Metadynamics for Perspective Drug Design: Computationally Driven Synthesis of New Protein–Protein Interaction Inhibitors Targeting the EphA2 Receptor
作者:Matteo Incerti、Simonetta Russo、Donatella Callegari、Daniele Pala、Carmine Giorgio、Ilaria Zanotti、Elisabetta Barocelli、Paola Vicini、Federica Vacondio、Silvia Rivara、Riccardo Castelli、Massimiliano Tognolini、Alessio Lodola
DOI:10.1021/acs.jmedchem.6b01642
日期:2017.1.26
from the EphA2 receptor. Among them, two antagonists, namely compounds 21 and 22, displayed high affinity versus the EphA2 receptor and resulted endowed with better physicochemical and pharmacokinetic properties than the parent compound. These findings highlight the importance of free-energy calculations in drug design, confirming that META-D simulations can be used to successfully design novel bioactive
元动力学(META-D)作为一种强大的方法正在涌现,用于计算描述蛋白质-配体结合过程的多维自由能表面(FES)。在本文中,拮抗剂的解除绑定的FES ñ - (3α羟基5β胆-24酰基) -升从其EphA2受体-β-homotryptophan(UniPR129)由META-d模拟重建。在此FES上确定的自由能极小值的特征提出了一种与先前报道的和新的结构-活性关系数据完全一致的结合模式。为了验证这一结合模式,新ñ - (3α羟基5β胆-24酰基) -升设计,合成和测试了-β-高纯色氨酸衍生物从EphA2受体置换出ephrin-A1的能力。其中,两种拮抗剂,即化合物21和22,相对于EphA2受体表现出高亲和力,并具有比母体化合物更好的理化和药代动力学特性。这些发现突出了自由能计算在药物设计中的重要性,证实了META-D模拟可用于成功设计新型生物活性化合物。