N⁴-benzyl-2'-deoxycytidine | 213769-47-2

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷
• 英文名称: N⁴-benzyl-2'-deoxycytidine
• 英文别名: N4-benzyl-2'-deoxycytidine；4-(benzylamino)-1-[(2R,4S,5R)-4-hydroxy-5-(hydroxymethyl)oxolan-2-yl]pyrimidin-2-one
• CAS: 213769-47-2
• 化学式: C₁₆H₁₉N₃O₄
• 分子量: 317.345
• InChiKey: TWZSNBJODPRUAV-GZBFAFLISA-N

物化性质

• 沸点：
  555.6±60.0 °C(Predicted)
• 密度：
  1.42±0.1 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  0.1
• 重原子数：
  23
• 可旋转键数：
  5
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.38
• 拓扑面积：
  94.4
• 氢给体数：
  3
• 氢受体数：
  4

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  N⁴-benzyl-2'-deoxycytidine 在 N,O-双三甲硅基乙酰胺 、 三氟甲磺酸三甲基硅酯 、 氨 作用下， 以 吡啶 、 甲醇 为溶剂， 反应 41.25h， 生成 2'-脱氧腺苷
  参考文献：
  名称：

  合成核苷和核苷酸。二十一 关于2'-脱氧-α-D-核呋喃核糖基核苷和核苷酸的合成和生物学评价。

  摘要：

  将 N4-苯甲酰基-2'-脱氧胞苷（1）转化为其 3'，5'-二-O-乙酸酯（2）。通过与三氟甲磺酸三甲基硅酯（TMS-triflate）反应，化合物 2 顺利异构化成其 α-对应物（3）。3 的皂化反应得到了结晶α-2'-脱氧胞苷（4）。同样，3', 5'-di-O-p-toluoyl-2'-deoxythymidine (5) 被异构化为 α-异构体 (6)，然后脱锁得到 α-2'-deoxythymidine (7)。α-2'-脱氧腺苷（8）和 9-(2-脱氧-α-D-呋喃核糖基)-6-甲基硫嘌呤（9a）是通过 TMS-三late催化反式-2-脱氧核糖基化从化合物 2 分别制备成 N6-苯甲酰基腺嘌呤和 6-甲基硫嘌呤。α-5-氟-2'-脱氧胞苷（11a）及其 β-异构体（11b）是通过 N4-对甲苯甲酰基-5-氟胞嘧啶的三甲基硅烷衍生物与 1-O-乙酰基-3，5-二-O-苯甲酰基-2-脱氧-D-呋喃核糖反应，然后脱锁合成的。在与α-2'-脱氧核苷有关的化合物中，化合物 4 和 11a 对培养中的小鼠白血病 L5178Y 细胞表现出微弱的生长抑制活性。在核苷 5'-三磷酸酯中，α-脱氧 ATP 在以活化 DNA 为模板引物时与 DNA 聚合酶 α 有一定的亲和力；α-脱氧胸苷 5'- 三磷酸酯（TTP）在以聚[rA]-醇溶 dT 为模板引物时对 DNA 聚合酶 β 有显著的抑制作用。

  DOI：

  10.1248/cpb.32.1441
• 作为产物：
  描述：

  3',5'-O-di(tert-butyldimethylsilyl)-2'-deoxyuridine 在 四丁基氟化铵 、 1,8-二氮杂双环[5.4.0]十一碳-7-烯 作用下， 以 四氢呋喃 为溶剂， 反应 2.83h， 生成 N⁴-benzyl-2'-deoxycytidine
  参考文献：
  名称：

  通过使用 (苯并三唑-1-基氧基)三(二甲氨基)鏻六氟磷酸盐 (BOP) 活化酰胺基团，在嘧啶核苷的 C4 位上轻松官能化，并对产品进行生物学评价†

  摘要：

  Ot-丁基二甲基甲硅烷基保护的胸苷、2'-脱氧尿苷和 3'-叠氮胸苷 (AZT) 与 (苯并三唑-1-基氧基)三(二甲氨基)鏻六氟磷酸盐 (BOP) 的反应导致 C4 酰胺羰基活化，形成推定的O 4 -(苯并三唑-1-基)衍生物。随后用烷基和芳基胺、硫醇和醇取代导致该位置容易官能化。与胺和硫醇的反应可以两步一锅转化或一步转化的方式进行。与醇的反应以两步一锅转化的方式进行。在这些研究过程中，鉴定出从嘧啶核苷形成1-(4-嘧啶基)-1H-苯并三唑-3-氧化物衍生物。然而，这些也经历了转化为所需的产品。通过催化还原将AZT获得的产物转化为3'-氨基衍生物。所有产品均经过检测其抑制癌细胞增殖和抗病毒活性的能力。许多药物被发现对 HIV-1 和 HIV-2 具有活性，其中一种对单纯疱疹病毒 1 (HSV-1) 具有活性。

