CDP | 86542-47-4

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷酸
• 英文名称: CDP
• 英文别名: CDP trianion；[[(2R,3S,4R,5R)-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)-3,4-dihydroxyoxolan-2-yl]methoxy-oxidophosphoryl] phosphate
• CAS: 86542-47-4
• 化学式: C₉H₁₂N₃O₁₁P₂
• 分子量: 400.155
• InChiKey: ZWIADYZPOWUWEW-XVFCMESISA-K

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -4.8
• 重原子数：
  25
• 可旋转键数：
  5
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.56
• 拓扑面积：
  230
• 氢给体数：
  3
• 氢受体数：
  11

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  CDP 、 7-Methylguanosine-5'-phosphorimidazolide 在 N-ethylmorpholine buffer 、 manganese(ll) chloride 作用下， 反应 96.0h， 以37%的产率得到
  参考文献：
  名称：

  Facile synthesis of cap portion of messenger RNA by Mn(II) ion-catalyzed pyrophosphate formation in aqueous solution

  摘要：

  Cap portion of messenger RNA was prepared by Mn2+ ion-catalyzed pyrophosphate bond formation from 7-methylguanosine-5'-phosphorimidazolide and nucleoside diphosphate in neutral aqueous solution.

  DOI：

  10.1016/0040-4039(91)80440-h
• 作为产物：
  描述：

  胞苷 在 Uridine-Cytidine Kinase 2 、 potassium chloride 、 ATP disodium salt 、 cytidine monophosphate kinase 1 、 lactate dehydrogenase from porcine heart 、 pyruvate kinase from rabbit muscle type III 、 phosphoenolpyruvic acid monopotassium salt 、 NADH 、 magnesium chloride 、 4-羟乙基哌嗪乙磺酸 、 1,4-二巯基-2,3-丁二醇 作用下， 以 aq. phosphate buffer 为溶剂， 反应 24.0h， 生成 CDP
  参考文献：
  名称：

  通过与嘧啶代谢调节剂组合增强 RNA 依赖性 RNA 聚合酶抑制的抗病毒功效。

  摘要：

  对 GSK983（一种有效的抗病毒剂）作用模式的全基因组分析，确定了二氢乳清酸脱氢酶作为其靶标，并发现嘧啶挽救的基因敲低使细胞对 GSK983 敏感。由于 GSK983 在生理尿苷浓度存在下是一种无效的抗病毒药物，因此我们探索了将 GSK983 与嘧啶补救抑制剂联合使用。我们合成并评估了环戊烯基尿嘧啶 (CPU) 的类似物，它是一种尿苷补救抑制剂。我们发现CPU在细胞内转化为三磷酸盐。当与 GSK983 结合使用时，CPU 导致蜂窝 UTP 和 CTP 池大幅下降。因此，CPU-GSK983 在生理浓度的尿苷存在下抑制登革热病毒复制。此外，CPU-GSK983组合显着增强了RNA依赖性RNA聚合酶（RdRp）对病毒感染的抑制作用。我们的研究结果强调了一种新的宿主靶向策略，可增强 RdRp 抑制剂的抗病毒活性。

  DOI：

  10.1016/j.chembiol.2020.05.002

文献信息

• Nucleoside selectivity of <i>Aspergillus fumigatus</i> nucleoside‐diphosphate kinase
  作者：Stephanie Nguyen、Blagojce Jovcevski、Tara L. Pukala、John B. Bruning

  DOI：10.1111/febs.15607

  日期：2021.4

  binding free energy change (−37.0 ± 3.5 kcal·mol−1). Comparatively, cytidine nucleosides displayed the slowest turnover rate (53.1 ± 3.7 s−1) and lowest specificity constant (40.2 ± 4.4 mm−1·s−1). We conclude that NDK exhibits nucleoside selectivity whereby adenine nucleosides are used preferentially compared to cytidine nucleosides, and these insights can be exploited to guide drug design.

