1-(2-deoxy-2-fluoro-3,5-di-O-benzoyl-β-D-arabinofuranosyl)thymine | 97614-47-6

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷
• 英文名称: 1-(2-deoxy-2-fluoro-3,5-di-O-benzoyl-β-D-arabinofuranosyl)thymine
• 英文别名: ((2R,3R,4S,5R)-3-(Benzoyloxy)-4-fluoro-5-(5-methyl-2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)tetrahydrofuran-2-yl)methyl benzoate；[(2R,3R,4S,5R)-3-benzoyloxy-4-fluoro-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl benzoate
• CAS: 97614-47-6
• 化学式: C₂₄H₂₁FN₂O₇
• 分子量: 468.438
• InChiKey: CEPDPXNYCRCFRV-RCLSDMTESA-N

物化性质

• 密度：
  1.42±0.1 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  3
• 重原子数：
  34
• 可旋转键数：
  8
• 环数：
  4.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.25
• 拓扑面积：
  111
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  8

制备方法与用途

3',5'-二-O-苯甲酰基-2'-脱氧-2'-氟-5-甲基-β-D-阿拉伯-吡啶是一种嘌呤核苷类似物，具有广泛的抗肿瘤活性，尤其针对惰性淋巴系统恶性肿瘤。其抗癌机制主要依赖于抑制DNA合成和诱导细胞凋亡等过程。

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  1-(2-deoxy-2-fluoro-3,5-di-O-benzoyl-β-D-arabinofuranosyl)thymine 在 ammonium hydroxide 作用下， 以 乙醇 、 水 为溶剂， 反应 48.0h， 生成 2'-氟-5-甲基阿拉伯糖基尿嘧啶
  参考文献：
  名称：

  NEIL1 与含有 2'-氟胸苷二醇立体异构体的 DNA 结合和编辑的影响

  摘要：

  DNA 修复和 RNA 编辑：合成了含有具有核糖或阿拉伯糖构型的 2'-氟胸苷二醇的寡脱氧核苷酸，并研究了它们与未编辑和编辑形式的 hNEIL1 以及 Endo III 的结合。对于两种形式的 hNEIL1，结合亲和力相似，这与两种形式的 NEIL1 之间糖基化酶活性的显着差异不同。

  DOI：

  10.1002/cbic.201200139
• 作为产物：
  描述：

  2-(1’-咪唑磺酰氧基)-1,3,5-三苯甲酰氧基-alpha-D-呋喃核糖 在 potassium hydrogen bifluoride 、 氢氟酸 、 氢溴酸 作用下， 以 二氯甲烷 、 溶剂黄146 、 乙腈 为溶剂， 反应 18.5h， 生成 1-(2-deoxy-2-fluoro-3,5-di-O-benzoyl-β-D-arabinofuranosyl)thymine
  参考文献：
  名称：

  Fluorocarbohydrates in synthesis. An efficient synthesis of 1-(2-deoxy-2-fluoro-.beta.-D-arabinofuranosyl)-5-iodouracil (.beta.-FIAU) and 1-(2-deoxy-2-fluoro-.beta.-D-arabinofuranosyl)thymine (.beta.-FMAU)

  摘要：

  DOI：

  10.1021/jo00219a048

文献信息

• [EN] S-ANTIGEN TRANSPORT INHIBITING OLIGONUCLEOTIDE POLYMERS AND METHODS<br/>[FR] POLYMÈRES OLIGONUCLÉOTIDIQUES INHIBANT LE TRANSPORT DE L'ANTIGÈNE S ET MÉTHODES
  申请人：ALIGOS THERAPEUTICS INC

  公开号：WO2021119325A1

  公开（公告）日：2021-06-17

  Various embodiments provide STOPS™ polymers that are S-antigen transport inhibiting oligonucleotide polymers, processes for making them and methods of using them to treat diseases and conditions. In some embodiments the STOPS™ modified oligonucleotides include an at least partially phosphorothioated sequence of alternating A and C units having modifications as described herein. The sequence independent antiviral activity against hepatitis B of embodiments of STOPS™ modified oligonucleotides, as determined by HBsAg Secretion Assay, is an EC50 that is less than 100 nM.

