| 1058635-82-7

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 核苷和核苷酸类似物
• CAS: 1058635-82-7
• 化学式: C₇₇H₁₁₅N₂₉O₃₈P₆
• 分子量: 2240.77
• InChiKey: ZPLOEWANCRUTMQ-VLYKROQPSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -1.55
• 重原子数：
  150.0
• 可旋转键数：
  57.0
• 环数：
  16.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.64
• 拓扑面积：
  932.68
• 氢给体数：
  21.0
• 氢受体数：
  57.0

反应信息

• 作为产物：
  描述：

  在 ammonium hydroxide 、 三氟乙酸 作用下， 以 水 为溶剂， 生成
  参考文献：
  名称：

  寡核苷酸-寡精胺偶联物（Zip 核酸）：一种微调杂交温度的便捷方法

  摘要：

  寡核苷酸探针的合成及其杂交温度的控制是基于聚合酶链反应 (PCR) 的基因序列检测的关键方面。接近最后一个目标的直接方法是减少聚阴离子探针和目标链之间的排斥力。为此，我们开发了一种多功能的寡核苷酸-寡精胺衍生物自动合成方法，可以快速获取多种化合物。它们的杂交温度 T(m) 与总电荷的关系图提供了链间磷酸盐排斥（和精胺介导的吸引力）对双链体形成的主要驱动力（即碱基配对）的影响的衡量标准。结果表明，即使在高盐介质中，由过量阳离子电荷带来的稳定作用的绝对量级也大于链间排斥力。碱基序列和结合位点（3' 或 5'）几乎不影响精胺对 T(m) 的影响。在典型的 PCR 探针条件下，T(m) 随嫁接精胺的数量线性增加（例如，对于十核苷酸探针，每个精胺升高 6.2 摄氏度）。T(m) 与精胺数量和寡核苷酸长度的大数据集使我们能够凭经验得出一个简单的数学关系，该关系可以准确预测任何寡核苷酸-寡精胺衍生物的 T(m)。因此，Zip

  DOI：

  10.1021/ja804727a