2-((1H-indol-3-yl)methyl)-1H-benzo[d]imidazol-5-amine | 1396009-41-8

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机杂环化合物 - 吲哚及其衍生物
• 英文名称: 2-((1H-indol-3-yl)methyl)-1H-benzo[d]imidazol-5-amine
• 英文别名: 2-(1H-Indol-3-ylmethyl)-1H-benzimidazol-6-amine；2-(1H-indol-3-ylmethyl)-3H-benzimidazol-5-amine
• CAS: 1396009-41-8
• 化学式: C₁₆H₁₄N₄
• 分子量: 262.314
• InChiKey: MQCPTJRGSFBDQG-UHFFFAOYSA-N

物化性质

• 沸点：
  659.9±40.0 °C(Predicted)
• 密度：
  1.386±0.06 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  2.9
• 重原子数：
  20
• 可旋转键数：
  2
• 环数：
  4.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.06
• 拓扑面积：
  70.5
• 氢给体数：
  3
• 氢受体数：
  2

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  2-((1H-indol-3-yl)methyl)-1H-benzo[d]imidazol-5-amine 在 (1-cyano-2-ethoxy-2-oxoethylidenaminooxy)dimethylaminomorpholinocarbenium hexafluorophosphate 、 N,N-二异丙基乙胺 、 三氟乙酸 作用下， 以 二氯甲烷 、 乙腈 为溶剂， 反应 15.0h， 生成 N-(2-((1H-indol-3-yl)methyl)-1H-benzo[d]imidazol-5-yl)-2-aminoacetamide
  参考文献：
  名称：

  发现与 K-Ras 结合并抑制 Sos 介导的活化的小分子

  摘要：

  寻找片段：使用 NMR 光谱进行基于片段的筛选，以发现与 GTPase K-Ras 结合并调节核苷酸交换因子 Sos 活性的配体。关于这些片段衍生的命中如何与鸟苷二磷酸-K-Ras 复合物结合的结构数据（见图）为未来发现靶向 K-Ras 激活和信号传导的药物提供了一个起点。

  DOI：

  10.1002/anie.201201358
• 作为产物：
  描述：

  在 5%-palladium/activated carbon 、 氢气 作用下， 以 乙酸乙酯 为溶剂， 反应 8.0h， 以1.4 g的产率得到2-((1H-indol-3-yl)methyl)-1H-benzo[d]imidazol-5-amine
  参考文献：
  名称：

  发现与 K-Ras 结合并抑制 Sos 介导的活化的小分子

  摘要：

  寻找片段：使用 NMR 光谱进行基于片段的筛选，以发现与 GTPase K-Ras 结合并调节核苷酸交换因子 Sos 活性的配体。关于这些片段衍生的命中如何与鸟苷二磷酸-K-Ras 复合物结合的结构数据（见图）为未来发现靶向 K-Ras 激活和信号传导的药物提供了一个起点。

  DOI：

  10.1002/anie.201201358

文献信息

• [EN] SMALL MOLECULE RAS LIGANDS<br/>[FR] LIGANDS RAS DE PETITES MOLÉCULES
  申请人：UNIV COLUMBIA

  公开号：WO2016176338A1

  公开（公告）日：2016-11-03

  The present invention provides compounds that selectively bind a RAS protein at three or more sites, which compounds selectively bind to a first site on the RAS protein that includes at least one amino acid near L56. Pharmaceutical compositions including a pharmaceutically acceptable carrier and a compound of the present invention are also provided. Methods and kits for treating or ameliorating the effects of a disease associated with altered RAS signaling in a subject are also provided. Methods, kits and compositions which include such compounds also are provided.

  本发明提供了一种选择性地在RAS蛋白的三个或更多位点结合的化合物，这些化合物选择性地结合到RAS蛋白上的第一个位点，该位点包括至少一个接近L56的氨基酸。还提供了包括药用可接受载体和本发明化合物的药物组合物。还提供了用于治疗或改善与受改变的RAS信号传导相关的疾病的方法和试剂盒。还提供了包括这些化合物的方法、试剂盒和组合物。
• A Photoaffinity‐Based Fragment‐Screening Platform for Efficient Identification of Protein Ligands
  作者：Emma K. Grant、David J. Fallon、Michael M. Hann、Ken G. M. Fantom、Chad Quinn、Francesca Zappacosta、Roland S. Annan、Chun‐wa Chung、Paul Bamborough、David P. Dixon、Peter Stacey、David House、Vipulkumar K. Patel、Nicholas C. O. Tomkinson、Jacob T. Bush

  DOI：10.1002/anie.202008361

  日期：2020.11.16

  termed PhABits (PhotoAffinity Bits), which utilizes a library of photoreactive fragments to covalently capture fragment–protein interactions. Hits can be profiled to determine potency and the site of crosslinking, and subsequently developed as reporters in a competitive displacement assay to identify novel hit matter. The PhABit platform is envisioned to be widely applicable to novel protein targets, identifying

  基因组分析的进步使人们能够鉴定与疾病有关的新蛋白质。为了验证这些目标，需要使用工具分子来证明配体具有改善疾病的作用。当前，由于仅报道了一部分蛋白质组的工具，配体发现平台对于利用基因组分析的见解至关重要。碎片筛选提供了一种探索化学空间的有效方法。这里展示的是一个称为PhABits（PhotoAffinity Bits）的片段筛选平台，该平台利用光反应片段库共价捕获片段-蛋白质相互作用。可以对命中进行分析以确定效力和交联位点，然后在竞争性替代测定中将其发展为报道基因，以鉴定新的命中物质。
• Discovery of Small Molecules that Bind to K-Ras and Inhibit Sos-Mediated Activation
  作者：Qi Sun、Jason P. Burke、Jason Phan、Michael C. Burns、Edward T. Olejniczak、Alex G. Waterson、Taekyu Lee、Olivia W. Rossanese、Stephen W. Fesik

  DOI：10.1002/anie.201201358

  日期：2012.6.18

  NMR spectroscopy was applied to discover ligands that bind to the GTPase K‐Ras and modulate the activity of the nucleotide exchange factor Sos. Structural data on how these fragment‐derived hits bind to the guanosine diphosphate–K‐Ras complex (see picture) provides a starting point for the future discovery of drugs that target K‐Ras activation and signaling.

  寻找片段：使用 NMR 光谱进行基于片段的筛选，以发现与 GTPase K-Ras 结合并调节核苷酸交换因子 Sos 活性的配体。关于这些片段衍生的命中如何与鸟苷二磷酸-K-Ras 复合物结合的结构数据（见图）为未来发现靶向 K-Ras 激活和信号传导的药物提供了一个起点。