作者:Małecki, Piotr H.、Fassauer, Georg M.、Rüger, Nicole、Schulig, Lukas、Link, Andreas、Krylova, Oxana、Heinemann, Udo、Weiss, Manfred S.
DOI:10.1016/j.ejmech.2024.116642
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understand the binding cavity using an X-ray crystallographic approach to provide a detailed landscape of possible interactions within the under-investigated region of KDM4. Our design strategy was based on utilizing known KDM binding motifs, such as nicotinic acid and tetrazolylhydrazides, as core motifs that we decided to enrich with flexible tails to map the distal histone binding site. The resulting
KDM4 组蛋白去甲基化酶成为抑制剂开发的令人兴奋的靶标,因为将它们与肿瘤发生直接联系起来的证据越来越多。在这项研究中,我们着手使用 X 射线晶体学方法更好地了解结合腔,以提供 KDM4 研究不足区域内可能相互作用的详细情况。我们的设计策略基于利用已知的 KDM 结合基序(如烟酸和四唑酰肼)作为核心基序,我们决定用柔性尾部富集这些基序以绘制远端组蛋白结合位点。与 KDM4D 结合的新型化合物(KDM4 家族的代表)的 X 射线结构揭示了与组蛋白结合位点远端残基的相互作用模式。配体结合时检测到的最突出的蛋白质重排是阻碍组蛋白结合位点可及性的环运动。除了提供潜在抑制剂可以靶向的新位点外,这些新化合物还可能有助于探索配体在其他 KDM 或 2-氧代戊二酸 (2OG) 依赖性加氧酶的辅因子结合位点远端结合的能力。案例研究证明,鉴于易于获得 X 射线质量晶体,将强大的小结合基序与灵活的尾部相结合以探