1-(5-carboxypentyl)-3,3-dimethyl-2-((1E,3E)-5-((E)-1,3,3-trimethylindolin-2-ylidene)penta-1,3-dien-1-yl)-3H-indol-1-ium succinimidyl ester

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机杂环化合物 - 吲哚及其衍生物
• 英文名称: 1-(5-carboxypentyl)-3,3-dimethyl-2-((1E,3E)-5-((E)-1,3,3-trimethylindolin-2-ylidene)penta-1,3-dien-1-yl)-3H-indol-1-ium succinimidyl ester
• 英文别名: NHS-Cy5A；(2,5-dioxopyrrolidin-1-yl) 6-[(2E)-3,3-dimethyl-2-[(2E,4E)-5-(1,3,3-trimethylindol-1-ium-2-yl)penta-2,4-dienylidene]indol-1-yl]hexanoate
• 化学式: C₃₆H₄₂N₃O₄
• 分子量: 580.747
• InChiKey: OWMIURDWWPKMEF-UHFFFAOYSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  6.3
• 重原子数：
  43
• 可旋转键数：
  11
• 环数：
  5.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.39
• 拓扑面积：
  69.9
• 氢给体数：
  0
• 氢受体数：
  5

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  1-(5-carboxypentyl)-3,3-dimethyl-2-((1E,3E)-5-((E)-1,3,3-trimethylindolin-2-ylidene)penta-1,3-dien-1-yl)-3H-indol-1-ium succinimidyl ester 在 三乙胺 、 N,N'-二环己基碳二亚胺 作用下， 以 二氯甲烷 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 4.0h， 生成 2-((1E,3E)-5-((E)-3,3-dimethyl-1-(6-oxo-6-((2-oxo-2-(phenylthio)-ethyl)amino)hexyl)indolin-2-ylidene)penta-1,3-dien-1-yl)-1,3,3-trimethyl-3H-indol-1-ium
  参考文献：
  名称：

  基于FRET的花青探针，用于监测连接反应及其在机理研究和催化剂筛选中的应用†

  摘要：

  越来越需要设计更好的方法来在温和的水性条件下以小规模选择性地连接两个分子。寻找此类方法的过程很大程度上取决于采用适当的测定方法。我们在此报告基于模块FRET的测定法，以监测此类反应，并说明该测定法如何用于监测两个特定反应：天然化学连接（NCL）和肟连接。对于这两种反应，我们都表明，通过使用适当设计的探针，FRET测量可用于监控反应进程。我们另外证明了开发的探针系统对研究连接反应机理的有用性，例如，用于监测NCL反应中三聚体中间体的形成。最后，

  DOI：

  10.1039/c5ob02127h

文献信息

• [EN] QUINONE METHIDE ANALOG SIGNAL AMPLIFICATION<br/>[FR] AMPLIFICATION DU SIGNAL D'ANALOGUES DE QUINONEMÉTHIDES
  申请人：VENTANA MED SYST INC

  公开号：WO2015124703A1

  公开（公告）日：2015-08-27

  Disclosed herein are novel quinone methide analog precursors and embodiments of a method and a kit of using the same for detecting one or more targets in a biological sample. The method of detection comprises contacting the sample with a detection probe, then contacting the sample with a labeling conjugate that comprises an enzyme. The enzyme interacts with a quinone methide analog precursor comprising a detectable label, forming a reactive quinone methide analog, which binds to the biological sample proximally to or directly on the target. The detectable label is then detected. In some embodiments, multiple targets can be detected by multiple quinone methide analog precursors interacting with different enzymes without the need for an enzyme deactivation step.

  本文披露了一种新型的醌甲烯类似物前体，以及使用该前体的方法和套件的实施例，用于检测生物样本中的一个或多个靶标。检测方法包括将样本与检测探针接触，然后将样本与包含酶的标记共轭物接触。酶与包含可检测标记的醌甲烯类似物前体相互作用，形成具有可检测标记的反应性醌甲烯类似物，该类似物与生物样本中的靶标近距离或直接结合。然后检测可检测标记。在某些实施例中，通过多个醌甲烯类似物前体与不同酶相互作用，无需酶去活化步骤即可检测多个靶标。
• Mimicking of Arginine by Functionalized <i>N</i>^ω-Carbamoylated Arginine As a New Broadly Applicable Approach to Labeled Bioactive Peptides: High Affinity Angiotensin, Neuropeptide Y, Neuropeptide FF, and Neurotensin Receptor Ligands As Examples
  作者：Max Keller、Kilian K. Kuhn、Jürgen Einsiedel、Harald Hübner、Sabrina Biselli、Catherine Mollereau、David Wifling、Jaroslava Svobodová、Günther Bernhardt、Chiara Cabrele、Patrick M. L. Vanderheyden、Peter Gmeiner、Armin Buschauer

  DOI：10.1021/acs.jmedchem.5b01495

  日期：2016.3.10

  incorporated into the peptides by standard Fmoc solid phase peptide synthesis. The synthesized chemically stable peptide derivatives showed high receptor affinities with Ki values in the low nanomolar range, even when bulky fluorophores had been attached. Two new tritiated tracers for angiotensin and neurotensin receptors are described.

