Recognition of the DNA minor groove by pyrrole-imidazole polyamides: comparison of desmethyl- and N -methylpyrrole
作者:Ryan E Bremer、Jason W Szewczyk、Eldon E Baird、Peter B Dervan
DOI:10.1016/s0968-0896(00)00145-0
日期:2000.8
target DNA sequence. Remarkably, the Ds-containing polyamide exhibited an 8-fold loss in specificity for the match site versus a mismatched DNA site, relative to the all-Py parent. Polyamides with Ds exhibit increased water solubility, which may alter the cell membrane permeability properties of the polyamide. The addition of Ds to the repertoire of available monomers may prove useful as polyamides are
由N-甲基吡咯(Py),N-甲基咪唑(Im)和N-甲基-3-羟基吡咯(Hp)组成的聚酰胺是合成配体,可以识别预定的DNA序列,其亲和力和特异性与许多DNA结合蛋白相当。尽管天然聚酰胺:DNA配合物的结构研究并未揭示N-甲基的明显功能,但Py / Im / Hp聚酰胺作为天然产物间他霉素和netropsin的衍生物,保留了N-甲基取代基。为了评估N-甲基部分在聚酰胺:DNA识别中的作用,将一种新的单体去甲基吡咯(Ds)(其中N-甲基部分已被氢取代)通过固相结合到八环发夹式聚酰胺中相合成。MPE足迹,亲和力切割,DNase I定量分析表明,用Ds取代每个Py残基会导致相同的结合位点大小和方向以及对六碱基对(bp)靶DNA序列的相似结合亲和力。值得注意的是,相对于全Py亲本,含Ds的聚酰胺对匹配位点的特异性丧失是DNA错配的8倍。具有Ds的聚酰胺显示出增加的水溶性,这可以改变聚酰胺的细胞膜渗透性