  DOI：

  10.1039/c6ob02334g

文献信息

• Convenient and Efficient Syntheses of<i>N</i>⁶- and<i>N</i>⁴- Substituted Adenines and Cytosines and their 2′-Deoxyribosides
  作者：Ewelina Adamska、Jan Barciszewski、Wojciech T. Markiewicz

  DOI：10.1080/15257770.2012.742198

  日期：2012.12

  Convenient and efficient methods of the synthesis of N6- and N4-substituted derivatives of adenine and cytosine and their 2′-deoxyribosides were developed. The reactions of either unprotected nucleobases (adenine, cytosine) or unprotected 2′-deoxyribosides with aryl or alkyl aldehydes give corresponding Schiff bases that can be reduced to the target title compounds with high overall yields. In the

  开发了一种便捷高效的合成腺嘌呤和胞嘧啶的N 6-和N 4-取代衍生物及其2'-脱氧核糖苷的方法。未保护的核碱基（腺嘌呤，胞嘧啶）或未保护的2'-脱氧核糖苷与芳基或烷基醛的反应可生成相应的席夫碱，这些席夫碱可被还原为目标标题化合物，且总收率高。在芳基醛的情况下，亚胺衍生物在甲醇中的甲醇盐存在下获得，并用硼氢化钠还原。与烷基醛的相应反应需要使用乙酸和硼烷二甲基硫醚络合物。
• Rapid and Selective Reduction of Amide Group by Borane-Amine Complexes in Acyl Protected Nucleosides
  作者：Zinaida A. Sergueeva、Dmitri S. Sergueev、Barbara Ramsay Shaw

  DOI：10.1080/15257770008033009

  日期：2000.1

  fast and selective reduction of a deoxynucleoside N-acyl group to a corresponding N-alkyl group. Three different nucleosides (dG, dA, and dC) each having one of three N-protecting groups (benzoyl, isobutyryl, or acetyl) were used to prepare N-alkylated nucleosides in good yields under mild conditions. Deoxyribose O-acyl protecting groups remain intact at the conditions of N-acyl group reduction.

  硼烷-胺络合物提供了脱氧核苷N-酰基异常快速且选择性的还原为相应的N-烷基。具有三个N-保护基团（苯甲酰基，异丁酰基或乙酰基）之一的三种不同的核苷（dG，dA和dC）用于在温和条件下以高收率制备N-烷基化的核苷。在N-酰基还原的条件下，脱氧核糖O-酰基保护基保持完整。
• Modified nucleic acid amplification primers
  申请人：Roche Molecular Systems, Inc.

  公开号：US06001611A1

  公开（公告）日：1999-12-14

  The present invention provides modified primers for use in the amplification of a nucleic acid sequence. Amplifications carried out using the modified primers result in less non-specific amplification product, in particular, primer dimer, and a concomitant greater yield of the intended amplification product compared to amplifications carried out using unmodified primers.

  本发明提供了用于扩增核酸序列的改良引物。使用改良引物进行扩增可减少非特异性扩增产物，特别是引物二聚体，并且与使用未改良引物进行扩增相比，可获得预期扩增产物更大的产量。
• Facile functionalization at the C4 position of pyrimidine nucleosides via amide group activation with (benzotriazol-1-yloxy)tris(dimethylamino)phosphonium hexafluorophosphate (BOP) and biological evaluations of the products
  作者：Hari K. Akula、Hariprasad Kokatla、Graciela Andrei、Robert Snoeck、Dominique Schols、Jan Balzarini、Lijia Yang、Mahesh K. Lakshman

  DOI：10.1039/c6ob02334g

  日期：——

  transformations. In the course of these investigations, the formation of 1-(4-pyrimidinyl)-1H-benzotriazole-3-oxide derivatives from the pyrimidine nucleosides was identified. However, these too underwent conversion to the desired products. Products obtained from AZT were converted to the 3′-amino derivatives by catalytic reduction. All products were assayed for their abilities to inhibit cancer cell proliferation

