4-amino-5-[3-(2-hydroxyethyl)benzyl]-2-methylpyrimidine | 752984-71-7

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机杂环化合物 - 二嗪类
• 英文名称: 4-amino-5-[3-(2-hydroxyethyl)benzyl]-2-methylpyrimidine
• 英文别名: 2-{3-[(4-Amino-2-Methylpyrimidin-5-Yl)methyl]phenyl}ethanol；2-[3-[(4-amino-2-methylpyrimidin-5-yl)methyl]phenyl]ethanol
• CAS: 752984-71-7
• 化学式: C₁₄H₁₇N₃O
• 分子量: 243.308
• InChiKey: CLAXVJRRXGSGJP-UHFFFAOYSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  1.8
• 重原子数：
  18
• 可旋转键数：
  4
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.29
• 拓扑面积：
  72
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  4

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  4-amino-5-[3-(2-hydroxyethyl)benzyl]-2-methylpyrimidine 在 吡啶 、 tris(tetra-n-butylammonium) hydrogen pyrophosphate 作用下， 以 乙腈 为溶剂， 反应 21.0h， 生成 4-amino-5-[3-(2-hydroxyethyl)benzyl]-2-methylpyrimidine diphosphate
  参考文献：
  名称：

  Inhibition of thiamin diphosphate dependent enzymes by 3-deazathiamin diphosphate

  摘要：

  合成了3-去氮硫胺二磷酸（deazaTPP）和一种第二种硫胺二磷酸（TPP）类似物，该类似物的硫唑环被苯环取代。这些化合物都是来自酵母菌（Zymomonas mobilis）的丙酮酸脱羧酶的极强抑制剂；其结合方式与TPP竞争，并且本质上是不可逆的，即使没有形成共价链接。DeazaTPP的结合速度约为TPP的七倍，结合力至少强25,000倍（Ki小于14 pM）。DeazaTPP也是大肠杆菌（E. coli）α-酮戊二酸脱氢酶E1亚单位的强效抑制剂，其结合速度比TPP快70倍以上。在这种情况下，可以观察到抑制的缓慢逆转，并计算出约为5 nM的Ki值（约比TPP更紧密结合500倍）。

  DOI：

  10.1039/b403619k
• 作为产物：
  描述：

  methyl 3-(2-methoxy-2-oxoethyl)benzoate 在 manganese(IV) oxide 、 lithium aluminium tetrahydride 、 sodium methylate 作用下， 以 甲醇 、 乙醚 、 乙醇 、 氯仿 、 二甲基亚砜 为溶剂， 反应 56.0h， 生成 4-amino-5-[3-(2-hydroxyethyl)benzyl]-2-methylpyrimidine
  参考文献：
  名称：

  Inhibition of thiamin diphosphate dependent enzymes by 3-deazathiamin diphosphate

  摘要：

  合成了3-去氮硫胺二磷酸（deazaTPP）和一种第二种硫胺二磷酸（TPP）类似物，该类似物的硫唑环被苯环取代。这些化合物都是来自酵母菌（Zymomonas mobilis）的丙酮酸脱羧酶的极强抑制剂；其结合方式与TPP竞争，并且本质上是不可逆的，即使没有形成共价链接。DeazaTPP的结合速度约为TPP的七倍，结合力至少强25,000倍（Ki小于14 pM）。DeazaTPP也是大肠杆菌（E. coli）α-酮戊二酸脱氢酶E1亚单位的强效抑制剂，其结合速度比TPP快70倍以上。在这种情况下，可以观察到抑制的缓慢逆转，并计算出约为5 nM的Ki值（约比TPP更紧密结合500倍）。

  DOI：

  10.1039/b403619k

文献信息

• Structure-Based Design of Potent Small-Molecule Binders to the S-Component of the ECF Transporter for Thiamine
  作者：Lotteke J. Y. M. Swier、Leticia Monjas、Albert Guskov、Alrik R. de Voogd、Guus B. Erkens、Dirk J. Slotboom、Anna K. H. Hirsch

  DOI：10.1002/cbic.201402673

  日期：2015.3.23

  ThiT's tough: Thiamine derivatives capable of interacting with ThiT, the S‐component of the thiamine‐specific ECF transporter, have been designed and synthesized. The binding affinities and co‐crystal structures have been determined.

  ThiT的强项：设计并合成了能够与ThiT相互作用的硫胺衍生物，ThiT是硫胺素特异性ECF转运蛋白的S组分。已经确定了结合亲和力和共晶体结构。
• Design of thiamine analogues for inhibition of thiamine diphosphate (ThDP)-dependent enzymes: Systematic investigation through Scaffold-Hopping and C2-Functionalisation
  作者：Alex H.Y. Chan、Terence C.S. Ho、Rimsha Irfan、Rawia A.A. Hamid、Emma S. Rudge、Amjid Iqbal、Alex Turner、Anna K.H. Hirsch、Finian J. Leeper

  DOI：10.1016/j.bioorg.2023.106602

  日期：2023.9

  inhibition is to use thiamine/ThDP analogues, which typically feature a neutral aromatic ring in place of the positively charged thiazolium ring of ThDP. While ThDP analogues have aided work in understanding the structural and mechanistic aspects of the enzyme family, at least two key questions regarding the ligand design strategy remain unresolved: 1) which is the best aromatic ring? and 2) how can we achieve

  二磷酸硫胺素 (ThDP) 是维生素 B 1的生物活性形式，是所有生物体细胞代谢过程所需的必需辅酶。尽管各个酶在底物偏好和生化反应方面存在显着差异，但 ThDP 依赖性酶都需要 ThDP 作为催化活性的辅酶。通过化学抑制研究这些酶的作用的一种流行方法是使用硫胺素/ThDP 类似物，其通常具有中性芳香环代替 ThDP 带正电的噻唑鎓环。虽然 ThDP 类似物有助于理解酶家族的结构和机制方面的工作，但有关配体设计策略的至少两个关键问题仍未解决：1）哪个是最好的芳环？2）我们如何才能实现对特定 ThDP 依赖性酶的选择性？在这项工作中，我们合成了这些类似物的衍生物，涵盖了过去十年中使用的所有中心芳环，并对所有化合物作为几种 ThDP 依赖性酶的抑制剂进行了头对头比较。因此，我们建立了中心环的性质与这些 ThDP 竞争性酶抑制剂的抑制谱之间的关系。我们还证明，在中心环上引入 C2 取代基来探索独特