5’-O-(4,4-二甲氧基三苯甲基)-2’-O-甲基尿苷-3’-(2-氰基乙基-N,N-二异丙基)亚磷酰胺 | 110764-79-9

• 物质功能分类: 有机原料 - 氨基化合物 - 酰胺类化合物
• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 中文名称: 5’-O-(4,4-二甲氧基三苯甲基)-2’-O-甲基尿苷-3’-(2-氰基乙基-N,N-二异丙基)亚磷酰胺
• 中文别名: DMT-2'O-甲基-rU酰胺；2'-甲氧基尿苷亚磷酰胺单体；5'-O-(4,4-二甲氧基三苯甲基)-2'-O-甲基尿苷-3'-(2-氰基乙基-N,N-二异丙基)亚磷酰胺
• 英文名称: 5'-O-[bis(4-methoxyphenyl)(phenyl)methyl]-3'-O-[(2-cyanoethoxy)(dipropan-2-ylamino)phosphanyl]-2'-O-methyluridine
• 英文别名: 5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-2'-O-methyluridine-3'-O-(2-cyanoethyl-N,N-diisopropyl)phosphoramidite；5'-O-dimethoxytritil-2'-O-methyluridine-3'-O-(2-cianoethyl-N,N-diisopropylphosphoramidite)；5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-2'-O-methyl-uridine 3'-[(2-cyanoethyl) (N,N-diisopropyl)phosphoramidite]；5'-O-(4,4'-dimethoxytriphenylmethyl)-2'-O-methyluridine-3'-O-(β-cyanoethyl N,N-diisopropylphosphoramidite)；5'-O-(4,4'-Dimethoxytrityl)-2'-O-methyluridine-3'-(2-cyanoethyl-N,N-diisopropyl)phosphoramidite；3-[[(2R,3R,4R,5R)-2-[[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]methyl]-5-(2,4-dioxopyrimidin-1-yl)-4-methoxyoxolan-3-yl]oxy-[di(propan-2-yl)amino]phosphanyl]oxypropanenitrile
• CAS: 110764-79-9
• 化学式: C₄₀H₄₉N₄O₉P
• 分子量: 760.824
• InChiKey: UVUOJOLPNDCIHL-XKZJCBTISA-N

物化性质

• 溶解度：
  DMSO：100 mg/mL（131.44 mM；需要超声波）

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  4.8
• 重原子数：
  54
• 可旋转键数：
  18
• 环数：
  5.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.42
• 拓扑面积：
  141
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  11

安全信息

• 危险性防范说明：
  P261,P305+P351+P338
• 危险性描述：
  H315,H319,H335

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  5’-O-(4,4-二甲氧基三苯甲基)-2’-O-甲基尿苷-3’-(2-氰基乙基-N,N-二异丙基)亚磷酰胺 在 四氮唑 、 氨 作用下， 以 甲醇 、 乙腈 为溶剂， 反应 4.0h， 生成
  参考文献：
  名称：

  使用超分子支架的小核酶模拟物†

  摘要：

  为阐明一般的酸/碱催化RNA磷酸二酯键水解的机理，已制备了许多具有两个连接在1,3,5-三嗪核心上的环素部分的裂解剂，它们具有结合和裂解尿嘧啶的能力。 -3'，5'-尿苷（UpU）在较宽的pH范围内进行了研究。在中性pH附近，所述裂解剂形成具有UPU和Zn高度稳定的三元复合物II通过尿嘧啶N3和环烯氮原子与锌的协调II离子。在三嗪核心以去质子化的中性形式存在的条件下，在存在裂解剂的情况下，UpU而不是腺苷基3'，5'-腺苷（ApA）的水解被加速了大约两个数量级，这表明一般碱而不是金属离子催化。讨论了观察到的催化作用的可能机理和对理解一般的酸/碱催化的核酶水解磷酸二酯的影响。

