1-(2'-deoxy-5'-O-dimethoxytrityl-β-D-ribofuranosyl)-5-methyl-4-(1,2,4-triazol-1-yl)-2-pyrimidone 3'-(N,N-diisopropylamido)-β-cyanoethylphosphite | 101712-10-1

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 英文名称: 1-(2'-deoxy-5'-O-dimethoxytrityl-β-D-ribofuranosyl)-5-methyl-4-(1,2,4-triazol-1-yl)-2-pyrimidone 3'-(N,N-diisopropylamido)-β-cyanoethylphosphite
• 英文别名: 5'-O-<(4,4'-dimethoxytriphenyl)methyl>-4-triazolothymidine 3'-O-(2-cyanoethyl (N,N-diisopropylamino)phosphoramidite)；5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-4-(1,2,4-triazolyl)thymidine-3'-O-(2-cyanoethyl-N,N-diisopropylphosphoramidite)；4-(1,2,4-triazol-1-yl)-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-2'-deoxythymidine-3'-(2-cyanoethyl N,N-diisopropylphosphoramidite)；3-[[(2R,3S,5R)-2-[[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]methyl]-5-[5-methyl-2-oxo-4-(1,2,4-triazol-1-yl)pyrimidin-1-yl]oxolan-3-yl]oxy-[di(propan-2-yl)amino]phosphanyl]oxypropanenitrile
• CAS: 101712-10-1
• 化学式: C₄₂H₅₀N₇O₇P
• 分子量: 795.875
• InChiKey: TVTAQCLCFMKMPP-FYJGSNHZSA-N

物化性质

• 沸点：
  845.1±75.0 °C(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  7.11
• 重原子数：
  57.0
• 可旋转键数：
  18.0
• 环数：
  6.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.4
• 拓扑面积：
  148.01
• 氢给体数：
  0.0
• 氢受体数：
  14.0

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  1-(2'-deoxy-5'-O-dimethoxytrityl-β-D-ribofuranosyl)-5-methyl-4-(1,2,4-triazol-1-yl)-2-pyrimidone 3'-(N,N-diisopropylamido)-β-cyanoethylphosphite 在 吡啶 作用下， 以 乙腈 为溶剂， 生成
  参考文献：
  名称：

  能够识别包含四个碱基对的相应DNA双链体的寡核苷酸的合成和三链体形成特性

  摘要：

  形成三链体的寡核苷酸（TFO）可能是用于基因治疗和特定基因修饰的有用分子工具。但是，未修饰的TFO具有两个严重的缺点：较低的结合亲和力和较高的序列依赖性。在本文中，我们提出了一种新策略，该策略使用一组新的修饰的核碱基进行TFO的四碱基识别，从而克服了这两个缺点。包含2'-脱氧4N-（2-胍基乙基）-5-甲基胞嘧啶（d g C）残基的CG碱基对的TFO比包含2'-OMe-4N-（2-胍基乙基）-5-甲基胞苷（2'-OMe g C），2'-OMe-4N-（2-胍基乙基）-5-甲基-2-硫胞苷（2'-OMe g C s），d gC和4S-（2-胍基乙基）-4-硫代胸苷（gs T）。此外，我们观察到，与dG和其他DNA衍生物相比，N-乙酰基2,7-二氨基-1,8-萘啶（DA N ac）对TA碱基对具有更高的结合和碱基识别能力。在此知识的基础上，我们成功合成了包含DA N ac，d g C，2'-OMe-2-硫代胸苷（2'-OMe

  DOI：

  10.1093/nar/gkv496
• 作为产物：
  描述：

  beta-胸苷 在 4-二甲氨基吡啶 、 三乙胺 、 N,N-二异丙基乙胺 、 三氯氧磷 作用下， 以 四氢呋喃 、 吡啶 、 乙腈 为溶剂， 反应 5.25h， 生成 1-(2'-deoxy-5'-O-dimethoxytrityl-β-D-ribofuranosyl)-5-methyl-4-(1,2,4-triazol-1-yl)-2-pyrimidone 3'-(N,N-diisopropylamido)-β-cyanoethylphosphite
  参考文献：
  名称：

  具有RNA裂解活性的人工分支发夹状核酶变体的化学合成

  摘要：

  由于过去十年来RNA合成领域的发展，如今有可能制备长度超过50个核苷酸的RNA寡核苷酸。在此报告中，我们描述了具有81个核苷酸组成的RNA裂解活性的支链RNA分子的化学制备。它源自发夹状核酶，一种天然存在的小催化RNA。发夹状核酶由两个分别折叠的结构域（环A和环B结构域）组成，可以通过多种不同方式连接而不会丧失活性。在此处显示的结构中，2'-脱氧-N引入4-（6-羟基己基）-5-甲基胞苷以通过人工分支将环B结构域与环A结构域连接。合成的分支RNA能够催化许多合适的底物的裂解。与相应的非支链反向连接核酶相比，它裂解底物的速度仅慢了5倍。令人惊讶地，没有检测到连接活性。

  DOI：

  10.1016/j.tet.2004.07.055

文献信息

• Solid-phase synthesis of oligodeoxynucleotides containing 4-alkoxythymidine residues
  作者：H. C. P. F. Roelen、H. F. Brugghe、H. van den Elst、G. A. van der Marel、J. H. van Boom