  各种实施方式提供了STOPS™聚合物，这些聚合物是S-抗原转运抑制寡核苷酸聚合物，提供了制备它们的方法以及使用它们治疗疾病和症状的方法。在某些实施方式中，STOPS™修饰的寡核苷酸包括至少部分磷硫酸酯化的交替A和C单元序列，具有如本文所述的修饰。通过HBsAg分泌测定确定的STOPS™修饰的寡核苷酸对乙型肝炎的序列无关抗病毒活性，其EC50小于100 nM。
• Synthesis and anti-HIV activity of 2′-deoxy-2′-fluoro-4′-C-ethynyl nucleoside analogs
  作者：Qiang Wang、Yanfeng Li、Chuanjun Song、Keduo Qian、Chin-Ho Chen、Kuo-Hsiung Lee、Junbiao Chang

  DOI：10.1016/j.bmcl.2010.05.090

  日期：2010.7

  the favorable antiviral profiles of 4′-substituted nucleosides, novel 1-(2′-deoxy-2′-fluoro-4′-C-ethynyl-β-d-arabinofuranosyl)-uracil (1a), -thymine (1b), and -cytosine (2) analogs were synthesized. Compounds 1b and 2 exhibited potent anti-HIV-1 activity with IC50 values of 86 and 1.34 nM, respectively, without significant cytotoxicity. Compound 2 was 35-fold more potent than AZT against wild-type

  基于 4'-取代核苷的良好抗病毒特性，新型 1-(2'-deoxy-2'-fluoro-4'- C - ethynyl -β- d - arabinofuranosyl)-uracil ( 1a ), -thymine ( 1b) ) 和 -胞嘧啶 ( 2 ) 类似物被合成。化合物1b和2表现出有效的抗 HIV-1 活性，IC 50值分别为 86 和 1.34 nM，没有显着的细胞毒性。化合物2对野生型病毒的效力是 AZT 的 35 倍，并且还保留了对耐药株、NL4-3 (K101E) 和 RTMDR 的纳摩尔级抗病毒活性。因此，2作为一种新型 NRTI 药物值得进一步开发。
• Probing Synergistic Effects of DNA Methylation and 2′-β-Fluorination on i-Motif Stability
  作者：Hala Abou Assi、Yu Chen Lin、Israel Serrano、Carlos González、Masad J. Damha

  DOI：10.1002/chem.201704591

  日期：2018.1.9

  possible role of DNA i‐motif structures in telomere biology and in the transcriptional regulation of oncogene promoter regions is supported by several recent studies. Herein we investigate the effect of four cytidine nucleosides (and combinations thereof) on i‐motif structure and stability, namely 2′‐deoxycytidine (dC), 2′‐deoxy‐5‐methyl‐cytidine (5‐Me‐dC), 2′‐deoxy‐2′‐fluoro‐arabinocytidine (2′F‐araC), and

  近期的一些研究支持了DNA i-基序结构在端粒生物学和癌基因启动子区域转录调控中的可能作用。本文我们研究了4个胞苷核苷（及其组合）对i-基序结构和稳定性的影响，即2'-脱氧胞苷（dC），2'-脱氧-5-甲基胞苷（5-Me-dC），2 '-脱氧-2'-氟-阿拉伯糖胞苷（2'F-araC）和2'-脱氧-2'-氟-5-甲基-阿拉伯糖胞苷（5-Me-2'F-araC）。碱基对5-Me-2'F-araC：2'F-araC产生的i-基序的pH为1/2（“ p K a”）值与生理pH值（7.34±0.3）紧密匹配。在pH 7.0下最稳定的端粒序列（HJ-2）的NMR分析表明，该结构被杂化5-Me-dC：2'F-araC半质子化碱基对稳定，因此突出了碱基与糖之间相互作用的重要性修改i-motif结构的稳定性。
• Analysis of Configuration and Conformation of Furanose Ring in Carbohydrate and Nucleoside by Vibrational Circular Dichroism
  作者：Tohru Taniguchi、Kie Nakano、Ryosuke Baba、Kenji Monde

  DOI：10.1021/acs.orglett.6b03626

  日期：2017.1.20

  A reliable and convenient method for determining the configuration and conformation of the furanose ring in carbohydrates and nucleosides by vibrational circular dichroism (VCD) spectroscopy is described. Diastereomeric pairs of several furanose monosaccharides and nucleosides were prepared, and their VCD spectra were analyzed. The results revealed that VCD spectroscopy elucidates the equibrated state

  描述了一种可靠方便的方法，通过振动圆二色性（VCD）光谱确定碳水化合物和核苷中呋喃糖环的构型和构象。制备了几种呋喃糖单糖和核苷的非对映异构体对，并分析了它们的VCD光谱。结果表明，VCD光谱可阐明呋喃糖环折叠的平衡状态，而这通常很难通过其他技术进行研究。
• Antiviral nucleosides. A stereospecific, total synthesis of 2'-fluoro-2'-deoxy-.beta.-D-arabinofuranosyl nucleosides
  作者：Henry G. Howell、Paul R. Brodfuehrer、Steven P. Brundidge、Daniel A. Benigni、Chester Sapino

  DOI：10.1021/jo00236a017

  日期：1988.1