5'-O-(tert-butyldiphenylsilyl)-3'-C-methyleneformyl-3'-deoxythymidine | 146557-59-7

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷
• 英文名称: 5'-O-(tert-butyldiphenylsilyl)-3'-C-methyleneformyl-3'-deoxythymidine
• 英文别名: 2-[(2S,3R,5R)-2-[[tert-butyl(diphenyl)silyl]oxymethyl]-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-3-yl]acetaldehyde
• CAS: 146557-59-7
• 化学式: C₂₈H₃₄N₂O₅Si
• 分子量: 506.674
• InChiKey: DOPSCRSMQOLUJP-FTBPSBKWSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  2.91
• 重原子数：
  36
• 可旋转键数：
  9
• 环数：
  4.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.39
• 拓扑面积：
  84.9
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  5

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  5'-O-(tert-butyldiphenylsilyl)-3'-C-methyleneformyl-3'-deoxythymidine 在 sodium hexamethyldisilazane 、 N,N-二异丙基乙胺 作用下， 以 四氢呋喃 、 1,4-二氧六环 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 1.0h， 生成 5'-O-TBDPS-3'-C-[N-(2-aminoethyl)-6-carbamoylhex-2(Z)-enyl]-3'-deoxythymidine
  参考文献：
  名称：

  3'-C-支链胸苷 5'-三磷酸：合成、应用和与近红外恶嗪荧光染料的偶联

  摘要：

  描述了新型 3'-C-修饰胸苷核苷酸的合成。醛1被转化为碳链长度不同的衍生物5、7和10。一锅磷酸化得到相应的三磷酸酯 11,12,13。3'-C-(2-叠氮乙基)-3'-脱氧胸苷 5'-三磷酸 13 被三苯基膦还原为氨基核苷酸 14。所有氨基核苷酸均已被还原。用恶嗪染料 JA242 在脂肪族氨基上进行染料标记。所有三磷酸盐都在 DNA 测序反应中作为终止子进行了测试。

  DOI：

  10.1055/s-2000-6388
• 作为产物：
  描述：

  5'-O-tert-butyldiphenylsilylthymidine 在 4-二甲氨基吡啶 、 sodium periodate 、 四氧化锇 、 偶氮二异丁腈 、 三乙胺 作用下， 以 1,4-二氧六环 、 二氯甲烷 、 水 、 甲苯 为溶剂， 反应 54.0h， 生成 5'-O-(tert-butyldiphenylsilyl)-3'-C-methyleneformyl-3'-deoxythymidine
  参考文献：
  名称：

  Nucleomimetic strategy for the inhibition of HIV-1 nucleocapsid protein NCp7 activities

  摘要：

  We report the synthesis and biological properties of three modified dinucleotides T*G, G*T and T*T in winch the natural phosphodiester linkage has been replaced by a methylene carboxamide unit. They have been designed to act as nucleomimetics of a sequence recognized by the HIV-1 nucleocapsid protein NCp7 and to inhibit this interaction. (C) 1999 Elsevier Science Ltd. All rights reserved.

  DOI：

  10.1016/s0960-894x(99)00052-9

文献信息

• [EN] LINKAGE MODIFIED OLIGOMERIC COMPOUNDS<br/>[FR] COMPOSÉS OLIGOMÈRES MODIFIÉS PAR LIAISON
  申请人：IONIS PHARMACEUTICALS INC

  公开号：WO2019245957A1

  公开（公告）日：2019-12-26

  The present invention provides gapped oligomeric compounds comprising from 1 to about 3 internucleoside linkages having one of formulas I to XVI. In certain embodiments, inclusion of from 1 to about 3 internucleoside linkages of one of formulas I to XVI, improves selectivity for a target RNA relative to an off target RNA. In certain embodiments, the improved selectivity also provides an improved toxicity profile. Certain such oligomeric compounds are useful for hybridizing to a complementary nucleic acid, including but not limited, to nucleic acids in a cell. In certain embodiments, hybridization results in modulation of the amount of activity or expression of the target nucleic acid in a cell.