  DOI：10.1002/recl.19921110207

  日期：——

  Immobilized and fully protected oligodeoxynucleotides containing a 4-(1,2,4-triazolyl)-thymidine residue at a predetermined position were prepared according to a well-established phosphite triester methodology using 2-cyanoethyl phosphoramidites of a 4-(1,2,4-triazolyl)-substituted thymidine and standard protected nucleosides. Treatment of the immobilized oligomer with methanol, ethanol or n-propanol

  根据公认的亚磷酸酯三酯方法，使用4-（1,2,4-，1,2,3-三氟乙烷基）的2-氰基乙基亚磷酰胺，制备在预定位置上含有4-（1,2,4-三唑基）-胸苷残基的固定化和完全保护的寡脱氧核苷酸。 4-三唑基）-取代的胸苷和标准保护的核苷。在DBU存在下于50℃用甲醇，乙醇或正丙醇处理固定的低聚物，得到相应的含有4-甲氧基，4-乙氧基-或4-正丙氧基胸苷残基的寡核苷酸。
• Nucleobase Modifiers Identify TET Enzymes as Bifunctional DNA Dioxygenases Capable of Direct N‐Demethylation
  作者：Uday Ghanty、Tong Wang、Rahul M. Kohli

  DOI：10.1002/anie.202002751

  日期：2020.7.6

  TET family enzymes are known for oxidation of the 5‐methyl substituent on 5‐methylcytosine (5mC) in DNA. 5mC oxidation generates the stable base 5‐hydroxymethylcytosine (5hmC), starting an indirect, multi‐step process that ends with reversion of 5mC to unmodified cytosine. While probing the nucleobase determinants of 5mC recognition, we discovered that TET enzymes are also proficient as direct N‐demethylases

  TET家族酶可氧化DNA中5-甲基胞嘧啶（5mC）上的5-甲基取代基。5mC氧化产生稳定的5-羟甲基胞嘧啶碱（5hmC），开始了一个间接的多步骤过程，最终将5mC还原为未修饰的胞嘧啶。在探查5mC识别的核碱基决定因素时，我们发现TET酶也能作为胞嘧啶碱基的直接N-脱甲基酶。我们发现，在缺乏5-甲基的底物上可以很容易地观察到N-脱甲基酶的活性，而且，值得注意的是，TET酶在5mC的氧化或N4-甲基取代基的去甲基化方面具有相似的能力。我们的结果表明，TET酶既可以充当直接脱甲基酶，也可以充当间接脱甲基酶，突出了这些Fe II的活性部位可塑性。/α-酮戊二酸依赖性双加氧酶，并表明在未探索的底物上的活性可能揭示了新的TET生物学。
• Sequence-specific cross-linking of deoxyoligonucleotides via hybridization-triggered alkylation
  作者：Thomas R. Webb、Mark D. Matteucci

  DOI：10.1021/ja00270a051

  日期：1986.5
• Synthesis of DNA containing modified bases by post-synthetic substitution. Synthesis of oligomers containing 4-substituted thymine: O4-alkylthymine, 5-methylcytosine, N4-dimethylamino-5-methylcytosine, and 4-thiothymine
  作者：Yao Zhong Xu、Qinguo Zheng、Peter F. Swann

  DOI：10.1021/jo00040a024

  日期：1992.7

  A strategy is described for synthesis of oligomers modified in the 4-position of thymine by postsynthetic substitution. 4-Triazolothymine phosphoramidite monomer has been prepared in one step from thymine amidite monomer and incorporated into a 12 mer AGCGAAXTCGCT using a DNA-synthesizer. The fully protected oligomer containing 4-triazolothymine, while still bound to CPG-support, was treated at 25-degrees-C with either alcohol/DBU, dilute aqueous NaOH, concentrated aqueous ammonia, 1,1-dimethylhydrazine, or thiolacetic acid, to produce essentially pure oligodeoxynucleotides containing O4-alkylthymine, thymine, 5-methylcytosine, N4-(dimethylamino)-5-methylcytosine [i.e., 4-(2,2-dimethylhydrazino)-5-methylpyrimid-2-one (T(DH))], or 4-thiothymine respectively. This first and efficient synthesis of T(DH) oligomers indicates that this may be a general route to the synthesis of oligomers containing thymine with a reactive group at the 4-position. The melting temperature (Tm) of a DNA duplex containing T(DH):G or T(DH):A pairs was similar to that of a duplex with A:C mismatch.
• ——
  作者：S. Yu. Andreev、S. I. Antsypovich、E. M. Volkov、E. A. Romanova、T. Hianik、T. S. Oretskaya

  DOI：10.1023/a:1011333421540

  日期：——

  A method for directional introduction of oleylamine residues to any position of oligodeoxyribonucleotides during their automated synthesis was developed. The presence of oleylamine residues in 3'- or 5'-terminal nucleotides was shown to have no effect on the thermodynamic stability of DNA duplexes formed by such oligonucleotides and the complementary sequences. The rate of hydrolysis of oligonucleotides containing oleylamine residues in the 3'-terminal units by the snake venom phosphodiesterase was shown to be markedly lower than that of natural oligonucleotides.