Design, synthesis and biological evaluation of novel Pseudomonas aeruginosa DNA gyrase B inhibitors
作者:Sridhar Jogula、Vagolu Siva Krishna、Nikhila Meda、Vadla Balraju、Dharmarajan Sriram
DOI:10.1016/j.bioorg.2020.103905
日期:2020.7
In the present study, we attempted to develop a novel class of compounds active against Pseudomonas aeruginosa (Pa) by exploring the pharmaceutically well exploited enzyme targets. Since, lack of Pa gyrase B crystal structures, Thermus thermophilus gyrase B in complex with novobiocin (1KIJ) was used as template to generate model structure by performing homology modeling. Further the best model was
在本研究中,我们试图通过探索药物上广泛使用的酶靶标来开发一类新型的对铜绿假单胞菌(Pausudoer aeruginosa)有活性的化合物。由于缺乏Pa促旋酶B晶体结构,因此将与新霉素(1KIJ)配合使用的Thermus thermophilus促旋酶B作为模板,通过进行同源性建模来生成模型结构。进一步验证了最佳模型,并使用内部数据库鉴定Pa DNA促旋酶B抑制剂,可用于高通量虚拟筛选,对接和动力学模拟。这项研究导致鉴定了针对Pa促旋酶超螺旋测定法的三个铅分子,IC50值在6.25-15.6 µM之间。Lead-1的优化和扩展产生了15种化合物。在合成的化合物中,六个化合物显示出比Lead-1(IC50 6.25 µM)更好的酶抑制作用。化合物13以最有潜力的化合物出现,表现出Pa促旋酶超螺旋的抑制作用,IC50为2.2 µM。在外排泵抑制剂存在下,MIC为8 µg / mL的体外Pa活性