N-[1-[(2R,6S)-6-(羟甲基)-4-三苯甲基吗啉-2-基]-2-氧代-1,2-二氢嘧啶-4-基]苯甲酰胺 | 125515-31-3

• 物质功能分类: 化学试剂 - 有机试剂 - 酰胺
• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 中文名称: N-[1-[(2R,6S)-6-(羟甲基)-4-三苯甲基吗啉-2-基]-2-氧代-1,2-二氢嘧啶-4-基]苯甲酰胺
• 英文名称: N-benzoyl-7-hydroxy-N-trityl morpholinocytidine
• 英文别名: N-{1-[(2R,6)-6-(hydroxymethyl)-4-tritylmorpholin-2-yl]-2-oxo-1,2-dihydropyrimidin-4-yl}benzamide；2-(N-benzoyl)cytosyl-6-hydroxymethyl-4-tritylmorpholine；N-(1-((2R,6S)-6-(Hydroxymethyl)-4-tritylmorpholin-2-yl)-2-oxo-1,2-dihydropyrimidin-4-yl)benzamide；N-[1-[(2R,6S)-6-(hydroxymethyl)-4-tritylmorpholin-2-yl]-2-oxopyrimidin-4-yl]benzamide
• CAS: 125515-31-3
• 化学式: C₃₅H₃₂N₄O₄
• 分子量: 572.663
• InChiKey: DMFVVKPXZHMPKX-XDFJSJKPSA-N

物化性质

• 密度：
  1.24±0.1 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  5.1
• 重原子数：
  43
• 可旋转键数：
  8
• 环数：
  6.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.17
• 拓扑面积：
  94.5
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  5

安全信息

• 危险性防范说明：
  P264,P280,P302+P352,P337+P313,P305+P351+P338,P362+P364,P332+P313
• 危险性描述：
  H315,H319

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  N-[1-[(2R,6S)-6-(羟甲基)-4-三苯甲基吗啉-2-基]-2-氧代-1,2-二氢嘧啶-4-基]苯甲酰胺 在 N-乙基吗啉 、 碘 、 5-(乙硫基)-1H-四唑 作用下， 以 二氯甲烷 、 乙腈 为溶剂， 反应 0.75h， 生成 (6-(4-benzamido-2-oxopyrimidin-1(2H)-yl)-4-tritylmorpholin-2-yl)methyl P-(2-(((tert-butyldiphenylsilyl)oxy)methyl)-6-(5-methyl-2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)morpholino)-N,N-dimethylphosphonamidate
  参考文献：
  名称：

  在自动寡核苷酸合成器中使用三苯甲基和 Fmoc 化学合成磷酰二胺吗啉代寡核苷酸

  摘要：

  在过去 6 年中，在 FDA 批准的 11 种基于寡核苷酸的药物中，磷二酰胺吗啉代寡核苷酸 (PMO) 占 3 种。PMO 可以有效地沉默致病基因并修改剪接。然而，由于多种原因，PMO 合成仍然具有挑战性：低效的脱保护和偶联方法以及单体的不稳定性。在这里，我们报告了使用三苯甲基或 Fmoc 保护的氯代氨基磷酸酯单体合成 PMO 的树脂载体、解封和偶联试剂的合适组合的开发。在固体支持物上使用这两种方法合成的 PMO 已在斑马鱼模型中验证了基因沉默。该协议已成功转移到自动 DNA 合成器中，以制作多个 PMO 序列，首次展示了常规 PMO 在商业 DNA 合成器中的适应性。此外，具有超过 20 聚体序列的 PMO，包括 FDA 批准的 Eteplirsen（30 聚体），总产率超过 20%，优于以前的报告。杂交研究表明，相对于 DNA/DNA 双链体 (>6 °C)，PMO 对互补 DNA 的结合亲和力更高。此外，将

  DOI：

  10.1021/acs.joc.2c00265
• 作为产物：
  描述：

  胞苷 在 咪唑 、 sodium periodate 、 ammonium biborate tetrahydrate 、 四丁基氟化铵 、 三乙胺 作用下， 以 四氢呋喃 、 吡啶 、 甲醇 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 7.5h， 生成 N-[1-[(2R,6S)-6-(羟甲基)-4-三苯甲基吗啉-2-基]-2-氧代-1,2-二氢嘧啶-4-基]苯甲酰胺
  参考文献：
  名称：

  由未保护的核糖核苷合成柔性保护的吗啉代单体的改进方案。

  摘要：

  已经开发了一种廉价且大大改进的方案，使用氧化乙二醇裂解和还原胺化策略从未保护的核糖核苷以高总收率合成受保护的吗啉代单体。与先前的方法不同，本策略允许在稍后的阶段安装环外胺保护剂，从而避免使用昂贵的或市售的环外胺保护的核糖核苷作为起始原料。为了证明本发明方法在选择保护基上的灵活性，已在环外胺位置用几个具有不同解嵌段性质的此类基团保护了单体。

  DOI：

  10.1080/15257770.2012.724491

文献信息

• Morpholino Nucleic Acid Derivatives
  申请人：Ueda Toshihiro

  公开号：US20130197220A1

  公开（公告）日：2013-08-01

  The present invention provides a useful morpholino nucleic acid derivative for synthesizing a morpholino nucleic acid oligomer. The present invention provides a compound represented by the following general formula (1) or a salt thereof. Here, R 1 represents hydrogen, trityl and so on. R 2 represents an amide or an imine. R 3 represents a hydroxy group which may be protected by trialkylsilyl and so on, or a group represented by the following general formula (5): (wherein X represents O or S, Y represents dialkylamino or alkoxy, and Z represents chlorine).

