作者:Zálešák, František、Nai, Francesco、Herok, Marcin、Bochenkova, Elena、Bedi, Rajiv K.、Li, Yaozong、Errani, Francesco、Caflisch, Amedeo
DOI:10.1021/acs.jmedchem.4c00599
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mRNA, with YTHDC1 being the reader protein responsible for recognizing this modification in the cell nucleus. Here, we present a protein structure-based medicinal chemistry campaign that resulted in the YTHDC1 inhibitor 40, which shows an equilibrium dissociation constant (Kd) of 49 nM. The crystal structure of the complex (1.6 Å resolution) validated the design. Compound 40 is selective against the
N 6 -腺苷甲基化 (m 6 A) 是一种常见的 mRNA 转录后修饰,YTHDC1 是负责识别细胞核中这种修饰的读取蛋白。在这里,我们提出了一种基于蛋白质结构的药物化学活动,产生了 YTHDC1 抑制剂40 ,其平衡解离常数 ( K d ) 为 49 nM。复合物的晶体结构(1.6 Å 分辨率)验证了设计。化合物40对细胞质 m 6 A-RNA 读取器 YTHDF1-3 和 YTHDC2 具有选择性,并对急性髓系白血病 (AML) 细胞系 THP-1、MOLM-13 和 NOMO-1 显示出抗增殖活性。对于最终形成配体40的一系列化合物,生化测定中的亲和力与 THP-1 细胞系中的抗增殖活性之间的良好相关性提供了细胞中 YTHDC1 靶标参与的证据。细胞热位移测定进一步支持与细胞中 YTHDC1 的结合。因此,配体40是研究 YTHDC1 在 AML 中的作用的工具化合物。