Cy5 NHS ester

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机杂环化合物 - 吲哚及其衍生物
• 英文名称: Cy5 NHS ester
• 英文别名: 2-[5-[1-[6-(2,5-Dioxopyrrolidin-1-yl)oxy-6-oxohexyl]-3,3-dimethyl-5-sulfonatoindol-1-ium-2-yl]penta-2,4-dienylidene]-1-ethyl-3,3-dimethylindole-5-sulfonate；2-[5-[1-[6-(2,5-dioxopyrrolidin-1-yl)oxy-6-oxohexyl]-3,3-dimethyl-5-sulfonatoindol-1-ium-2-yl]penta-2,4-dienylidene]-1-ethyl-3,3-dimethylindole-5-sulfonate
• 化学式: C₃₇H₄₂N₃O₁₀S₂
• 分子量: 752.887
• InChiKey: WXWLHDCCGVWTDZ-UHFFFAOYSA-M

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  3.9
• 重原子数：
  52
• 可旋转键数：
  12
• 环数：
  5.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.41
• 拓扑面积：
  201
• 氢给体数：
  0
• 氢受体数：
  11

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  Cy5 NHS ester 在 水 、 N,N-二异丙基乙胺 作用下， 以 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 12.0h， 生成 cy 5
  参考文献：
  名称：

  分子二元组和三元组中空穴传输和主体-客体相互作用的相互作用：集合体和单分子光谱学和传感应用

  摘要：

  合成了一个由Cy5发色团和二茂铁（Fc）组成的新分子二元组和由Cy5，Fc和β-环糊精（CD）组成的三元组，并在集合和单分子水平上研究了它们的光物理性质。加入CD后，二聚体中Cy5到Fc的空穴转移效率降低。这是由于当Fc包裹在大环宿主中时Cy5-Fc分离度（r）的增加。另一方面，三合会采用Fc-CD包合物的构象，其中通过Fc对Cy5的空穴转移猝灭作用极小，或具有短r和快速电荷转移的准静态构象。单分子荧光测量表明，[R当三元组分子沉积在玻璃基板上时，其长度增加。通过结合分子内电荷转移和竞争性超分子相互作用，三合会可作为一种高效的化学传感器，用于检测水溶液和合成尿液中的不同生物活性分析物，例如盐酸金刚烷胺和石胆酸钠。

  DOI：

  10.1002/chem.201404360

文献信息

• [EN] DESIGN AND SYNTHESIS OF NOVEL DISULFIDE LINKER BASED NUCLEOTIDES AS REVERSIBLE TERMINATORS FOR DNA SEQUENCING BY SYNTHESIS<br/>[FR] DÉRIVÉS NUCLÉOTIDIQUES ET LEURS MÉTHODES D'UTILISATION
  申请人：UNIV COLUMBIA

  公开号：WO2017058953A1

  公开（公告）日：2017-04-06

  Disclosed herein, inter alia, are compounds, compositions, and methods of use thereof in the sequencing a nucleic acid.

  在此披露的内容包括化合物、组合物以及它们在核酸测序中的使用方法。
• Cell-Permeable Near-Infrared Fluorogenic Substrates for Imaging β-Lactamase Activity
  作者：Bengang Xing、Ashot Khanamiryan、Jianghong Rao

  DOI：10.1021/ja042829+

  日期：2005.3.1

  cell-permeable near-infrared fluorogenic substrates for imaging beta-lactamase expression in living mammalian cells. This design is based on fluorescence energy transfer resonance and utilizes a peracetylated d-glucosamine to facilitate the transport of the near-infrared probe across cell membranes. This new type of fluorogenic probe may also be applied to image gene expression in living animals.

