weakened by a low G/C content, which would otherwise lead to false negative results in DNA chip experiments. Here we report on a method for preparing oligonucleotides with a 5-alkynyl substituent at a 2'-deoxyuridine residue by on-support Sonogashira coupling involving the fully assembled oligonucleotide. A total of 25 oligonucleotides with 5-alkynyl substituents were prepared. The substituents either
DNA双链体中
嘧啶的5位提供了一个引入炔基取代基的位点,该炔基取代基伸入主要凹槽,因此不会在空间上干扰螺旋的形成。在dU:dA碱基对的脱氧
尿苷残基的5位引入的取代基可能稳定双链体并增强被低G / C含量削弱的螺旋,否则将导致DNA芯片实验中出现假阴性结果。在这里,我们报告了一种方法,该方法通过涉及完全组装的寡核苷酸的支持Sonogashira偶联制备在
2'-脱氧尿苷残基处具有5-炔基取代基的寡核苷酸。总共制备了25个具有5-炔基取代基的寡核苷酸。取代基会降低带有互补链的双链体的UV熔点,或将其提高至7.1摄氏度,与未修饰的对照双链体相比。最稳定双链的取代基,enyl基丁酰胺基
丙炔部分,可能会插入,但不会阻止修饰的脱氧
尿苷残基或邻近核苷酸的序列特异性碱基配对。当在小型寡核苷酸微阵列上使用时,它还会增加目标链的信号。当开发用于
生物医学应用的DNA序列时,证明具有在大于11摄氏度的温度范围内具有