  通过与荧光团或带有放射性核素的部分缀合来生物活性肽的衍生化是制备分子工具和诊断剂的有效且常用的方法。赖氨酸，半胱氨酸和N末端氨基酸主要用于肽结合，但我们描述了一种新的，广泛适用的肽结合方法，其基于精氨酸中胍基团被功能化的氨基甲酰基胍基团部分非经典的生物等位取代，从而实现了肽结合。本概念验证研究的对象是四个含精氨酸的肽受体配体（血管紧张素II，神经降压素（8-13），神经肽Y的C端五肽类似物和神经肽FF类似物）。该ñ ω通过标准的Fmoc固相肽合成，将带有带有末端氨基的间隔基的氨基甲酰化的精氨酸引入肽中。合成的化学稳定的肽衍生物显示出高亲和力，其K i值在低纳摩尔范围内，即使连接了庞大的荧光团也是如此。描述了两种新的针对血管紧张素和神经降压素受体的tri示踪剂。
• 酸敏感连接单元的合成及其在DNA测序中的用 途
  申请人：上海交通大学

  公开号：CN104292117B

  公开（公告）日：2016-10-05

  本发明公开了一种酸敏感连接单元的合成及其在DNA测序中的用途。该酸敏感连接单元，结构式为：其中R为NH2或N3，m为0～44中任一整数，n为0～44中任一整数；R1，R2均为脂肪族烷基，或R1，R2均为芳香族衍生物，或R1为苯基、萘基、苯基的衍生物、或萘基的衍生物，R2为脂肪族烷基或氢；或R2为苯基、萘基、苯基的衍生物、或萘基的衍生物，R1为脂肪族烷基或氢，或R1、R2构成环己基、环戊基或环丁基。该酸敏感连接单元与核苷酸及荧光素连接得到的可逆终端可用于DNA合成测序。该类可逆终端可用于DNA测序；同时，其合成所需原料简单易得，合成过程均为常规化学反应，可用于大规模推广使用。
• Design and Synthesis of Quenched Activity-based Probes for Diacylglycerol Lipase and α,β-Hydrolase Domain Containing Protein 6
  作者：E. J. van Rooden、M. Kohsiek、R. Kreekel、A. C. M. van Esbroeck、A. M. C. H. van den Nieuwendijk、A. P. A. Janssen、R. J. B. H. N. van den Berg、H. S. Overkleeft、M. van der Stelt

  DOI：10.1002/asia.201800452

  日期：2018.11.16

  Diacylglycerol lipases (DAGL) are responsible for the biosynthesis of the endocannabinoid 2‐arachidonoylglycerol. The fluorescent activity‐based probes DH379 and HT‐01 have been previously shown to label DAGLs and to cross‐react with the serine hydrolase ABHD6. Here, we report the synthesis and characterization of two new quenched activity‐based probes 1 and 2, the design of which was based on the

  二酰基甘油脂酶（DAGL）负责内源性大麻素2-花生四烯酸甘油酯的生物合成。以前已经证明基于荧光活性的探针DH379和HT-01可以标记DAGL并与丝氨酸水解酶ABHD6交叉反应。在这里，我们报告了两种新的基于淬灭活性的探针1和2的合成和表征 ，它们的设计分别基于DH379和HT-01的结构。探针 1包含一个BODIPY-FL和一个2,4-二硝基苯胺部分作为荧光团-猝灭剂对，而探针 2使用Cy5荧光团和cAB40猝灭剂。两种探针的荧光均以相对量子产率分别为0.34和0.0081淬灭。如使用人类细胞和小鼠脑裂解物进行的基于活动的蛋白质谱分析所描述，这些探针显示出靶标抑制作用，但不幸的是，在活细胞中没有活性，可能是由于细胞通透性有限。
• Synthesis and evaluation of fluorescent Pam3Cys peptide conjugates
  作者：Geoffroy P.P. Gential、Nataschja I. Ho、Fabrizio Chiodo、Nico Meeuwenoord、Ferry Ossendorp、Herman S. Overkleeft、Gijs A. van der Marel、Dmitri V. Filippov

  DOI：10.1016/j.bmcl.2016.05.094

  日期：2016.8

  Chirally pure R- and S-epimers of TLR2 ligand Pam3CysSK4 were prepared and separately conjugated to an OVA model epitope, in which lysine was replaced by azidonorleucine. The azide function in the conjugate permitted labelling with different fluorophores by use of strain-promoted 3+2 cycloaddition. The R-epimer of the labelled conjugates induced TLR2-dependent DC maturation, while S-epimer proved to

  制备了TLR2配体Pam 3 CysSK 4的手性纯R-和S-受体，并将其分别偶联至OVA模型表位，其中赖氨酸被叠氮亮氨酸取代。通过使用应变促进的3 + 2环加成，共轭物中的叠氮化物功能允许用不同的荧光团标记。标记的结合物的R-受体诱导TLR2依赖的DC成熟，而S-受体被证明是无活性的。结合Pam 3 CysSK 4的亲脂性具有荧光团的配体以不可预测的方式影响所得缀合物的溶解度，并且仅用Cy-5标记的缀合物适用于共聚焦荧光显微镜实验。结果表明，Cy-5标记的脂肽的两个差向异构体均被很好地内化，表明不依赖TLR2的细胞摄取。提出的结果证明了应变促进的叠氮化物-炔烃环加成在高度亲脂性脂肽的标记中的有用性，而不会干扰这些缀合物在激活TLR-2方面的体外活性。