2'-O-(coronen-1-ylmethyl)-3'-O-(N,N-diisopropylamino 2-cyanoethoxyphosphonyl)-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)uridine | 1326643-11-1

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 芘
• 英文名称: 2'-O-(coronen-1-ylmethyl)-3'-O-(N,N-diisopropylamino 2-cyanoethoxyphosphonyl)-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)uridine
• 英文别名: 3-[[(2R,3R,4R,5R)-2-[[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]methyl]-4-(coronen-1-ylmethoxy)-5-(2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-3-yl]oxy-[di(propan-2-yl)amino]phosphanyl]oxypropanenitrile
• CAS: 1326643-11-1
• 化学式: C₆₄H₅₉N₄O₉P
• 分子量: 1059.17
• InChiKey: BFJOQPPDSZJOLQ-AJPDGBIJSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  11.9
• 重原子数：
  78
• 可旋转键数：
  20
• 环数：
  12.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.27
• 拓扑面积：
  141
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  11

反应信息

• 作为产物：
  描述：

  2,2'-脱水尿苷 在 吡啶 、 4-二甲氨基吡啶 、 硼烷四氢呋喃络合物 、 碳酸氢钠 、 N,N-二异丙基乙胺 作用下， 以 二氯甲烷 、 二甲基亚砜 、 1,2-二氯乙烷 为溶剂， 反应 20.0h， 生成 2'-O-(coronen-1-ylmethyl)-3'-O-(N,N-diisopropylamino 2-cyanoethoxyphosphonyl)-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)uridine
  参考文献：
  名称：

  使用易于获得的 N2'-功能化 2'-氨基-α-L-LNA 模拟物进行高亲和力 DNA 靶向

  摘要：

  N2'-芘官能化的 2'-氨基-α-L-LNA（锁核酸）由于芘部分的有利预组织用于杂交诱导的嵌入，因此对互补 DNA 靶标表现出非凡的亲和力。不幸的是，这些单体的合成具有挑战性（~20 步，<3% 的总产率），这阻碍了基于这些材料的 DNA 靶向应用的全面表征。获得更容易获得的功能模拟将是非常可取的。在这里，我们描述了一系列 O2'-嵌入剂功能化尿苷和 N2'-嵌入剂功能化 2'- N 的短合成路线-甲基-2'-氨基尿苷单体，并通过热变性、紫外-可见吸收和荧光光谱实验证明，其中一些模拟了 N2'-芘功能化 2'-氨基-α-L-的 DNA 杂交特性低噪声放大器。例如，寡脱氧核糖核苷酸（ONS）与2'-修饰ø - （coronen -1-基）甲基尿苷单体Ž，2'- ø - （芘-1-基）甲基尿苷单体Ý，或2'- ñ - （pyren- 1-ylmethyl)-2'- N - methylaminouridine

  DOI：

  10.1021/jo201095p

文献信息

• High-Affinity DNA Targeting Using Readily Accessible Mimics of N2′-Functionalized 2′-Amino-α-L-LNA
  作者：Saswata Karmakar、Brooke A. Anderson、Rie L. Rathje、Sanne Andersen、Troels B. Jensen、Poul Nielsen、Patrick J. Hrdlicka

  DOI：10.1021/jo201095p

  日期：2011.9.2

  them mimic the DNA-hybridization properties of N2′-pyrene-functionalized 2′-amino-α-L-LNAs. For example, oligodeoxyribonucleotides (ONs) modified with 2′-O-(coronen-1-yl)methyluridine monomer Z, 2′-O-(pyren-1-yl)methyluridine monomer Y, or 2′-N-(pyren-1-ylmethyl)-2′-N-methylaminouridine monomer Q display prominent increases in thermal affinity toward complementary DNA relative to reference strands (average

  N2'-芘官能化的 2'-氨基-α-L-LNA（锁核酸）由于芘部分的有利预组织用于杂交诱导的嵌入，因此对互补 DNA 靶标表现出非凡的亲和力。不幸的是，这些单体的合成具有挑战性（~20 步，<3% 的总产率），这阻碍了基于这些材料的 DNA 靶向应用的全面表征。获得更容易获得的功能模拟将是非常可取的。在这里，我们描述了一系列 O2'-嵌入剂功能化尿苷和 N2'-嵌入剂功能化 2'- N 的短合成路线-甲基-2'-氨基尿苷单体，并通过热变性、紫外-可见吸收和荧光光谱实验证明，其中一些模拟了 N2'-芘功能化 2'-氨基-α-L-的 DNA 杂交特性低噪声放大器。例如，寡脱氧核糖核苷酸（ONS）与2'-修饰ø - （coronen -1-基）甲基尿苷单体Ž，2'- ø - （芘-1-基）甲基尿苷单体Ý，或2'- ñ - （pyren- 1-ylmethyl)-2'- N - methylaminouridine