  烟曲霉感染与抗真菌药耐药率呈令人不安的上升趋势。由于对烟曲霉繁殖的基本生物学和结构机理的了解有限，阻碍了开发新型抗真菌药的努力。NDK催化NTP的生物合成，DNA和DNA的组成部分。NDK是烟曲霉中的必不可少的酶，是新型抗真菌药的诱人靶标。NDK在嘌呤和嘧啶中均表现出跨物种的广泛底物特异性，但这类核苷酸在烟曲霉中的选择性NDK未知，阻碍了结构导向抑制剂的设计。解决了未结合和未结合NDP的NDK结构，并在存在各种NTP底物的情况下评估了NDK的活性。我们呈现了独特的底物结合模式的第一个实例，该模式由烟曲霉NDK特有的CDP和TDP采用，阐明了选择性的结构决定因素。对低聚状态的分析表明，烟曲霉NDK在未结合和与NDP结合状态均采用六聚体组装，这与以前的报道表明它是四聚体相反。动力学分析表明，ATP具有最大的周转率（321±33.0 s -1），特异性常数（626±110.0 m m -1 ·s
• One-pot synthesis of nucleotides in water medium
  作者：Anaïs Depaix、Suzanne Peyrottes、Béatrice Roy

  DOI：10.1080/10426507.2018.1541239

  日期：2019.5.27

  Abstract We developed a one-pot two-steps approach in an aqueous medium to synthesize nucleoside 5’-di- and 5’-triphosphates, dinucleoside 5’,5’-polyphosphates as well as some nucleotide analogs modified either on the nucleoside or on the phosphate moieties. The attractive features of this strategy include absence of protecting groups on the starting material and convenient set-up (i.e., use of water

  摘要 我们在水性介质中开发了一种一锅两步法来合成核苷 5'-二-和 5'-三磷酸、二核苷 5',5'-多磷酸以及一些在核苷或核苷上修饰的核苷酸类似物。磷酸盐部分。这种策略的吸引人的特点包括在起始材料上没有保护基团和方便的设置（即，使用水和可商购的钠盐或钾盐试剂）。图形概要
• Structural and Catalytic Properties of CMP Kinase fromBacillus subtilis:A Comparative Analysis with the Homologous Enzyme fromEscherichia coli
  作者：Christian P. Schultz、Loida Ylisastigui-Pons、Lidia Serina、Hiroshi Sakamoto、Henry H. Mantsch、Jan Neuhard、Octavian Bârzu、Anne-Marie Gilles

  DOI：10.1006/abbi.1997.9888

  日期：1997.4

  kinases from Bacillus subtilis and from Escherichia coli are encoded by the cmk gene (formerly known as jofC in B. subtilis and as mssA in E. coli). Similar in their primary structure (43% identity and 67% similarity in amino acid sequence), the two proteins exhibit significant differences in nucleotide binding and catalysis. ATP, dATP, and GTP are equally effective as phosphate donors with E. coli CMP

  枯草芽孢杆菌和大肠杆菌的CMP激酶由cmk基因编码（以前在枯草芽孢杆菌中称为jofC，在大肠杆菌中称为mssA）。这两种蛋白质的一级结构相似（氨基酸序列相同性为43％，相似性为67％），它们在核苷酸结合和催化方面表现出显着差异。ATP，dATP和GTP与大肠杆菌CMP激酶的磷酸盐供体同样有效，而GTP是枯草芽孢杆菌CMP激酶的较弱底物。尽管CMP和dCMP是CMP激酶的最佳磷酸盐受体，但这些底物和ATP作为供体的比活性在大肠杆菌酶中高7至10倍；对于枯草芽孢杆菌CMP激酶，UMP和CMP的相对Vm值分别为0.1和E. coli酶的相对Vm值为0.01。CMP增加了E的亲和力。ATP或荧光类似物3'-蒽基dATP的大肠杆菌CMP激酶增加一个数量级，但对枯草芽孢杆菌酶没有影响。枯草芽孢杆菌和大肠杆菌CMP激酶的催化特性差异可能反映在两种蛋白质的结构上，如红外光谱所推断。枯草芽孢杆菌CMP激酶的光谱以1633
• Gene <i>ytkD</i> of <i>Bacillus subtilis</i> Encodes an Atypical Nucleoside Triphosphatase Member of the Nudix Hydrolase Superfamily
  作者：WenLian Xu、Candice R. Jones、Christopher A. Dunn、Maurice J. Bessman

