S)-C-allyl-5'-O-benzoyl-3'-O-(tert-butyldiphenylsilyl)thymidine
  参考文献：
  名称：

  具有4个碳原子的5'-C至5'-C连接的环状二核苷酸；通过RCM合成，NMR检测并整合到二级核酸结构中。

  摘要：

  通过应用立体选择性烯丙基化方法由胸苷制备5'-C-烯丙基胸苷衍生物，并确认了其5'（S）-构型。从该核苷衍生物制备适当保护的结构单元，并使用标准亚磷酰胺化学方法偶联，得到具有两个5'-C-烯丙基的二核苷酸。该分子用作闭环复分解（RCM）反应的底物，去保护后，是环状二核苷酸的E-和Z-异构体与不饱和5'-C-至-5'-的1：1混合物。获得了C连接。或者，双键的氢化和脱保护得到饱和的环状二核苷酸。先进的NMR检查证实了该分子的结构，并表明了其整体构象自由度受到限制。在改变保护基策略之后，获得了具有5'-O-位的饱和环状二核苷酸的亚磷酰胺结构单元，其被保护为pixyl ether，并且磷酸盐被保护为甲基磷酸三酯。该构件用于制备由于环二核苷酸部分而具有中央人工弯曲的两个14-mer寡核苷酸。发现这些可以使双链体不稳定，稍微使凸起的双链体不稳定，但是在一定程度上可以稳定高Mg（2+）浓度的三向连接。

  DOI：

  10.1039/b603830a

文献信息

• Dinucleotides of 4′-C-vinyl- and 5′-C-allylthymidine as substrates for ring-closing metathesis reactions
  作者：Claus Kirchhoff、Poul Nielsen

  DOI：10.1016/s0040-4039(03)01584-3

  日期：2003.8

  Thymidine derivatives containing a 4'-C-vinyl group or a 5'-C-allyl group are synthesized and used as building blocks for three different dinucleotides. These are evaluated as substrates for ring-closing metathesis cyclisations, and a protected 5'-C-allylthymidine homo-dimer is found to be the most reactive. A protected precursor for a conformationally restricted cyclic dinucleotide with a four carbon 5'-C to 5'-C connection is hereby efficiently obtained, whereas a corresponding three carbon 4'-C to 5'-C connection is obtained in a lower yield. (C) 2003 Elsevier Ltd. All rights reserved.
• A cyclic dinucleotide with a four-carbon 5′-C-to-5′-C connection; synthesis by RCM, NMR-examination and incorporation into secondary nucleic acid structures
  作者：Pawan K. Sharma、Birgitte H. Mikkelsen、Mikkel S. Christensen、Katrine E. Nielsen、Claus Kirchhoff、Søren L. Pedersen、Anders M. Sørensen、Kirsten Østergaard、Michael Petersen、Poul Nielsen

  DOI：10.1039/b603830a

  日期：——

  as a substrate for a ring-closing metathesis (RCM) reaction and after deprotection, a 1 : 1 mixture of E- and Z-isomers of a cyclic dinucleotide with an unsaturated 5'-C-to-5'-C connection was obtained. Alternatively, a hydrogenation of the double bond and deprotection afforded a saturated cyclic dinucleotide. An advanced NMR-examination confirmed the constitution of this molecule and indicated a restriction

  通过应用立体选择性烯丙基化方法由胸苷制备5'-C-烯丙基胸苷衍生物，并确认了其5'（S）-构型。从该核苷衍生物制备适当保护的结构单元，并使用标准亚磷酰胺化学方法偶联，得到具有两个5'-C-烯丙基的二核苷酸。该分子用作闭环复分解（RCM）反应的底物，去保护后，是环状二核苷酸的E-和Z-异构体与不饱和5'-C-至-5'-的1：1混合物。获得了C连接。或者，双键的氢化和脱保护得到饱和的环状二核苷酸。先进的NMR检查证实了该分子的结构，并表明了其整体构象自由度受到限制。在改变保护基策略之后，获得了具有5'-O-位的饱和环状二核苷酸的亚磷酰胺结构单元，其被保护为pixyl ether，并且磷酸盐被保护为甲基磷酸三酯。该构件用于制备由于环二核苷酸部分而具有中央人工弯曲的两个14-mer寡核苷酸。发现这些可以使双链体不稳定，稍微使凸起的双链体不稳定，但是在一定程度上可以稳定高Mg（2+）浓度的三向连接。