2',5'-bis-O-(tert-butyldimethylsilyl)-3'-(carboxymethyl)-3'-deoxyuridine | 200011-15-0

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷
• 英文名称: 2',5'-bis-O-(tert-butyldimethylsilyl)-3'-(carboxymethyl)-3'-deoxyuridine
• 英文别名: 1-[2,5-O-bis(tert-butyldimethylsilyl)-3-C-carboxymethyl-β-D-pentofuranosyl]-uracyl；2-[(2S,3R,4R,5R)-4-[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxy-2-[[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxymethyl]-5-(2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-3-yl]acetic acid
• CAS: 200011-15-0
• 化学式: C₂₃H₄₂N₂O₇Si₂
• 分子量: 514.767
• InChiKey: GNDFCMWEGLNVCV-XNFNUYLZSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  3.94
• 重原子数：
  34
• 可旋转键数：
  10
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.78
• 拓扑面积：
  114
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  7

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  2',5'-bis-O-(tert-butyldimethylsilyl)-3'-(carboxymethyl)-3'-deoxyuridine 在 ammonium hydroxide 、 1-羟基苯并三唑 、 溶剂黄146 、 N,N'-二环己基碳二亚胺 作用下， 以 乙醇 、 二氯甲烷 为溶剂， 反应 13.5h， 生成 2-((2S,3R,4R,5R)-4-((tert-butyldimethylsilyl)oxy)-5-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)-2-(hydroxymethyl)tetrahydrofuran-3-yl)-N-(((2R,3S,4R,5R)-5-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl)methyl)acetamide
  参考文献：
  名称：

  在选定位置具有酰胺作为尿苷间键的 RNA 类似物的合成和性质

  摘要：

  已合成在选定位置具有酰胺核苷间键（AM1：3'-CH(2)CONH-5' 和 AM2：3'-CH(2)NHCO-5'）的寡核糖核苷酸类似物，并且由这些形成的双链体的热稳定性已通过 UV 熔解实验评估了具有互补 RNA 片段的类似物。研究了两个系列的具有 2'-OH 或 2'-OMe 邻近酰胺键的低聚物。单体合成子（3' 和 5'-C 胺和羧酸）合成如下： 对于 AM1 类似物的合成，采用已知的自由基烯丙基化序列，然后是双键断裂。为了合成 AM2 类似物，开发了通过添加硝基甲烷然后将硝基官能团转化为氨基或羧基的新途径。单体胺和羧酸偶联，然后进行保护基操作和膦酰化，得到用于寡核苷酸合成的二聚体 3'-膦酸结构单元。还制备了具有 3'-酰胺和 2'-OH 或 2'-OMe 基团的单体模型化合物，并通过 (1) H NMR 确定了它们的构象平衡。AM1 和 AM2 模型对北方构象异构体表现出相同的偏好（在

  DOI：

  10.1021/ja0360900
• 作为产物：
  描述：

  1-[2,5-O-bis(tert-butyldimethylsilyl)-3-O-phenylthiocarbonyl-β-D-pentofuranosyl]-uracyl 在 sodium chlorite 、 sodium dihydrogenphosphate 、 四氧化锇 、 偶氮二异丁腈 、 N-甲基吗啉氧化物 作用下， 以 1,4-二氧六环 、 二甲基亚砜 、 甲苯 、 叔丁醇 为溶剂， 反应 13.0h， 生成 2',5'-bis-O-(tert-butyldimethylsilyl)-3'-(carboxymethyl)-3'-deoxyuridine
  参考文献：
  名称：

  在选定位置具有酰胺作为尿苷间键的 RNA 类似物的合成和性质

  摘要：

  已合成在选定位置具有酰胺核苷间键（AM1：3'-CH(2)CONH-5' 和 AM2：3'-CH(2)NHCO-5'）的寡核糖核苷酸类似物，并且由这些形成的双链体的热稳定性已通过 UV 熔解实验评估了具有互补 RNA 片段的类似物。研究了两个系列的具有 2'-OH 或 2'-OMe 邻近酰胺键的低聚物。单体合成子（3' 和 5'-C 胺和羧酸）合成如下： 对于 AM1 类似物的合成，采用已知的自由基烯丙基化序列，然后是双键断裂。为了合成 AM2 类似物，开发了通过添加硝基甲烷然后将硝基官能团转化为氨基或羧基的新途径。单体胺和羧酸偶联，然后进行保护基操作和膦酰化，得到用于寡核苷酸合成的二聚体 3'-膦酸结构单元。还制备了具有 3'-酰胺和 2'-OH 或 2'-OMe 基团的单体模型化合物，并通过 (1) H NMR 确定了它们的构象平衡。AM1 和 AM2 模型对北方构象异构体表现出相同的偏好（在

  DOI：

  10.1021/ja0360900

文献信息

• Amide-Linked Ribonucleoside Dimers Derived from 5‘-Amino-5‘-deoxy- and 3‘-(Carboxymethyl)-3‘-deoxynucleoside Precursors¹
  作者：Matt A. Peterson、Bradley L. Nilsson、Sanchita Sarker、Bogdan Doboszewski、Weijian Zhang、Morris J. Robins

  DOI：10.1021/jo9908647

  日期：1999.10.1

  Treatment of tert-butyldimethylsilyl (TBDMS) derivatives of 3'-keto(adenosine or uridine) with [(ethoxycarbonyl)methylene]triphenylphosphorane gave exocyclic alkenes that underwent stereoselective hydrogenation to give 3'-deoxy-3'-[(ethoxycarbonyl)methyl](Ado or Urd) analogues. Saponification provided the 3'-(carboxymethyl)-3'-deoxy(Ado and Urd) derivatives 37 and 38. Treatment of 37 or 38 with DCC and 5'-amino-2',3'-bis-O-TBDMS-5'-deoxynucleosides gave the amide-linked dimers (74-82%). Activation of 37 or 38 with 4-nitrophenol/DCC, and direct coupling of the 4-nitrophenyl esters with 5'-amino-5'-deoxy(Ado or Urd) in pyridine also produced amide dimers efficiently (65-70%). Analogous activation of a 5'-O-DMT-protected carboxylate, and its coupling with 5'-amino-5'-deoxy-2'-O-methyladenosine gave the amide dimer in good yield (74%). Coupling (DCC) of a 5'-azido-2'-O-TBDMS-3'-(carboxymethyl)-3', 5'-dideoxyuridine intermediate with 5'-amino-5'-deoxynucleosides gave amide-linked dimers (72-78%) that can serve as masked (azide reduction) 5'-amino dimers for analogous synthesis of extended amide-linked oligomers.
• Synthesis and Properties of Oligoribonucleotide Analogues Having Amide (3″-CH₂-CO-NH-5′) Internucleoside Linkages
  作者：Eriks Rozners、Roger Strömberg

  DOI：10.1080/07328319708006117

  日期：1997.7

  Amide linked ribonucleoside dimer 5 was prepared and converted into selectively protected H-phosphonate building block 9. Oligoribonucleotide duplexes having amide linkages at selected sites were synthesized and their stability was studied by UV melting experiments.