  该通讯描述了一种可渗透细胞的近红外荧光底物的设计，用于对活哺乳动物细胞中的 β-内酰胺酶表达进行成像。这种设计基于荧光能量转移共振，并利用全乙酰化 d-氨基葡萄糖促进近红外探针跨细胞膜的运输。这种新型荧光探针也可用于活体动物基因表达的成像。
• Site-Specific Incorporation of Fluorescent Probes into Protein:  Hexahistidine-Tag-Mediated Fluorescent Labeling with (Ni²⁺:Nitrilotriacetic Acid)<i>_n</i>−Fluorochrome Conjugates
  作者：Achillefs N. Kapanidis、Yon W. Ebright、Richard H. Ebright

  DOI：10.1021/ja017074a

  日期：2001.12.1

  fluorescent labeling is difficult. Three strategies have been reported: (i) intein-mediated labeling (“expressed protein ligation”),3 (ii) oxidation-mediated labeling, 4 and (iii) trivalent-arsenicmediated labeling. 5 The first two strategies are limited to labeling of protein termini and do not permit in situ labeling (i.e., direct labeling of proteins in cuvettes, gels, blots, or biological samples without

  对于不含半胱氨酸残基的蛋白质，可以通过使用定点诱变在感兴趣的位点引入半胱氨酸残基，然后进行半胱氨酸特异性化学修饰以掺入荧光探针来完成定点荧光标记。2 然而，对于含有半胱氨酸残基的蛋白质（大多数蛋白质的分子量 > 50 kDa），位点特异性荧光标记是困难的。已经报道了三种策略：（i）内含肽介导的标记（“表达蛋白连接”），3（ii）氧化介导的标记，4和（iii）三价砷介导的标记。5 前两种策略仅限于标记蛋白质末端，不允许原位标记（即，直接标记比色皿、凝胶、印迹或生物样品中的蛋白质，无需后续纯化步骤）；第三种策略目前仅限于单一荧光染料。在这里，我们报告了一种策略，允许标记末端或内部站点，允许原位标记，并且与具有不同光谱和光物理特性的一系列荧光染料兼容。我们的策略涉及使用“六组氨酸标签”6,7,8s，即氨基酸序列 His 6s 来靶向位点特异性荧光标记。已知六组氨酸标签与过渡金属络合物紧密相互作用，包括
• Specific inhibitors and active site probes for legumain
  申请人：Lee Jiyoun

  公开号：US09345789B2

  公开（公告）日：2016-05-24

  Compounds which specifically inhibit legumain, also known as asparaginyl endopeptidase are provided. The compounds have an epoxide or N-Michael acceptor warhead, and have an asparagine side chain attached to a nitrogen atom in the backbone adjacent the warhead. The compounds also preferably comprise a proline residue adjacent the asparagine, and the compound may also contain a third residue and/or a label for cellular or in vivo imaging of active legumain.

  提供了特异抑制腿曼酶（也称为天门冬氨酸内切肽酶）的化合物。这些化合物具有环氧或N-迈克尔受体战斗头，且在与战斗头相邻的骨架中的氮原子上连接有一个天门冬氨酸侧链。这些化合物还最好包括相邻于天门冬氨酸的脯氨酸残基，化合物还可能包含第三个残基和/或用于细胞或体内活性腿曼酶成像的标记。
• Highly Multiplexed Single-Cell In Situ Protein Analysis with Cleavable Fluorescent Antibodies
  作者：Manas Mondal、Renjie Liao、Lu Xiao、Taylor Eno、Jia Guo

  DOI：10.1002/anie.201611641

  日期：2017.3.1

  antigenicity. Upon continuous cycles of target recognition, fluorescence imaging, and fluorophore cleavage, this approach has the potential to quantify over 100 different proteins in individual cells at optical resolution. This single‐cell in situ protein profiling technology will have wide applications in signaling network analysis, molecular diagnosis, and cellular targeted therapies.

  对可在原位单细胞中定量的蛋白质数量的限制阻碍了我们对正常细胞生理学和疾病发病机制的深入了解。在本文中，我们提出了一种基于化学可裂解的荧光抗体的高度复用的单细胞原位蛋白分析方法。在这种方法中，通过基于叠氮化物的新型可裂解接头将与荧光团拴在一起的抗体用于检测其蛋白质靶标。在荧光成像和数据存储后，偶联至抗体的荧光团可被有效裂解，而不会损失蛋白质靶抗原性。在目标识别，荧光成像和荧光团裂解的连续循环中，这种方法有可能以光学分辨率对单个细胞中的100多种不同蛋白质进行定量。