  Ot-丁基二甲基甲硅烷基保护的胸苷、2'-脱氧尿苷和 3'-叠氮胸苷 (AZT) 与 (苯并三唑-1-基氧基)三(二甲氨基)鏻六氟磷酸盐 (BOP) 的反应导致 C4 酰胺羰基活化，形成推定的O 4 -(苯并三唑-1-基)衍生物。随后用烷基和芳基胺、硫醇和醇取代导致该位置容易官能化。与胺和硫醇的反应可以两步一锅转化或一步转化的方式进行。与醇的反应以两步一锅转化的方式进行。在这些研究过程中，鉴定出从嘧啶核苷形成1-(4-嘧啶基)-1H-苯并三唑-3-氧化物衍生物。然而，这些也经历了转化为所需的产品。通过催化还原将AZT获得的产物转化为3'-氨基衍生物。所有产品均经过检测其抑制癌细胞增殖和抗病毒活性的能力。许多药物被发现对 HIV-1 和 HIV-2 具有活性，其中一种对单纯疱疹病毒 1 (HSV-1) 具有活性。
• Synthetic nucleosides and nucleotides. XXI. On the synthesis and biological evaluations of 2'-deoxy-.ALPHA.-D-ribofuranosyl nucleosides and nucleotides.
  作者：TOYOFUMI YAMAGUCHI、MINEO SANEYOSHI

  DOI：10.1248/cpb.32.1441

  日期：——

  N4-Benzoyl-2'-deoxycytidine (1) was converted to its 3', 5'-di-O-acetate (2). Compound 2 was smoothly anomerized to its α-counterpart (3) by reaction with trimethylsilyl trifluoromethanesul-fonate (TMS-triflate). Saponification of 3 afforded crystalline α-2'-deoxycytidine (4). Similarly, 3', 5'-di-O-p-toluoyl-2'-deoxythymidine (5) was anomerized to the α-anomer (6), which was then deblocked to give α-2'-deoxythymidine (7). α-2'-Deoxyadenosine (8) and 9-(2-deoxy-α-D-ribofuranosyl)-6-methylthiopurine (9a) were prepared by TMS-triflate-catalyzed trans-2-deoxyribosylation from compound 2 to N6-benzoyladenine and 6-methylthiopurine, respectively. α-5-Fluoro-2'-deoxycytidine (11a) and its β-anomer (11b) were synthesized by the reaction of the trimethylsilyl derivative of N4-p-toluoyl-5-fluorocytosine with 1-O-acetyl-3, 5-di-O-benzoyl-2-deoxy-D-ribofuranose followed by deblocking. Among the compounds related to α-2'-deoxyribonucleosides, compound 4 and 11a showed weak growth-inhibitory activity on mouse leukemic L5178Y cells in culture. Of the nucleoside 5'-triphosphates, α-deoxy ATP had some affinity with DNA polymerase α when activated DNA was used as a template-primer. α-Deoxythymidine 5'-triphosphate (TTP) showed a remarkable inhibitory effect on DNA polymerase β when poly [rA]-oligo dT was used as template-primer.

  将 N4-苯甲酰基-2'-脱氧胞苷（1）转化为其 3'，5'-二-O-乙酸酯（2）。通过与三氟甲磺酸三甲基硅酯（TMS-triflate）反应，化合物 2 顺利异构化成其 α-对应物（3）。3 的皂化反应得到了结晶α-2'-脱氧胞苷（4）。同样，3', 5'-di-O-p-toluoyl-2'-deoxythymidine (5) 被异构化为 α-异构体 (6)，然后脱锁得到 α-2'-deoxythymidine (7)。α-2'-脱氧腺苷（8）和 9-(2-脱氧-α-D-呋喃核糖基)-6-甲基硫嘌呤（9a）是通过 TMS-三late催化反式-2-脱氧核糖基化从化合物 2 分别制备成 N6-苯甲酰基腺嘌呤和 6-甲基硫嘌呤。α-5-氟-2'-脱氧胞苷（11a）及其 β-异构体（11b）是通过 N4-对甲苯甲酰基-5-氟胞嘧啶的三甲基硅烷衍生物与 1-O-乙酰基-3，5-二-O-苯甲酰基-2-脱氧-D-呋喃核糖反应，然后脱锁合成的。在与α-2'-脱氧核苷有关的化合物中，化合物 4 和 11a 对培养中的小鼠白血病 L5178Y 细胞表现出微弱的生长抑制活性。在核苷 5'-三磷酸酯中，α-脱氧 ATP 在以活化 DNA 为模板引物时与 DNA 聚合酶 α 有一定的亲和力；α-脱氧胸苷 5'- 三磷酸酯（TTP）在以聚[rA]-醇溶 dT 为模板引物时对 DNA 聚合酶 β 有显著的抑制作用。