作者:Pierri, Martina、Liu, Xingui、Kroupova, Alena、Rutter, Zoe、Hallatt, Alex J.、Ciulli, Alessio
DOI:10.1016/j.bmcl.2024.129861
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much weaker binary binding affinities. Here, we investigate how this subtle stereocenter alteration in the linker affects the ligand binding affinity to the E3 ligase VHL. We designed a series of molecular matched pairs, truncating from the full PROTACs down to the VHL ligand, and find that across the series the -cyclohexyl compounds showed consistently weaker VHL-binding affinity compared to the counterparts
蛋白水解靶向嵌合体 (PROTAC) 是异双功能小分子降解剂,由连接靶标结合部分和泛素 E3 连接酶结合部分的接头组成。已知连接单元会影响 PROTAC 的物理化学和药代动力学特性以及三元复合物的特性,进而影响它们在细胞中的降解活性。我们的 LRRK2 PROTAC XL01126 在接头中带有环己基,尽管其二元结合亲和力要弱得多,但它比相应的类似物是更好、更具协作性的降解剂。在这里,我们研究了接头中这种微妙的立体中心改变如何影响配体与 E3 连接酶 VHL 的结合亲和力。我们设计了一系列分子匹配对,从完整的 PROTAC 截短为 VHL 配体,并发现在整个系列中,β-环己基化合物与对应物相比始终表现出较弱的 VHL 结合亲和力。高分辨率共晶结构显示,连接体表现出刚性的伸出构象,而连接体塌陷成折叠构象,具有分子内接触网络和与 VHL 的长程相互作用。这些观察结果值得注意,因为它们揭示了 PROTAC