5-amino-2,4-bis(benzyloxy)-6-[2,3,4,5-tetrakis-(O-tert-butyldimethylsilanyl)ribitylamino]pyrimidine | 1020085-39-5

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机杂环化合物 - 二嗪类
• 英文名称: 5-amino-2,4-bis(benzyloxy)-6-[2,3,4,5-tetrakis-(O-tert-butyldimethylsilanyl)ribitylamino]pyrimidine
• 英文别名: 2,6-bis(phenylmethoxy)-4-N-[(2S,3S,4R)-2,3,4,5-tetrakis[[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxy]pentyl]pyrimidine-4,5-diamine
• CAS: 1020085-39-5
• 化学式: C₄₇H₈₄N₄O₆Si₄
• 分子量: 913.549
• InChiKey: MUTQDIKXMTUYIB-HIERITDVSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  12.82
• 重原子数：
  61
• 可旋转键数：
  24
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.66
• 拓扑面积：
  119
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  10

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  5-amino-2,4-bis(benzyloxy)-6-[2,3,4,5-tetrakis-(O-tert-butyldimethylsilanyl)ribitylamino]pyrimidine 在 四丁基氟化铵 、 三乙胺 作用下， 以 四氢呋喃 为溶剂， 反应 4.5h， 生成 N-(2,4-bis(benzyloxy)-6-((2S,3S,4R)-2,3,4,5-tetrahydroxypentylamino)pyrimidin-5-yl)-2-chloroacetamide
  参考文献：
  名称：

  Lumazine 合酶和核黄素合酶的 O-核苷、S-核苷和 N-核苷探针

  摘要：

  Lumazine 合酶催化核黄素生物合成的倒数第二步，而核黄素合酶催化最后一步。O-核苷、S-核苷和N已经合成了假设的 lumazine 生物合成中间体的核苷类似物，以获得这两种酶的结构和机制探针，以及作为抗生素具有潜在价值的抑制剂。设计了在其他容易还原的官能团存在下通过在 Lindlar 催化剂上受控氢解来选择性裂解苄基保护基团的方法。脱保护反应在其他反应性官能团（包括硝基、烯烃和卤素）的存在下进行。目标化合物作为从各种微生物获得的 lumazine 合酶和核黄素合酶的抑制剂进行了测试。一般来说，S-核苷和N-核苷比相应的O-核苷更有效核苷作为 lumazine 合酶和核黄素合酶抑制剂，而C-核苷的效力最低。进行了一系列分子动力学模拟，然后使用泊松-玻尔兹曼/表面积 (MM-PBSA) 方法进行自由能计算，以使配体与 lumazine 合酶结合的结果合理化，结果提供了对配体结合以及稳定酶催化反应中的中间体的分子力。

  DOI：

  10.1021/jo3010364
• 作为产物：
  描述：

  2,4-bis(benzyloxy)-5-nitro-6-[2,3,4,5-tetrakis-(O-tert-butyldimethylsilanyl)ribitylamino]pyrimidine 在 sodium dithionite 作用下， 以 甲醇 、 水 为溶剂， 反应 5.5h， 以87.5%的产率得到5-amino-2,4-bis(benzyloxy)-6-[2,3,4,5-tetrakis-(O-tert-butyldimethylsilanyl)ribitylamino]pyrimidine
  参考文献：
  名称：

  一系列新的 N-[2,4-Dioxo-6-d-ribitylamino-1,2,3,4-tetrahydropyrimidin-5-yl] 草氨酸衍生物作为 Lumazine 合成酶和核黄素合成酶的抑制剂：设计、合成、生化评估、晶体学和机械意义

  摘要：

  核黄素生物合成的倒数第二个步骤是由 lumazine 合酶催化的。合成了在 lumazine 合酶催化反应中去除磷酸盐后产生的假设中间体的三种代谢稳定类似物，并作为 lumazine 合酶抑制剂进行了评估。所有三种中间体类似物都是结核分枝杆菌lumazine 合酶、枯草芽孢杆菌lumazine 合酶和粟酒裂殖酵母lumazine 合酶的抑制剂，而其中一种被证明是一种极其有效的大肠杆菌核黄素合酶抑制剂，K i为 1.3 nM。的晶体结构M.结核 lumazine 合酶与其中一种抑制剂的复合物提供了一个在磷酸根消除后立即发生的中间体构象模型，支持了在席夫碱中间体向环状结构的构象变化之前发生磷酸根消除的机制。

