Development of Small Molecules with a Noncanonical Binding Mode to HIV-1 Trans Activation Response (TAR) RNA
作者:Fardokht A. Abulwerdi、Matthew D. Shortridge、Joanna Sztuba-Solinska、Robert Wilson、Stuart F. J. Le Grice、Gabriele Varani、John S. Schneekloth
DOI:10.1021/acs.jmedchem.6b01450
日期:2016.12.22
molecules that bind to RNA potently and specifically are relatively rare. The study of molecules that bind to the HIV-1 transactivation response (TAR) hairpin, a cis-acting HIV genomic element, has long been an important model system for the chemistry of targeting RNA. Here we report the synthesis, biochemical, and structural evaluation of a series of molecules that bind to HIV-1 TAR RNA. A promising analogue
有效结合RNA的小分子相对较少。长期以来,对与HIV-1反式激活应答(TAR)发夹(一种顺式作用的HIV基因组元件)结合的分子的研究一直是靶向RNA化学的重要模型系统。在这里,我们报告了一系列与HIV-1 TAR RNA结合的分子的合成,生化和结构评估。一个有前途的类似物15保留了最初命中的TAR结合亲和力,并用40μM的IC 50取代了Tat衍生的肽。可溶性类似物2的NMR表征显示此类化合物的非规范结合模式。最后,评估2和15通过引物延伸(SHAPE)分析的选择性2'-羟基酰化反应,表明在体外合成的365-nt HIV-1 5'-非翻译区(UTR)内与TAR结合的特异性。因此,这些化合物表现出与TAR相互作用的新颖且特定的模式,为RNA配体设计提供了重要建议。