  DOI：

  10.1039/c2dt10193a
• 作为产物：
  描述：

  双(二异丙基氨基)(2-氰基乙氧基)膦 、 1-((2R,3r,4r,5r)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-4-羟基-3-甲氧基四氢呋喃-2-基)嘧啶-2,4(1h,3h)-二酮 在 三氟乙酸吡啶 作用下， 以 二氯甲烷 为溶剂， 反应 2.0h， 以88%的产率得到5’-O-(4,4-二甲氧基三苯甲基)-2’-O-甲基尿苷-3’-(2-氰基乙基-N,N-二异丙基)亚磷酰胺
  参考文献：
  名称：

  Improved Process for the Preparation of Nucleosidic Phosphoramidites Using a Safer and Cheaper Activator

  摘要：

  A new, simplified commercial process for the preparation of nucleosidic phosphoramidites, key raw materials for the automated solid-supported synthesis of oligonucleotide-based drugs, was developed. Phosphitylation of a variety of protected nucleosidic derivatives (1-4) with a small excess of 2-cyano-ethyl-N,N,N',N'-tetraisopropyl phosphoramidite (5, bis-reagent) and pyridinium trifluoroacetate (Py . TFA) as the activator in an appropriate solvent at room temperature formed 75-96% of desired nucleosidic phosphoramidite products in less than 2 h, An efficient nonaqueous work-up has been developed to further streamline the isolation of moisture-sensitive P(III) nucleosidic compounds, The key finding is the use of Py . TFA, which is effective, inexpensive, stable, less acidic (pK(a) 5.2) than 1H-tetrazole, nontoxic, safe, and highly soluble in organic solvents. The reaction mechanism for phosphitylation with Py . TFA as an activator has also been studied. An improved, robust, and versatile process for the preparation of nucleotide phosphoramidites under very concentrated reaction conditions was developed to support commercial manufacture of oligonucleotide-based drugs.

  DOI：

  10.1021/op990086k

文献信息

• Solid-Phase Synthesis and Screening of Macrocyclic Nucleotide-Hybrid Compounds Targeted to Hepatitis C NS5B
  作者：Michael Smietana、Robert B. Johnson、Q. May Wang、Eric T. Kool

  DOI：10.1002/chem.200305402

  日期：2004.1.5

  potential cyclic hybrid inhibitor compounds targeting hepatitis C virus NS5B enzyme (the replicating polymerase of HCV) was generated by means of the parallel-pool strategy. Screening of the library revealed that cyclic hybrid c(C(OME)EthenodA) was a significant inhibitor of NS5B, with an IC(50) of 40 microM. Preliminary structure-activity studies of this lead compound are described.

  报道了一种在受控孔玻璃上合成环状核苷酸杂合分子的收敛策略。该方法的一个主要优点是对序列和结构变化没有限制，允许掺入修饰的核糖核苷（如 2'-OMe-核糖核苷酸）以及苏氨醇衍生物。该方法允许通过标准亚磷酰胺化学进行全自动组装，并且基于最近公布的用于制备 DNA 系列中环状寡核苷酸的程序 (M. Smietana, ET Kool, Angew. Chem. 2002, 114, 3856-3859 ; Angew. Chem. Int. Ed. Engl. 2002, 41, 3704-3707)。通过平行池策略生成了针对丙型肝炎病毒 NS5B 酶（HCV 的复制聚合酶）的潜在环状杂合抑制剂化合物库。筛选库显示环状杂化 c(C(OME)EthenodA) 是 NS5B 的重要抑制剂，IC(50) 为 40 microM。描述了该先导化合物的初步结构-活性研究。
• Synthesis and Structural Study of ribo-Dioxaphosphorinane-Constrained Nucleic Acid Dinucleotides (ribo-α,β-D-CNA)
  作者：Marie Maturano、Dan-Andrei Catana、Pierre Lavedan、Nathalie Tarrat、Nathalie Saffon、Corinne Payrastre、Jean-Marc Escudier

