(S)-N-(2-((1H-indol-3-yl)methyl)-1H-benzo[d]imidazol-5-yl)pyrrolidine-2-carboxamide | 1396009-47-4

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机酸及其衍生物 - 羧酸及其衍生物
• 英文名称: (S)-N-(2-((1H-indol-3-yl)methyl)-1H-benzo[d]imidazol-5-yl)pyrrolidine-2-carboxamide
• 英文别名: N-[2-(1h-Indol-3-Ylmethyl)-1h-Benzimidazol-5-Yl]-L-Prolinamide；(2S)-N-[2-(1H-indol-3-ylmethyl)-3H-benzimidazol-5-yl]pyrrolidine-2-carboxamide
• CAS: 1396009-47-4
• 化学式: C₂₁H₂₁N₅O
• 分子量: 359.431
• InChiKey: FSUGJBWDOIVSMH-SFHVURJKSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  2.9
• 重原子数：
  27
• 可旋转键数：
  4
• 环数：
  5.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.24
• 拓扑面积：
  85.6
• 氢给体数：
  4
• 氢受体数：
  3

反应信息

• 作为产物：
  描述：

  在 (1-cyano-2-ethoxy-2-oxoethylidenaminooxy)dimethylaminomorpholinocarbenium hexafluorophosphate 、 5%-palladium/activated carbon 、 氢气 、 N,N-二异丙基乙胺 、 三氟乙酸 作用下， 以 二氯甲烷 、 乙酸乙酯 、 乙腈 为溶剂， 反应 23.0h， 生成 (S)-N-(2-((1H-indol-3-yl)methyl)-1H-benzo[d]imidazol-5-yl)pyrrolidine-2-carboxamide
  参考文献：
  名称：

  发现与 K-Ras 结合并抑制 Sos 介导的活化的小分子

  摘要：

  寻找片段：使用 NMR 光谱进行基于片段的筛选，以发现与 GTPase K-Ras 结合并调节核苷酸交换因子 Sos 活性的配体。关于这些片段衍生的命中如何与鸟苷二磷酸-K-Ras 复合物结合的结构数据（见图）为未来发现靶向 K-Ras 激活和信号传导的药物提供了一个起点。

  DOI：

  10.1002/anie.201201358

文献信息

• A Photoaffinity‐Based Fragment‐Screening Platform for Efficient Identification of Protein Ligands
  作者：Emma K. Grant、David J. Fallon、Michael M. Hann、Ken G. M. Fantom、Chad Quinn、Francesca Zappacosta、Roland S. Annan、Chun‐wa Chung、Paul Bamborough、David P. Dixon、Peter Stacey、David House、Vipulkumar K. Patel、Nicholas C. O. Tomkinson、Jacob T. Bush

  DOI：10.1002/anie.202008361

  日期：2020.11.16

  termed PhABits (PhotoAffinity Bits), which utilizes a library of photoreactive fragments to covalently capture fragment–protein interactions. Hits can be profiled to determine potency and the site of crosslinking, and subsequently developed as reporters in a competitive displacement assay to identify novel hit matter. The PhABit platform is envisioned to be widely applicable to novel protein targets, identifying

  基因组分析的进步使人们能够鉴定与疾病有关的新蛋白质。为了验证这些目标，需要使用工具分子来证明配体具有改善疾病的作用。当前，由于仅报道了一部分蛋白质组的工具，配体发现平台对于利用基因组分析的见解至关重要。碎片筛选提供了一种探索化学空间的有效方法。这里展示的是一个称为PhABits（PhotoAffinity Bits）的片段筛选平台，该平台利用光反应片段库共价捕获片段-蛋白质相互作用。可以对命中进行分析以确定效力和交联位点，然后在竞争性替代测定中将其发展为报道基因，以鉴定新的命中物质。
• Ras protein degradation inducing molecule and pharmaceutical composition
  申请人：Tokyo University of Science Foundation

  公开号：US11052154B2

  公开（公告）日：2021-07-06

  A Ras protein degradation inducing molecule that can induce degradation of Ras proteins, and a pharmaceutical composition that contains this Ras protein degradation inducing molecule are provided. The Ras protein degradation inducing molecule is a conjugate of a Ras protein affinity molecule which has affinity to Ras proteins, and a proteolysis-inducing tag which has affinity to protease and does not inhibit proteolysis of proteins by the protease.

  本发明提供了一种可诱导 Ras 蛋白降解的 Ras 蛋白降解诱导分子，以及一种含有这种 Ras 蛋白降解诱导分子的药物组合物。Ras 蛋白降解诱导分子是与 Ras 蛋白亲和的 Ras 蛋白亲和分子和与蛋白酶亲和的蛋白水解诱导标签的共轭物，蛋白水解诱导标签不抑制蛋白酶对蛋白质的蛋白水解。