  本发明提供了一种用于合成吗啉核酸寡聚体的有用吗啉核酸衍生物。本发明提供了以下一般式（1）或其盐所代表的化合物。 在这里，R1代表氢、三苯甲基等。 R2代表酰胺或亚胺。 R3代表一个羟基，可能被三烷基硅基等保护，或者由以下一般式（5）所代表的基团： （其中X代表O或S，Y代表二烷基氨基或烷氧基，Z代表氯）。
• 吗啉代寡核苷酸的制备方法
  申请人：味之素株式会社

  公开号：CN105228999B

  公开（公告）日：2021-03-02

  本发明通过使用5’位羟基或者存在于5’位羟基的取代基上的羟基被具有碳数10以上且300以下的烷基和/或碳数10以上且300以下的烯基的保护基保护的吗啉代核苷酸作为原料，可提供能够在液相合成法中有效且高收率地制备吗啉代寡核苷酸的方法。
• Design, Synthesis and Molecular Modeling Study of Conjugates of ADP and Morpholino Nucleosides as A Novel Class of Inhibitors of PARP-1, PARP-2 and PARP-3
  作者：Yuliya V. Sherstyuk、Nikita V. Ivanisenko、Alexandra L. Zakharenko、Maria V. Sukhanova、Roman Y. Peshkov、Ilia V. Eltsov、Mikhail M. Kutuzov、Tatiana A. Kurgina、Ekaterina A. Belousova、Vladimir A. Ivanisenko、Olga I. Lavrik、Vladimir N. Silnikov、Tatyana V. Abramova

  DOI：10.3390/ijms21010214

  日期：——

  as well as on the linkage between ADP and morpholino nucleoside. The 5-iodination of uracil and the introduction of the P–N bond in NAD+-mimetics have shown to increase inhibition properties. Structural modeling suggested that the P–N bond can stabilize the pyrophosphate group in active conformation due to the formation of an intramolecular hydrogen bond. The most active NAD+ analog against PARP-1 contained

  我们报告了腺苷二磷酸（ADP）和吗啉代核苷作为聚（ADP-核糖）聚合酶-1、2和3的潜在选择性抑制剂的共轭物的设计，合成和分子建模研究。16种含天然杂环碱基的二核苷焦磷酸盐烟酰胺腺嘌呤二核苷酸（NAD +）分子以5卤代嘧啶为主要成分，并模仿这些酶的主要底物，已高收率地合成。吗啉代核苷已通过磷酸酯或磷酰胺键连接到ADP的β-磷酸酯上。筛选这些衍生物对PARP-1和PARP-2的自聚聚（ADP-核糖基）的抑制特性表明，其作用取决于核碱基的类型以及ADP和吗啉代核苷之间的键合。已证明在NAD +模拟物中尿嘧啶的5碘化和P–N键的引入增加了抑制作用。结构模型表明，由于分子内氢键的形成，PN键可以使焦磷酸酯基团稳定在活性构象中。针对PARP-1的活性最高的NAD +类似物包含5-碘尿嘧啶2′-氨基甲基吗啉代核苷，IC50为126±6μM，而在PARP-2的情况下，它是腺嘌呤2′-氨基甲基吗啉代核苷（
• Morpholino oligonucleotide manufacturing method
  申请人：AJINOMOTO CO., INC.

  公开号：US10472624B2

  公开（公告）日：2019-11-12

  Morpholino oligonucleotides can be produced efficiently in a high yield by a liquid-phase synthesis method, which includes subjecting a reaction mixture of a condensation reaction to an extraction operation and separating the morpholino oligonucleotide as a resultant product to the organic layer side.

  Morpholino寡核苷酸可以通过液相合成方法高效地产生高产量，该方法包括将缩合反应的反应混合物进行萃取操作，并将Morpholino寡核苷酸作为结果产物分离到有机层侧。
• ANTISENSE NUCLEIC ACIDS
  申请人：Watanabe Naoki

  公开号：US20130211062A1

  公开（公告）日：2013-08-15

  The present invention provides a pharmaceutical composition which causes skipping of the 53rd exon in the human dystrophin gene with a high efficiency. The present invention provides an oligomer which efficiently enables to cause skipping of the 53rd exon in the human dystrophin gene.

  本发明提供了一种药物组合物，其能高效地引起人类肌萎缩蛋白基因中的第53个外显子跳过。本发明提供了一种寡核苷酸，其能有效地引起人类肌萎缩蛋白基因中的第53个外显子跳过。