  本发明提供了包含从1到大约3个核苷酸间连接的间隙寡聚合物化合物，其中所述核苷酸间连接具有I至XVI式中的一种。在某些实施例中，包含I至XVI式中的一种核苷酸间连接，可以提高与目标RNA相对于非靶RNA的选择性。在某些实施例中，提高的选择性还提供了改进的毒性概况。某些这样的寡聚合物化合物适用于与互补核酸杂交，包括但不限于细胞中的核酸。在某些实施例中，杂交导致细胞中目标核酸的活性或表达量的调节。
• 3‘-<i>C</i>-Branched-Chain-Substituted Nucleosides and Nucleotides as Potent Inhibitors of <i>Mycobacterium </i><i>t</i><i>uberculosis </i>Thymidine Monophosphate Kinase
  作者：Veerle Vanheusden、Hélène Munier-Lehmann、Matheus Froeyen、Laurence Dugué、Arne Heyerick、Denis De Keukeleire、Sylvie Pochet、Roger Busson、Piet Herdewijn、Serge Van Calenbergh

  DOI：10.1021/jm021108n

  日期：2003.8.1

  3'-position was explored via the introduction of various substituents at the 3'-position of the thymidine monophosphate (dTMP) scaffold. Various 3'-C-branched chain substituted nucleotides in the 2'-deoxyribo (3-6) and ribo series (7, 8) were synthesized from one key intermediate (23). 2'-Deoxy analogues proved to be potent inhibitors of TMPKmt: 3'-CH(2)NH(2) (4), 3'-CH(2)N(3) (3), and 3'-CH(2)F (5) nucleotides

  结核分枝杆菌（TMPKmt）的胸苷单磷酸激酶（TMPK）代表了一种阻断细菌DNA合成的有吸引力的靶标。为了找到TMPKmt的高亲和力抑制剂，通过在胸苷单磷酸（dTMP）支架的3'-位置引入各种取代基来探索酶在3'-位置的空腔。从一个关键的中间体（23）合成了2'-脱氧核糖（3-6）和核糖系列（7，8）中的各种3'-C支链取代的核苷酸。2'-脱氧类似物被证明是TMPKmt的有效抑制剂：3'-CH（2）NH（2）（4），3'-CH（2）N（3）（3）和3'-CH（2 F（5）个核苷酸在该系列中表现出最高亲和力，K（i）值分别为10.5、12和15 microM。这些结果表明，TMPKmt可耐受在3'-位引入空间上要求的取代基。核糖类似物经历了显着的亲和力降低，这可能是由于Tyr103在2'位置附近的空间位阻。尽管5'-O-磷酸化的化合物对酶具有更高的亲和力，但亲本核苷通常以相同的数量级显示出对
• Synthesis and hybridization properties of amide-linked thymidine dimers incorporated into oligodeoxynucleotides
  作者：Irene Idziak、George Just、Masad J. Damha、Paul A. Giannaris

  DOI：10.1016/s0040-4039(00)73923-2

  日期：1993.1

  Thymidine dimers, connected by amide or N-methyl amide linkages, have been prepared. The dimers have each been incorporated three times into normal strands of DNA by solid phase synthesis. Thermal denaturation studies indicated that these modifications caused little or no destabilization of the DNA:RNA duplex.

  已经制备了通过酰胺或N-甲基酰胺键连接的胸苷二聚体。通过固相合成将二聚体各自掺入DNA的正常链中三次。热变性研究表明，这些修饰几乎不会引起DNA：RNA双链体的不稳定。
• Syntheses, Crystal Structures, and Hydrogen Bonding Patterns of 3′-C-Methylenecarboxylic-3′-deoxythymidine and 3′-C-Methyleneamidilylic-3′-deoxythymidine
  作者：Joong Young Kim、Byeang Hyean Kim

  DOI：10.1080/15257770008035014

  日期：2000.3

  Thymidine derivatives containing carboxylic acid and amide groups have been synthesized and the hydrogen-bonding patterns of 3'-C-methylenecarboxylic-3'-deoxythymidine 6 and 3'-C-methyleneamidilylic-3'-deoxythymidine 9 have been characterized by using X-ray crystallography.
• Mesmaeker, Alain De; Waldner, Adrian; Lebreton, Jacques, Angewandte Chemie, 1994, vol. 106, # 2, p. 237 - 240
  作者：Mesmaeker, Alain De、Waldner, Adrian、Lebreton, Jacques、Hoffmann, Pascale、Fritsch, Valerie、et al.

  DOI：——

  日期：——