  DOI：

  10.1021/jo702631a

文献信息

• A New Series of <i>N</i>-[2,4-Dioxo-6-<scp>d</scp>-ribitylamino-1,2,3,4-tetrahydropyrimidin-5-yl]oxalamic Acid Derivatives as Inhibitors of Lumazine Synthase and Riboflavin Synthase:  Design, Synthesis, Biochemical Evaluation, Crystallography, and Mechanistic Implications
  作者：Yanlei Zhang、Boris Illarionov、Ekaterina Morgunova、Guangyi Jin、Adelbert Bacher、Markus Fischer、Rudolf Ladenstein、Mark Cushman

  DOI：10.1021/jo702631a

  日期：2008.4.1

  catalyzed by lumazine synthase. Three metabolically stable analogues of the hypothetical intermediate proposed to arise after phosphate elimination in the lumazine synthase-catalyzed reaction were synthesized and evaluated as lumazine synthase inhibitors. All three intermediate analogues were inhibitors of Mycobacterium tuberculosis lumazine synthase, Bacillus subtilis lumazine synthase, and Schizosaccharomyces

  核黄素生物合成的倒数第二个步骤是由 lumazine 合酶催化的。合成了在 lumazine 合酶催化反应中去除磷酸盐后产生的假设中间体的三种代谢稳定类似物，并作为 lumazine 合酶抑制剂进行了评估。所有三种中间体类似物都是结核分枝杆菌lumazine 合酶、枯草芽孢杆菌lumazine 合酶和粟酒裂殖酵母lumazine 合酶的抑制剂，而其中一种被证明是一种极其有效的大肠杆菌核黄素合酶抑制剂，K i为 1.3 nM。的晶体结构M.结核 lumazine 合酶与其中一种抑制剂的复合物提供了一个在磷酸根消除后立即发生的中间体构象模型，支持了在席夫碱中间体向环状结构的构象变化之前发生磷酸根消除的机制。
• <i>O</i>-Nucleoside, <i>S</i>-Nucleoside, and <i>N</i>-Nucleoside Probes of Lumazine Synthase and Riboflavin Synthase
  作者：Arindam Talukdar、Yujie Zhao、Wei Lv、Adelbert Bacher、Boris Illarionov、Markus Fischer、Mark Cushman

  DOI：10.1021/jo3010364

  日期：2012.7.20

  nitro groups, alkenes, and halogens. The target compounds were tested as inhibitors of lumazine synthase and riboflavin synthase obtained from a variety of microorganisms. In general, the S-nucleosides and N-nucleosides were more potent than the corresponding O-nucleosides as lumazine synthase and riboflavin synthase inhibitors, while the C-nucleosides were the least potent. A series of molecular dynamics

  Lumazine 合酶催化核黄素生物合成的倒数第二步，而核黄素合酶催化最后一步。O-核苷、S-核苷和N已经合成了假设的 lumazine 生物合成中间体的核苷类似物，以获得这两种酶的结构和机制探针，以及作为抗生素具有潜在价值的抑制剂。设计了在其他容易还原的官能团存在下通过在 Lindlar 催化剂上受控氢解来选择性裂解苄基保护基团的方法。脱保护反应在其他反应性官能团（包括硝基、烯烃和卤素）的存在下进行。目标化合物作为从各种微生物获得的 lumazine 合酶和核黄素合酶的抑制剂进行了测试。一般来说，S-核苷和N-核苷比相应的O-核苷更有效核苷作为 lumazine 合酶和核黄素合酶抑制剂，而C-核苷的效力最低。进行了一系列分子动力学模拟，然后使用泊松-玻尔兹曼/表面积 (MM-PBSA) 方法进行自由能计算，以使配体与 lumazine 合酶结合的结果合理化，结果提供了对配体结合以及稳定酶催化反应中的中间体的分子力。