5-acetoxymethyl-3',5'-di-O-tert-butyldimethylsilyl-2'-deoxycytidine | 354581-54-7

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷
• 英文名称: 5-acetoxymethyl-3',5'-di-O-tert-butyldimethylsilyl-2'-deoxycytidine
• 英文别名: 3',5'-di-O-t-butyldimethylsilyl-5-acetoxymethyl-2'-deoxycytidine
• CAS: 354581-54-7
• 化学式: C₂₄H₄₅N₃O₆Si₂
• 分子量: 527.809
• InChiKey: SJHJPDLKFMEONO-XUVXKRRUSA-N

物化性质

• 熔点：
  87-88 °C
• 沸点：
  534.9±60.0 °C(Predicted)
• 密度：
  1.11±0.1 g/cm3(Temp: 20 °C; Press: 760 Torr)(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  4.59
• 重原子数：
  35.0
• 可旋转键数：
  8.0
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.79
• 拓扑面积：
  114.9
• 氢给体数：
  1.0
• 氢受体数：
  9.0

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  5-acetoxymethyl-3',5'-di-O-tert-butyldimethylsilyl-2'-deoxycytidine 在 吡啶 、 triethylamine tris(hydrogen fluoride) 作用下， 以 吡啶 为溶剂， 反应 6.0h， 生成 5-acetoxymethyl-N⁴-benzoyl-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-2'-deoxycytidine
  参考文献：
  名称：

  De Kort; De Visser; Kurzeck, European Journal of Organic Chemistry, 2001, # 11, p. 2075 - 2082

  摘要：

  DOI：
• 作为产物：
  描述：

  2-脱氧尿苷 在 咪唑 、 N-甲基哌啶 、 三乙胺 、 对甲苯磺酰氯 、 三氟乙酸 作用下， 以 水 、 N,N-二甲基甲酰胺 、 乙腈 为溶剂， 反应 125.17h， 生成 5-acetoxymethyl-3',5'-di-O-tert-butyldimethylsilyl-2'-deoxycytidine
  参考文献：
  名称：

  脱羟基叠氮直接合成5-叠氮甲基嘧啶核苷

  摘要：

  我们成功开发了一种直接叠氮化方法，用于选择性功能化 5-羟甲基嘧啶脱氧核糖核苷（如 5hmdU 和 5hmdC）和核碱基。这种方法产生了相应的 5-叠氮甲基核碱基和核苷（5zmdU 和 5zmdC），产率中等至良好，无需事先将其转化为更具反应性的卤化物或甲苯磺酸盐。掺入的叠氮基通过与紧张的炔烃 DBCO 酸反应，证明了作为后续标记和检测的化学标签的有效性。

  DOI：

  10.1016/j.tetlet.2024.155097

文献信息

• Efficient synthesis of 5-hydroxymethyl-, 5-formyl-, and 5-carboxyl-2′-deoxycytidine and their triphosphates
  作者：Qi Sun、Jian Sun、Shan-Shan Gong、Cheng-Jun Wang、Shou-Zhi Pu、Fu-De Feng

  DOI：10.1039/c4ra07670b

  日期：——

  Efficient strategies for the preparation of high-quality 5-hydroxymethyl-, 5-formyl-, and 5-carboxyl-2′-deoxycytidine triphosphates and their parent nucleosides have been developed.

  已开发出高效的策略，用于制备高质量的5-羟甲基-、5-甲酰基-和5-羧基-2'-脱氧胞苷三磷酸盐及其母核苷。
• 一种合成5-羧基-2’-脱氧胞苷的方法
  申请人：江西科技师范大学

  公开号：CN104592333B

  公开（公告）日：2017-06-27

  本发明涉及合成5‑羧基‑2’‑脱氧胞苷的方法:1）用N‑溴代丁二酰亚胺NBS/偶氮二异丁腈（AIBN）体系对3’,5’ ‑双TBS脱氧胸苷溴化得到溴代中间体，原位醋酸根取代得到乙酰基保护中间体（3）；2）对甲苯磺酰氯/N‑甲基哌啶/三乙胺和氨水体系对核苷碱基进行氨基化得到乙酰基保护的羟甲基脱氧胞苷前体（4）；3）通过碳酸钾碱性条件对乙酰基进行脱除，得羟甲基前体（5）；4）用2,2,6,6‑四甲基哌啶‑氮‑氧化物（TEMPO）/二乙酸碘苯（BAIB）氧化体系对（5）氧化，随后在TFA条件下脱除TBS保护基，得目标产物。本发明方法具有方法简便和收率高的优点。
• An efficient PyAOP-based C4-amination method for direct access of oxidized 5MedC derivatives
  作者：Xiu-An Zheng、Hua-Shan Huang、Rui Kong、Wei-Jie Chen、Shan-Shan Gong、Qi Sun

  DOI：10.1016/j.tet.2018.10.046

  日期：2018.12

  onium coupling reagents result in the formation of distinctive activation intermediates and PyAOP is much more potent than BOP in both activation and aminolysis steps. Direct amination without the need of ribose protection, ultrafast activation, tolerance to aqueous N-nucleophiles, and excellent yields for diverse oxidized 5MedC derivatives are the advantages of this PyAOP-based C4-amination method.

  在过去的十年中，合成的氧化的5-Me dC核苷及其衍生物已成为表观遗传学研究的重要工具。常规和新近报道的BOP方法对这些特定的氧化的5-Me dU底物的C 4胺化的低效率，促使我们系统地研究基于鎓盐的偶联剂的性质如何影响嘧啶核苷的C 4胺化和使我们得出以下发现：不同的鎓偶联剂导致形成独特的活化中间体，并且在活化和氨解步骤中PyAOP比BOP的效力要强得多。直接胺化，无需核糖保护，超快活化，耐水性这种基于PyAOP的C 4胺化方法的优点是，N-亲核试剂以及各种氧​​化的5Me dC衍生物的优异收率。