N-(2,4-bis(benzyloxy)-6-((2S,3S,4R)-2,3,4,5-tetrahydroxypentylamino)pyrimidin-5-yl)-2-chloroacetamide | 1389329-06-9

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机氮化合物
• 英文名称: N-(2,4-bis(benzyloxy)-6-((2S,3S,4R)-2,3,4,5-tetrahydroxypentylamino)pyrimidin-5-yl)-2-chloroacetamide
• 英文别名: N-[2,4-bis(phenylmethoxy)-6-[[(2S,3S,4R)-2,3,4,5-tetrahydroxypentyl]amino]pyrimidin-5-yl]-2-chloroacetamide
• CAS: 1389329-06-9
• 化学式: C₂₅H₂₉ClN₄O₇
• 分子量: 532.981
• InChiKey: PEGZDRCBBGAPML-JQVVWYNYSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  1.9
• 重原子数：
  37
• 可旋转键数：
  14
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.32
• 拓扑面积：
  166
• 氢给体数：
  6
• 氢受体数：
  10

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  N-(2,4-bis(benzyloxy)-6-((2S,3S,4R)-2,3,4,5-tetrahydroxypentylamino)pyrimidin-5-yl)-2-chloroacetamide 在 1,4-环己二烯 、 20% palladium hydroxide on charcoal 作用下， 以 乙醇 为溶剂， 反应 18.0h， 以64%的产率得到2-chloro-N-(2,4-dioxo-6-((2S,3S,4R)-2,3,4,5-tetrahydroxypentylamino)-1,2,3,4-tetrahydropyrimidin-5-yl)acetamide
  参考文献：
  名称：

  Lumazine 合酶和核黄素合酶的 O-核苷、S-核苷和 N-核苷探针

  摘要：

  Lumazine 合酶催化核黄素生物合成的倒数第二步，而核黄素合酶催化最后一步。O-核苷、S-核苷和N已经合成了假设的 lumazine 生物合成中间体的核苷类似物，以获得这两种酶的结构和机制探针，以及作为抗生素具有潜在价值的抑制剂。设计了在其他容易还原的官能团存在下通过在 Lindlar 催化剂上受控氢解来选择性裂解苄基保护基团的方法。脱保护反应在其他反应性官能团（包括硝基、烯烃和卤素）的存在下进行。目标化合物作为从各种微生物获得的 lumazine 合酶和核黄素合酶的抑制剂进行了测试。一般来说，S-核苷和N-核苷比相应的O-核苷更有效核苷作为 lumazine 合酶和核黄素合酶抑制剂，而C-核苷的效力最低。进行了一系列分子动力学模拟，然后使用泊松-玻尔兹曼/表面积 (MM-PBSA) 方法进行自由能计算，以使配体与 lumazine 合酶结合的结果合理化，结果提供了对配体结合以及稳定酶催化反应中的中间体的分子力。

  DOI：

  10.1021/jo3010364
• 作为产物：
  描述：

  N-[2,4-bis(benzyloxy)-6-{[(2S,3S,4R)-2,3,4,5-tetrakis[(tert-butyldimethylsilyl)oxy]pentyl]amino}pyrimidin-5-yl]-2-chloroacetamide 在 四丁基氟化铵 作用下， 以 四氢呋喃 为溶剂， 反应 4.0h， 以79%的产率得到N-(2,4-bis(benzyloxy)-6-((2S,3S,4R)-2,3,4,5-tetrahydroxypentylamino)pyrimidin-5-yl)-2-chloroacetamide
  参考文献：
  名称：

  Lumazine 合酶和核黄素合酶的 O-核苷、S-核苷和 N-核苷探针

  摘要：

  Lumazine 合酶催化核黄素生物合成的倒数第二步，而核黄素合酶催化最后一步。O-核苷、S-核苷和N已经合成了假设的 lumazine 生物合成中间体的核苷类似物，以获得这两种酶的结构和机制探针，以及作为抗生素具有潜在价值的抑制剂。设计了在其他容易还原的官能团存在下通过在 Lindlar 催化剂上受控氢解来选择性裂解苄基保护基团的方法。脱保护反应在其他反应性官能团（包括硝基、烯烃和卤素）的存在下进行。目标化合物作为从各种微生物获得的 lumazine 合酶和核黄素合酶的抑制剂进行了测试。一般来说，S-核苷和N-核苷比相应的O-核苷更有效核苷作为 lumazine 合酶和核黄素合酶抑制剂，而C-核苷的效力最低。进行了一系列分子动力学模拟，然后使用泊松-玻尔兹曼/表面积 (MM-PBSA) 方法进行自由能计算，以使配体与 lumazine 合酶结合的结果合理化，结果提供了对配体结合以及稳定酶催化反应中的中间体的分子力。

  DOI：

  10.1021/jo3010364