  DOI：10.1002/ejoc.201101353

  日期：2012.2

  With increasing interest in the control of the conformations of nucleic acids to define active riboswitch or siRNA, we present herein our efforts towards the stereocontrolled synthesis and conformational analysis of ribodinucleotides in which a and beta torsional angles are constrained within a dioxaphosphorinane structure (ribo-a,beta-D-CNA). The crystal structure analysis of one a,beta-D-CNA TU dimer

  随着对控制核酸构象以定义活性核糖开关或 siRNA 的兴趣日益浓厚，我们在此展示了我们对核二核苷酸的立体控制合成和构象分析的努力，其中 a 和 β 扭转角被限制在二氧杂磷烷结构（ribo-a ,β-D-CNA)。一个 a,beta-D-CNA TU 二聚体的晶体结构分析证明了新创建的不对称中心的绝对立体化学。NMR 和 CD 分析允许完全分配和确定 a,beta-D-CNA UU 非对映异构体中的扭转角。
• 核苷磷脂类化合物及其化学合成方法和在核酸递送中的应用
  申请人：北京大学

  公开号：CN113583069B

  公开（公告）日：2023-06-06

  本发明公开了一种核苷磷脂类化合物及其化学合成方法和在核酸递送中的应用。所述核苷磷脂化合物为亲水的核苷酸头部及疏水的甘油烷基醚构成的阴离子型两亲性分子，结构如下通式I、3i或3j所示。该类分子中的核苷碱基可以与目标核酸的碱基形成氢键及发生π‑π堆叠作用；疏水尾链与核酸疏水性缀合结构间可发生范德华力作用。其自身可以在水溶液中组装形成超分子纳米结构，结合寡核苷酸后形成的纳米复合物可有效穿透细胞膜，实现负载的核酸胞内释放并发挥其生物学功能。本发明提出的核苷磷脂类化合物作为新型载体能高效转染核酸，在基因治疗领域具有极为广阔的应用前景。
• [EN] CHIRALLY-ENRICHED DOUBLE-STRANDED RNA AGENTS<br/>[FR] AGENTS D'ARN DOUBLE BRIN À ENRICHISSEMENT CHIRAL
  申请人：ALNYLAM PHARMACEUTICALS INC

  公开号：WO2019126651A1

  公开（公告）日：2019-06-27

  The present invention relates to a chirally-modified dsRNA agent capable of inhibiting the expression of a target gene. The sense and antisense strands of chirally-modified dsRNA agent independently or in combination comprises one or more site specificsite specific/position specific, chirally-modified internucleotide linkages.

  本发明涉及一种手性修饰的dsRNA药剂，能够抑制目标基因的表达。手性修饰的dsRNA药剂的正义链和反义链独立地或组合地包含一个或多个特异位置特异的手性修饰核苷酸之间的连接。
• Synthesis of a 35S-labeled dinucleoside phosphorothioate prodrug, an orally bioavailable anti-HBV agent
  作者：Sung-Whi Rhee、Radhakrishnan P. Iyer、John E. Coughlin、Seetharamaiyer Padmanabhan、Jeremiah P. Malerich、Mary J. Tanga

  DOI：10.1002/jlcr.2925

  日期：2012.5.30

  The 35S-labeled, dinucleoside phosphorothioate 1, an orally available agent against hepatitis B virus, was prepared in eight steps with high specific activity and radiochemical purity. Radiolabeled 3H-benzodithiole-3-one-1,1-dioxide was synthesized in four steps from 35S8 and was used as the sulfurizing reagent. Copyright © 2012 John Wiley & Sons, Ltd.

  通过八个步骤制备出了 35S 标记的二核苷硫代磷酸酯 1，这是一种可口服的乙型肝炎病毒抑制剂，具有很高的特异性活性和放射化学纯度。放射性标记的 3H-苯并二硫-3-酮-1,1-二氧化物由 35S8 经过四个步骤合成，并用作硫化试剂。Copyright © 2012 John Wiley & Sons, Ltd. All Rights Reserved.