  DOI：10.1128/jb.186.24.8380-8384.2004

  日期：2004.12.15

  Gene ytkD of Bacillus subtilis , a member of the Nudix hydrolase superfamily, has been cloned and expressed in Escherichia coli . The purified protein has been characterized as a nucleoside triphosphatase active on all of the canonical ribo- and deoxyribonucleoside triphosphates. Whereas all other nucleoside triphosphatase members of the superfamily release inorganic pyrophosphate and the cognate nucleoside monophosphate, YtkD hydrolyses nucleoside triphosphates in a stepwise fashion through the diphosphate to the monophosphate, releasing two molecules of inorganic orthophosphate. Contrary to a previous report, our enzymological and genetic studies indicate that ytkD is not an orthologue of E. coli mutT .

  摘要 基因 ytkD 的 基因 ytkD 是 Nudix水解酶超家族的成员，已被克隆并在 大肠杆菌 .纯化后的蛋白质被鉴定为一种核苷三磷酸酶，对所有典型的核糖核苷和脱氧核糖核苷三磷酸酶都有活性。该超家族的所有其他核苷三磷酸酶成员都会释放出无机焦磷酸和同源的核苷单磷酸，而 YtkD 则以逐步的方式从二磷酸水解到单磷酸，释放出两分子无机正磷酸盐。与之前的报告相反，我们的酶学和遗传学研究表明 ytkD 不是 大肠杆菌 mutT .
• Sugar specificity of bacterial CMP kinases as revealed by crystal structures and mutagenesis of Escherichia coli enzyme
  作者：Thomas Bertrand、Pierre Briozzo、Liliane Assairi、Augustin Ofiteru、Nadia Bucurenci、Hélène Munier-Lehmann、Béatrice Golinelli-Pimpaneau、Octavian Bârzu、Anne-Marie Gilles

  DOI：10.1006/jmbi.2001.5286

  日期：2002.2

  coli CMPK complexed with nucleoside monophosphates differing in their sugar moiety were solved. Both structures with CMP or dCMP show interactions with the pentose that were not described so far. These interactions are lost with the poorer substrates AraCMP and 2',3'-dideoxy-CMP. Comparison of all four structures shows that the pentose hydroxyls are involved in ligand-induced movements of enzyme domains

  细菌胞苷单磷酸（CMP）激酶的特点是插入片段扩大了其CMP结合域，并具有特定的底物特异性。因此，CMP和2'-脱氧-CMP（dCMP）都是来自大肠杆菌（E.coli CMPK）的CMP激酶的良好磷酸盐受体，而真核UMP / CMP激酶将脱氧核苷酸磷酸化的效率非常低。解析了大肠杆菌CMPK的四个晶体结构，这些结构与糖基不同的核苷一磷酸络合。具有CMP或dCMP的两种结构均显示出与戊糖的相互作用，目前尚未描述。这些相互作用由于较差的底物AraCMP和2'，3'-二脱氧CMP而消失。所有四个结构的比较表明，戊糖羟基参与配体诱导的酶结构域的运动。它还提供了可以容纳核糖或脱氧核糖的机理的结构基础。并行地，给出了四个核苷酸的野生型酶和三个基于结构的变体的动力学结果。当两个戊糖相互作用残基中的任何一个突变时，磷酸化率显着降低。其中之一是在所有已知的核苷单磷酸激酶中高度保守的精氨酸。相反，其他残基Asp1