Application of CoMFA and CoMSIA 3D-QSAR and Docking Studies in Optimization of Mercaptobenzenesulfonamides as HIV-1 Integrase Inhibitors
作者:Chih-Ling Kuo、Haregewein Assefa、Shantaram Kamath、Zdzialaw Brzozowski、Jaroslaw Slawinski、Franciszek Saczewski、John K. Buolamwini、Nouri Neamati
DOI:10.1021/jm030378i
日期:2004.1.1
varying from 3 to 6, and the number of outliers being 4 in most of the models. Because all biological data were determined under exactly the same conditions using the same enzyme preparation, our predictive models are promising for drug optimization. Therefore, these results combined with docking studies were used to guide the rational design of new inhibitors. Further synthesis of 12 new analogues
HIV生命周期中的重要步骤是将病毒DNA整合到宿主染色体中。此步骤由32 kDa病毒酶HIV整合酶(IN)催化。HIV-1 IN是重要且经过验证的靶标,与逆转录酶(RT)和蛋白酶(PR)抑制剂组合使用时,选择性抑制该酶的药物被认为在抑制病毒复制方面非常有效。IN催化两个离散的酶促过程,称为3'处理和DNA链转移。作为优化我们先前从一系列2-巯基苯磺酰胺(MBSA)中识别出的先导分子的研究的一部分,我们应用了三维定量结构-活性关系方法,比较分子场分析(CoMFA),以及比较分子相似性指数分析(CoMSIA),可对多达66种化合物进行训练。使用了两种不同的构象模板:分别通过对接至HIV-1 IN活性位点而获得的Conf-d和通过系统构象搜索而分别使用前导化合物1和14获得的Conf-s。去除具有高残留物的化合物后,可获得具有良好预测能力的可靠模型。Conf-s模型的性能往往优于Conf-d模型